梁冀和汉桓帝时代，东汉政治制度经历的深刻蜕变。公元168年，在位21年的汉桓帝死了。他没有子嗣，由堂侄刘宏继承帝位，史称汉灵帝。灵帝即位时只有12岁，他背后的操盘手是皇太后窦氏和新的外戚家族。窦氏的父亲、大将军窦武秘密联络了士大夫集团，准备尽诛宦官。不料他们谋事不周，被宦官抢先发难，逼迫窦武自杀。李膺、杜密、翟超等100多位儒生出身的前高官，事后都被罗织罪名处死。各州郡受到牵连，被逮捕、流放、拘禁的儒生，更是多达上千人。这些人五族之内的亲朋故旧，凡有为官者，一律被免职，禁锢在家。这就是汉末影响深远的第二次“党锢之祸”。
第二次党锢之祸最大的影响，是士大夫从此远离了宫廷政治，开始寻求在地方州郡重新建立根基。东汉的士大夫其实是一个松散的群体，他们通过儒家学说连结在一起。在政治上，士人的出路要么是加入外朝和中朝，充当中央官吏，要么是担任官员的僚属。总之，他们必须被吸收进权力机器，才能一展抱负。但两次党锢之祸后，中朝和外朝已经残破不堪，皇权不再需要儒学的加持。士人们只能回到原籍蛰伏，一边观察形势，一边等待机会。但这并不意味着他们已经消沉，更不意味着他们丧失了对政治的兴趣。日后在汉末乱世中，曹操、刘备等政治新贵之所以能一呼百应，在地方州郡组建属于自己的政治班底，靠的就是这群士人。他们只是转换了效力的对象而已。
落入宦官手中的汉灵帝，和之前的桓帝一样，有基本的政治敏锐性。风光一时的大宦官侯览，就是被他亲自铲除的。但灵帝的个人眼界，却比桓帝更加不堪。他很快起用了新的宦官势力“十常侍”，放任他们卖官鬻爵，为自己聚敛私产。曹操的父亲曹嵩，就花1亿文铜钱，买到了太尉的官位。像三公这样的外朝要职，居然可以明码标价，可见当时的政治已经堕落到了何种程度。而汉灵帝贵为天子，成天惦记的却是私财，又是何等的粗鄙可笑。
正是在士人离心，皇权堕落的氛围下，东汉王朝的生命走向了倒计时。随之而来的是纷乱的三国时代和西晋的短暂统一，以及南北朝长达200多年的大分裂。皇权和儒学，在历史的长河中，重新寻找着自己的合适位置。最终，在时间推进到隋唐以后，出现了三省六部制、科举制等新的权力和选官安排。中国的政治大一统图景，在翻过东汉这一页后，也以新的形态再度出现了。