一、简单讲，两者的相同点在于:
1、一至二级主任科员和乡科级正职，都享受相应的工资收入待遇。用过去的话讲，一级主任科员相当于担任乡科级正职时间较长一把手的工资待遇，二级主任科员相当于担任乡科级正职时间较短的一把手、二把手和正科级副职的工资待遇。
2、三至四级主任科员和乡科级副职都享受副科级相应的工资收入待遇。三级主任科员相当于担任乡科级副职时间较长的老手的工资待遇，四级主任科员相当于担任乡科级副职时间较短的新手和副科级干部的工资待遇。
二、两者的不同点在于:
1、乡科级正职副职属于领导职务，一至四级主任科员属于非领导职务。两者的区别就是一个是职务，一个是职级，虽然都带有职字，但内涵却截然不同。
2、乡科级正职副职突出的是职权，属于工作活动和性质；一至四级主任科员界定的是待遇，属于工资收入和保障。两者的不同在于，它们属于两个不同的范围和两条不同的轨道。
三、基层在目前的困惑
1、职级数量的控死不能突破，在一些中老年公务员多的单位，年轻人的晋职晋级空间几乎为零。除非调走。
2、职务职级的交叉使用，使人深感晋升的时间更长。比如，即使在有职务职级职位数的前提下，正科级一把手必须提拔两年后，才可晋升为一级主任科员，又两年后才有可能晋级四级调研员。在过去，乡科级正职一把手任职两年后，即有可能提升副县级实职。
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