万历四十七年三月，萨尔浒惨败的消息震动朝野内外。二十三日明廷发出旨意，急召已在江夏赋闲七年的熊廷弼还朝，任命其为大理寺左寺丞兼河南道监察御史并宣慰辽东。
在熊廷弼北上的途中，朝廷不停派差官南下催其速行（熊在途中才知道朝廷有意让他经略辽东）。但四月末熊廷弼到达京师后，朝廷又把他晾在一边不理不睬。
等了近一个月后，熊廷弼实在是耐不住，就上呈奏疏询问何时给自己正式任命（关防和敕书），神宗只是朱批“该部（兵部）知道”。熊廷弼后来又上了一道奏疏追问，神宗没再搭理他。
为什么会这样？因为经过最初的慌乱之后，已稳定心神的衮衮诸公和皇帝又为是否任命熊廷弼为经略吵了起来。
“经略”不同于巡抚和总督，它是明廷为应对特定战争而专门设置的官职，其履任过程中的权限是高于区域内的巡抚和总督的。自努尔哈赤起兵叛乱后，辽东就成为大明的焦点。十几万兵马、数百万钱粮都向辽东汇集并由经略控制，所以辽东经略也一跃成为大明第一封疆。
如此巨大的权力以及其对应的钱粮官缺，自然会成为各党争夺的焦点。这一吵到六月中旬也没个结果，最后还得靠努尔哈赤来“帮忙”。
六月十六日，后金攻陷开原，在萨尔浒逃了一命的总兵马林战死。更重要的是，开原的失陷等于切断了辽镇与北关的联系。明朝也就难以支援叶赫部，更无法联合叶赫部夹击努尔哈赤了。
由于辽东局势的再度恶化，朝堂也达成了一致 – 由熊廷弼经略辽东。所以熊廷弼获此要职不仅不感谢中枢，反而对朝廷是有怨气的。
六月二十二日朝廷正式颁下旨意，任命熊廷弼为“兵部右侍郎兼都察院右佥都御史经略辽东”。二十四日，神宗赐尚方宝剑和敕书，授予熊廷弼辽东军政全权、便宜行事并命其尽快出关赴任。
但熊廷弼从北京到出山海关这不远的路，却走了一个月（七月初六陛辞离京、十七日抵达山海关、二十三日出关），他在“磨蹭”什么呢？他在等兵。
兵部原本答应熊廷弼调兵一万随其赴任，只是这一万兵马只存在于兵册上，熊廷弼离京时只有七名随从。到达山海关后，虽然总兵柴国柱为熊廷弼挑了四百兵丁，但也暗示他这些兵不堪一战。熊廷弼只得又等了几日，待第一批榆林援兵（骑兵）抵达后，勉强又挑出四百人出关。
七月二十六日，刚过锦州熊廷弼又收噩耗，边防重镇铁岭失陷。明朝的重要盟友宰赛（蒙古内喀尔喀五部的领主）被努尔哈赤击败和俘虏 …… 面对凶险的局势，熊廷弼反而加快了步伐。
二十七日到达广宁后，熊廷弼只停留了一夜向辽东巡抚周勇春了解情况。八月初二，熊廷弼在海州见到了旧经略杨镐，两人交接经略关防大印、旗牌等，熊廷弼正式就任辽东经略。（杨镐被随行的锦衣卫押解回京）
接着熊廷弼加快步伐，一天一夜跑了300里，八月初三进入已乱作一团、人心惶惶的沈阳。虽然熊廷弼以斩杀逃将刘遇节、王捷、王文鼎和收监知州李尚先的雷霆手段稳住了已经崩溃的军心、民心。但此时辽东的残破，还是让熊廷弼内心惶急。
此时沈阳李如桢部有兵一万，但其中能上战场的不到两千。驻守在虎皮驿的贺世贤部有兵七千左右，堪战者只有两千五百人的样子。辽阳账面上的兵不少，近三万人，但基本都是萨尔浒之后收拢的各部败军，不仅建制残破，士气也已丧尽各个都如惊弓之鸟。
兵部称从正月开始调往辽东的援兵总计7.4万人，但熊廷弼勘合下来只有3万。不是兵部在忽悠，而是兵丁视赴辽为死途大量逃军。熊廷弼自己赴京过黄河时就亲眼目睹了援辽兵（永顺保靖土司兵）哗变。这支3000人的队伍，从正月走到六月二十九日才抵达山海关，而且人员只剩706人。
