黑龙江流域从汉唐时代起就有游牧民族的活动场域。黑龙江这个名字，就是得自契丹人建立的辽国。辽人崇拜龙图腾，又看到黑龙江沿岸的土壤富含腐殖质，在河水中倒映出黑色。他们就把前人口中的“黑水”，正式命名为黑龙江。定居在黑龙江北岸的达斡尔人，则是辽末北迁的契丹人分支。明末在松花江流域兴起的女真人，也就是后来的满人，是这些游牧民族中的新势力。松花江本身是黑龙江的支流；这样说起来，黑龙江领域也可以算作满清政权的发祥地，属于它的“龙兴之地”。在兴起过程中，女真人曾一路打到黑龙江上游，征服了那里的鄂温克、鄂伦春、达斡尔等民族部落。17世纪初，从贝加尔湖一带到黑龙江出海口的广袤疆域，都由女真人控制。那时节，黑龙江毫无疑问是中国的内河。
女真人发迹之初，人口比较寡少。为了尽可能快地扩充军队，和明朝争夺东北的土地，女真人对黑龙江上游的臣服部落，采取了类似“抓壮丁”的做法。青壮年男子被强行编入八旗军队，剩下的老弱妇孺，有一些也被内迁。这使得黑龙江上游的土地，逐渐变得人烟稀少。清朝入关以后，在关外设置了两个留守的将军辖区。小一点的叫盛京将军，负责管理爱新觉罗家族起家的辽东地区。大一点的叫宁古塔将军，清宫戏里常说的“发配宁古塔”，就是指它。在清朝臣民心目中，“宁古塔”几乎可以跟偏僻荒凉的苦寒之地画等号。但它所辖的土地，又大得惊人。从蒙古边境到库页岛，都属于宁古塔将军的管辖范围。在现代行政制度诞生以前，要对这么大一块国土进行管理，是非常费劲的。不过，清朝政府对此并不在意。因为他们组建了布特哈八旗衙门，布特哈是“打牲口”的意思，专门用于管理黑龙江流域的游牧部落。这些部落的男子只要年满20岁，就会被征召到城市，编入八旗军队。剩下的居民则要用貂皮、人参等土特产，向清政府交税。宁古塔将军还在黑龙江沿岸，设置了一系列“卡伦”哨所，用于稽查过路的人员、物资，调解部落纠纷。在黑龙江流域常住人口不多，也没有外患的情况下，这些做法是有效的。
黑龙江往西，靠近黑龙江上游的蒙古，从元朝开始就是一块战争频发之地。蒙古战事的影响，又外溢到荒凉的西伯利亚。那里在15世纪末，出现了一个独立的政权西伯利亚汗国。到了16世纪末，俄国沙皇的御用皮毛供应商斯特罗加诺夫家族，为了扩大商业版图，把目光投向了西伯利亚。严格来说，第一批闯入西伯利亚，并继续向东进入黑龙江上游的入侵者，并不是沙俄政府军。他们代表的是俄国皮毛商人的利益，觊觎的是貂皮和金银。当然，沙俄政府也不是局外人。因为貂皮是当时俄国重要的出口商品，可以赚取外汇。俄国沙皇不仅给斯特罗加诺夫家族签发了垄断性质的皮毛贸易许可证，还特许他们制造枪炮，用于西伯利亚往东的征伐。而为这个军事商业集团充当马前卒的，是我们非常熟悉的一股势力——从东欧草原起家的哥萨克（哥萨克不是民族称谓，不是一个民族！）。
