熊廷弼虽然三次赴辽东就职，但各种原因导致任期都不长，再加上和朝廷以及同僚的矛盾冲突，让他很多精力和时间都用在官场争斗上。所以不少朋友虽然知道他被誉为辽东柱石，但不知他打算如何经营辽东。
首先，熊廷弼很早就视女真为辽东大患。
万历三十六年十月，熊廷弼奉命出关调查“宽奠弃地案”。在查案过程中，熊廷弼不仅走访了辽东各地，也专门收集了蒙古女真各部的情报。
他发现建州女真在干一件与众不同的事 – 旗兵改革。再加上万历三十七年六月，努尔哈赤非常嚣张地陈兵抚顺关向辽镇索要人参欠款。这些让熊廷弼意识到建州女真不同于辽东其它部族，他在上呈朝廷的《酌东西情势疏》《防建夷疏》等奏章里多次警告皇帝和中枢，努尔哈赤心怀异志需将其视为辽东大患。
但是熊廷弼并不主张直接进剿（因此也有种观点认为熊廷弼是个“投降派”，让大明错过了剿杀建州女真的良机），那么他到底是怎么考虑的呢？他认为出塞捣巢是无用功。
熊廷弼统计辽东都司历年战报记录后，给明神宗算了一笔账。从隆庆四年至万历二十年，辽东总兵李成梁共报斩首15198级（女真8344级）。虽然战果辉煌，但这二十多年里，外夷入寇就没有断过。百人规模的入侵每月几次，万人规模的劫掠则一年数次。
熊廷弼觉得在这种拉锯战，除了损兵折将、浪费钱粮之外，还会诱发边镇将领瞒报损失、消极避战、杀良冒功等恶行，进一步败坏边疆局势，最终只会让辽东落个越剿越糟。
熊廷弼给出的应对策略为，由攻转守再加贸易安抚。
确定防线后，将沿边墙构筑的预警性质小屯合并为大屯并建堡挖壕。外夷入寇时，可收拢周边民众钱粮入堡待援。通过坚壁清野和坚固堡垒群迟滞并分散敌人，后方再集结机动兵力，伺机对入寇之敌进行打击。
同时熊廷弼认为大部分蒙古、女真部族贪图的只是人口和财物。日常可通过贸易收买、瓦解他们。
熊廷弼的这套方法其实是源于北宋范仲淹对付西夏的策略 -- 堡垒推进法。这套战略也是随后几十年明朝在辽东默认的战略战术，袁崇焕、孙承宗等人的方法都没有脱离熊廷弼的套路。
对于建州女真，熊廷弼主张在固守辽东边墙之外，还需牢牢控制北关（今辽宁昌图县境内）这个战略支撑点。既可保护海西女真不被建州女真侵吞，也可以联合海西压制努尔哈赤和蒙古喀尔喀五部。
只是这些构想随着熊廷弼的去职很快就被朝廷遗忘，大明用无动于衷应对着建州女真的壮大。万历四十七年萨尔浒大败后，面对已呈崩溃之势的辽东。神宗和朝堂衮衮诸公又想起了熊廷弼，但熊廷弼本人却表现得很悲观。
熊廷弼是在赴京途中才知晓，朝廷有意让他经略辽东（最初的旨意是任命他为河南道监察御史并宣慰辽东）。他在给家人的信中大呼后悔，表示如果迟走几日，他不会同意复起。
因为熊廷弼虽然赋闲在家，但他通过朝廷邸报也深知辽东在他走后又变得糜烂不堪、军伍空虚、士气全无。他在过黄河时，还亲眼目睹了一批由湘西调往辽东的士兵，因惧怕赴辽作战而哗变。
而且熊廷弼也非常不信任辽人，在十年前巡按辽东期间他就向朝廷质疑过辽人，“开原半是达官苗裔，而包藏祸心之强虏，且为之招，有其事而始寒心，晚矣”。当下正逢明军惨败，熊廷弼认为残留的辽军未必会继续为朝廷卖命。
所以熊廷弼做了最坏的打算，向亲友托孤，他觉得有可能回不来了。再加上明军丢了北关，失去了海西女真的屏护，熊廷弼愈发觉得辽东难以据守。这种心理影响，也让他二赴辽东后的战略更趋于以守代攻，他甚至奏请万历放弃沈阳以收缩防线。
注：神宗没有同意放弃沈阳的要求，但熊廷弼还是在实际上弃守了沈阳。只是努尔哈赤攻占开原、铁岭后并未南下攻略河东（转头去对付海西叶赫部），熊廷弼才腾出手重新在沈阳经营防线。