除此之外，自总兵以下副将、参将、游击、都司、守备战死近六百人（关内援辽将领居多），各自麾下家丁也损失殆尽。换句话说，此时辽东的明军不仅指挥系统崩溃、精锐也尽失，根本不堪一战。
这个时候如果努尔哈赤率大军来攻辽、沈，熊廷弼只能像他赴任前给亲友的信件里说得那样，身殒辽东了。
很快，努尔哈赤又给了熊廷弼一记重击。八月二十一日，努尔哈赤攻陷北关。金台石（东城城主）自焚、布扬古（西城城主）投降后被努尔哈赤处决，海西叶赫部被连根拔起，努尔哈赤正式统一女真。
十年前熊廷弼巡按辽东时，就认为李成梁那种主动进剿除了消耗钱粮兵马，并无太大意义（不能抑制蒙古女真的进犯）。他觉得辽镇应把重心放在建立稳固防线并保护好叶赫部这一大外援，让女真自己来“撞墙”消耗。
现在战略破产，熊廷弼多少也会心灰意冷。除此之外，“辽人”的表现也让熊廷弼生出强烈的无力感乃至反感。
十年前辽东就已被矿税使、辽东都司和辽镇霍霍成了烂泥潭。熊廷弼花了近三年的时间惩治贪腐官员将领、恢复生产、重建常平仓、安抚流民逃民等等。结果十年后他发现，当年的努力全部化为乌有而且情况变得更烂。
而长期的不公正待遇，让辽人普遍对明廷失去信心而不愿意卖命。如赞画刘国缙在复州征募新兵2100人前往清河驻守，结果到年底就只剩一半（包括捉回的）。
同时辽东将门的干涉也让就地募兵、练兵困难重重。例如他们将募兵视为一门无本买卖，专门组织麾下家丁和军士四处应募，拿到发放的安家银后就一哄而散 ……
这些综合起来，让熊廷弼的信心一度全无，有了放弃的念头，因此有了那份非常丧气的《辽左大势久去疏》。熊廷弼上疏神宗称，北关失陷、沈阳已成孤城，人心惶惶，官员们都要求撤退，他也觉得应当尽快撤离 ……
虽然在神宗的严令下，熊廷弼放弃了撤守的打算，但熊廷弼将他的“丧气”转移到了辽人身上。
今沈阳皆已逃尽，辽阳先逃者已去不复返，见在者虽畏不敢逃，而事急之时臣安能保？况辽人浸染胡俗，气习相类。贼杀其身及其父母妻子，不恨，而公家一有差役，则怨不绝口。贼遣为奸细，输心用命，而公家派使守城，虽臣以哭泣感之，而亦不动。
《辽左大势久去疏》
单看这个奏疏，说熊廷弼视“辽人”为奸细也不为过，这也是熊廷弼坚决抵制朝廷“辽人守辽土”的主要原因。
随后熊廷弼通过《敬陈战守大略疏》表明了自己的要求，至少需用兵18万、马9万匹。这些兵马对应的粮饷草料分别为，士兵每年需饷324万两、粮108万石，马匹每年需豆97.2万石、草2160万束（每束15斤）。
而且兵不能在辽东招，得从关内调。这意味着兵饷兵粮还得翻，因为调兵不能常驻，不让士兵定期返家就形同流放了，他们会逃军、哗变。而调兵还得额外支付出征费、行军途中的粮食等。
朝廷根本就支付不起（后被迫加征辽饷），觉得熊廷弼不当家不知柴米贵故意折腾，熊廷弼则认为这帮人安居后方想当然。所以熊廷弼第一次出任经略时大部分精力不是在应对努尔哈赤，而是在跟朝廷吵架。
而熊廷弼由于自身性格，跟朝廷各部争执起来嘴很“毒”。比如他通过辽东军卫的实际情况，也能明白关内军卫一样缺编严重，兵部调兵会很困难。但他仍专门上《部调纸上有兵疏》，把兵户两部官员、军镇督抚们骂了个狗血淋头。
兵部尚书黄嘉善、户部尚书李汝华，身担兵饷重担，皆图全躯保妻子，莫有肯为皇上拼死力争上紧干办者，何况各省镇督抚诸臣。
这种方式不仅解决不了问题，反而激化矛盾。这份奏疏也是熊廷弼经略辽东的转折点，此后他与朝廷吵得越来越凶，朝廷里反感他的官员也越来越多，很多人觉得熊廷弼“以谩骂为气魄”。
所以熊廷弼经略辽东的“铁杆”神宗驾崩后，他很快被弹劾逼辞（他自己也不怎么想干），就不是什么难以理解的事情了。