哥萨克攻城略地的方式，和满清政权不大一样。前面说过，满清沿袭明末战争的传统，重视搜罗人口，对土地的管理则比较粗放。而哥萨克是在茫茫荒原中作战，兵力又少；遇上冬季严寒，还得就地过冬，需要基地。因此，哥萨克每到一处，就会选择有水源、地势险要的地方，建造小型堡寨，山寨的“寨”。堡寨里有炮台、兵营、货仓，外设栅栏、壕沟，既是军事据点，又是皮毛贸易中心。它方便了俄国步步为营地侵吞远东的大片土地。到1654年，哥萨克已经进抵黑龙江上游，在尼布楚建立了堡寨。顺带说一句，俄国在控制尼布楚之后，管它叫“涅尔琴斯克”，这个名字就是满语“尼布楚”的变体。而黑龙江在俄语中称为“阿穆尔河”，阿穆尔是满语“大河”的意思。可以看出，俄国人一开始根本就不知道黑龙江和尼布楚的存在，他们是从满人口中打听到这两个名字的。满人才是先到者。
但“先到”，不等于“先占”。1639年，清太宗皇太极平定了黑龙江中游的达斡尔人叛乱。他迁走了那里剩余的居民，还把达斡尔人修筑的木质城寨雅克萨付之一炬。到了17世纪50年代末，俄国哥萨克也来到了这里。他们不声不响地建起了一座新堡寨，称为阿尔巴津，以此为据点继续向黑龙江下游进犯。据俄国历史学家统计，到1670年前后，整个黑龙江流域已经有2000多名哥萨克在活动，占当地居民总数的5%。一股又一股亦商亦匪的俄国人，打着“探险”“找矿”“寻粮”等旗号，在黑龙江流域四处劫掠。他们逼迫当地游牧民族向俄国沙皇称臣，并进献皮毛作为赋税。
清政府对俄国人的进犯是知道的。17世纪五六十年代，宁古塔将军派出的清兵，曾与哥萨克有过多次交手，战绩还不差。只不过，1661年即位的康熙帝，需要优先铲除江南的“三藩”，顾不上遥远的黑龙江。到了1681年，三藩之乱基本平息，康熙终于可以腾出手来对付俄国人了。他做的第一项决定，是拆分面积过大的宁古塔将军辖区，把黑龙江流域单独划出来，设置了一个新官职“黑龙江将军”。第一任黑龙江将军叫萨布素，他带人在雅克萨以东的黑龙江两岸，各筑了一座木质城堡，称为新、旧瑷珲城，作为前进基地。在黑龙江腹地和今天的吉林之间，还建造了几十处驿站和兵营，安排好了后勤线路。这些准备工作耗费了将近四年时间，1685年，清廷终于水陆并进，会攻雅克萨。清军虽然初战告捷，俄国人却去而复返。他们依靠后方的尼布楚送来的火炮，和清军形成僵持之势。1686年，沙俄政府最终出手，要求与清廷举行划分边界的谈判。
由于清俄之间路途遥远，加上双方联络不畅，两国代表正式坐下来谈判时，时间已经到了1689年8月。俄方首席代表戈洛文参加过欧洲的外交谈判，非常善于拿程序问题做文章。他坚持要求，以汇入黑龙江中游的格尔毕齐河、额尔古纳河为界，划定两国疆土。清方首席代表索额图，也是一位经验丰富的老政治家。他举出一系列可靠的证据，要求把两国国界划在贝加尔湖东岸。不过，索额图深知，当时清廷正在出兵征讨准噶尔汗国，不想被黑龙江问题牵扯太多精力。假使能以清俄谈判为“杠杆”，说服俄国不要插手准噶尔事务，康熙帝会相当满意。因此，最终签订的清俄《尼布楚条约》，在划界问题上大致满足了俄方的要求。但《尼布楚条约》也明文规定，俄方必须拆除雅克萨堡寨，并承认格尔毕齐河以东、外兴安岭以南的黑龙江两岸领土，属于清朝。换句话说，黑龙江在它的中下游，依然是中国内河，俄国船只无权驶入。黑龙江出海口和口外的库页岛，也归中国所有。就这样，黑龙江虽然被“掐头”，但清俄两国的正式边界，也就此确定了下来。