通过《敬陈战守大略疏》可以清晰看出熊廷弼此时的对辽策略，“以固守为正，以短促突击为奇”。
在东南为叆阳，南路为清河，西路为抚顺，北路为柴河三岔儿间，俱当设置重兵，为今日防守，他日进剿之备 … 辽阳以壮中坚有事策应四路 ……
熊廷弼将河东与女真的接触面，分成四个防守区域。分别建设堡垒群并各置三万兵马驻守，辽阳作为后方基地驻两万主力（川浙援辽军）策应四路。镇江、海州、金州、复州等地再各设一万兵马作为后备，以备大战之需。固守不浪战，待女真来撞墙消耗，如果有机会再集合多路围歼进犯之敌。
对于日常具体的军事指挥，熊廷弼也安排的很聪明，那就是他不指挥。给贺世贤的信里写得很明确“一切应撤应留事宜听将军便宜行事。但求南顾辽、北顾沈，以期安全无恙，不佞不能中制也”，只要前线将领不超出他的战略部署，都是他们自己说了算。熊廷弼日常主要做的事，就是干后勤，为辽东索要、筹集军队和粮饷。
但是两个原因导致熊廷弼的战略难以执行下去，一是他不同意朝廷的“辽人守辽土”，二是朝廷的主战派接受不了他的“胆怯”。随着熊廷弼和朝廷对峙的加剧，针对熊廷弼的弹劾就开始了。
熊廷弼刚出关时为了索要兵马钱粮曾说过，“守住辽阳数月，选练人马、整造器械，挨到明春二三月间，大兵一集，何虑不能制之”（这和袁崇焕的五年平辽差不多，都是出于安慰的忽悠）。一些言官就揪住他这句话，反复责难熊廷弼“何时制之”、“出关逾年，漫无定画”……
尴尬的熊廷弼只能以兵马未达到他的要求（他曾奏请发兵十八万）来辩解，但因他的“嘴毒”又将兵、户两部的不少官员给推到了对立面。同时由于固守未知胜时，朝堂很多官员出于财政方面的考虑，也开始督促熊廷弼尽快出兵剿平后金从而站到了他的对立面。
所以熊廷弼稳定河东局势以及他最大的靠山神宗驾崩后，朝廷也就容忍不了熊廷弼继续呆在经略位置上了。
注：“辽人守辽土”即依靠辽东将门资源就地募兵，朝廷考虑的是这比从关内调兵要省钱、省事的多（关内调兵无法常驻，需定期换防让士兵回家）。熊廷弼则认为辽人不仅战斗力不行，而且偏向女真和蒙古，靠不住。
天启元年三月，河东失陷、袁应泰殉国，辽西也有崩溃之险。朝廷的衮衮诸公又想到了熊廷弼，建议天启复起熊廷弼经略辽事。
由于丢失河东，再加上此时关外资源已汇集至巡抚王化贞麾下，熊廷弼已不想再次出任经略。几次推脱不掉之后，他才勉强赴京觐见。所以他在君前奏对时，说了个很泛泛的策略 – 三方布置。
广宁用骑兵对垒河上，以形势格之，而缀其全力；海上督舟师，乘虚入南卫，以风声下之，而动其人心，奴必反顾，而亟归巢穴，则辽阳可复。于是议登莱、天津并设抚、镇。山海适中之地特设经略，节制三方，以一事权。
《三方布置疏》
“三方布置”与其说是战略构想，不如说是索权申请，“山海适中之地特设经略，节制三方，以一事权”。因为无实权，熊廷弼甚至不愿意去关外，他接任后基本上是呆在山海关跟朝廷和王化贞打嘴仗。
广宁惨败后他第一时间也不是像初次出任经略那样，收拢溃兵并组织防御，而是立即撤回山海关，以便和王化贞划清界限、分割责任。
所以熊廷弼第二次出任经略，就不是在为辽西谋划，对如何守住辽西乃至收复辽东也没什么战略构想，他是在向朝廷索权以及和王化贞争权。只是朝廷不愿意解决经、抚间的权力分割问题，反以“同功同罪”将二人捆死在一起。结果广宁大败后，有了熊王二人共论死罪的悲剧。
注：本文资料、数据来源于《熊廷弼集》