周馥下车伊始接手的第一件公务便是招商承办弊窦丛生的官办上海船坞公司。这个船坞是同治初年李鸿章在江南制造总局内开设的，目的是制造官商轮船和兵船。
此后，由于没有专业人员负责，再加上经营管理不善，亏赔累累，无法维持正常的运营，导致多年来商船、兵船都入洋坞进行修理，致使资金外流。
周馥认识到问题的严重性，决定进行整顿。经过与北洋大臣袁世凯的往复咨商，决定派专员管理船坞，并仿照商坞办法办理，借以清除官场旧习。
一、周馥对政治经济的改革
由于船坞事务与海军联系密切，周馥决定船坞事宜一并由水师提督叶祖珪总理，副将吴应科具体负责，并委派洋员巴斯久担任船坞的总稽查。
周馥在处理此事时表现出灵活的经济头脑，提出了按劳分配，多劳多得的原则，指出员司人等果能始终出力，将来若有余利应酌提花红奖赏以示奖励。
这样就提高了员工劳动的积极性与主动性，经营业绩大有起色。这一时期，清末著名状元实业家张謇计划在家乡兴办新式渔业公司，希望得到总督周馥的大力支持。
周馥深知此事若能办有成效将对发展地方经济大有助益，便亲自上书清政府陈述此事，指出“欧美各国海滨之地，渔业为大宗。
既有水族院考求种类之方，复有养鱼书详绘鳞介之状、取鱼之法，民受其益，而国家亦收其利”。
而中国临海七省海岸线长达数千里，依靠捕鱼为生的有几十万人，但都是沿用旧法，网具笨拙，应该设法改良，以辟利源振兴商业，还能保全中国海权，清政府采纳了周馥的建议。
1905年5月，张謇获准在上海设立渔业公司总局，广设分局，采用法。渔业公司成立后获利颇丰，沿海渔民争相采用新法捕鱼，渔民生计颇有改善。
渔业办有成效后，周馥又把目光转向有厚利可图的矿业，他倡议成立查矿公所，以期查明江、皖、赣三省矿产所在，并聘请日本专业矿师辅助查矿。
查矿过程中，根据苗质及办理情形的难易，周馥把矿产资源分为上、中、下三等：脉旺、质佳、运道方便、附近产煤堪资熔炼者为上等：运道不便或远处购煤熔炼者次之。
脉不旺、质不佳或运道不便而就近又无煤炭可资者为下等。他的这种分类方法非常有助于提高矿产开发的可行性。经过查勘，基本确定了三省境内煤、银、铜、铁等著名矿脉所在。
随后周馥招集商股试办，并出示晓谕严禁民间乱售，以保障商股获利。尽管由于种种原因，特别是洋人对中国利权的攘夺。
以及开采技术和管理方式的落后，矿业开发未能走上良性发展的轨道，但周馥提出的发展矿业的基本原则无疑具有历史进步意义。
江苏海州地濒大海，北连山东，百姓勤朴，素务农业。当地绅士沈云沛、道员许鼎霖陆续设立了豆饼、面粉、垦牧三公司，生产渐多，风气渐开，商务渐兴。
有鉴于济南、潍县、周村开埠对发展地方商业大有裨益，周馥不失时机地奏请海州开埠。为了建设好海州商埠，周馥函请总税务司赫德选派善于测勘海道的工程师戴理尔前往海州。
会同当地官绅实地查勘。经过测勘，戴理尔称海州临洪口最宜开设商埠。他指出临洪口宽数十里，吃水八尺的船只都可以停泊，从临洪口往北数十里是青口，青口河水较浅，可以作为分卡。
他同时强调如果将青口之河择其路近处所开通，归并临洪口，则对河道、商务都会大有益处。
1905年9月，清政府同意海州临洪口开辟为通商口岸，定名为海州关，附近赣榆县青口及其余各口均作为海州关分卡一并设立。
鉴于海州位于青岛、上海之间，为航路往来必经之道，清政府同意该地绅士自雇小轮船装运货物，往来行驶。
海州开埠成功后，基于当时国内风气日开，周馥上书清政府要求各省逐步增开商埠，以保利权。
这条建议得到清政府的采纳，岳州、长沙、安庆、江门、南宁、昆明、思茅等批沿江或内陆口岸陆续开埠，与以往的“约开商埠”不同，这些新开的口岸均属于“自开商埠”。
其商贸管理权归中国政府所有，在一定程度上削弱了外国势力通过在通商口岸的各项特权对中国进出口贸易的钳制，有利于改善中国对外贸易的条件。
发展经济的努力取得一定成效之后，周馥也体验到封疆大吏对于消除社会陋习具有较大影响力。
于是长久以来压抑在心中的社会责任感逐步爆发出来，他决心不遗余力地消除地方丑恶现象，从整顿吏治入手。
事情起源于1904年7月清政府下令裁撤淮安关监督一缺，所有事务由两江总督负责。周馥在权力交接的过程中发觉淮安关积弊极深，主要是因奸胥蠹役作恶多端。
一怒之下，他将一千多名该关奸胥蠹役全部裁革剔除。全省上下为之震惊，吏风一度大整。在以后的任期中他还陆续惩处了许多地方贪官污吏，使江苏官场一度相当廉明。
二、周馥对时代潮流的影响
作为一个忧国忧民的正直官吏，周馥多年的官场阅历使他对酷吏虐待百姓的内情格外痛恨。
他深知许多百姓是迫于生计才犯法的，但真正因此而杀人越货者只是极少数，大多数不过是些小偷小摸的“棒老二”。
可是基层官吏往往把他们作为摇钱树，一旦这些穷苦百姓因犯事被抓无不立遭刑讯逼供，屈打成招，锁入大牢，县吏随即就向其家族索要大笔赎身钱。
为了使阴谋得逞，一个个县衙的牢狱活似人间地狱一样多、污秽狼藉、气息臭恶且易染病。
目的就是要以虐待致死来胁迫犯人家族缴纳巨款替犯人赎身很多交不起赎身钱的百姓只能惨死于牢狱之中。
由于条件所限，周馥虽一时难以刹住刑讯逼供的吏风，但他决心改良监狱，以恤罪囚。
他饬令下属各府厅州县将监狱房屋一律整顿重修，扶者扩建，低者增高，在檐际多开小窗，地铺改用活板，使空气清新通畅，不致触秽染疾，死于非命。
另外，还规定对罪名未定暂时关押者以及因案株连的人都要格外体恤，不使他们遭受皮肉之苦。周馥还下令各地都要大力开办习艺所，让犯人参加劳动，加强对他们的改造。
这些措施尽管未能坚持下来，且随着他的离任而一切恢复旧观，但这是腐朽的封建制度使然，这也是周馥人生的又一个悲哀之源。
因为他为之竭忠尽力的国家和政府竟是这样令他失望和无奈!甲午战争和义和团运动的惨败在身历其事的周馥心中留下了不可磨灭的印记。
在他看来，不增强军备就无以应对这种外来横祸。两江总督兼南洋大臣的职位为满怀抱负的周馥提供了一个实现这种理想的机遇。
他从当时中国的军事部署实际出发，率先提出集中兵力的构想，主张南北洋海军合并。这种南北分制的格局起源于海军创办初期，当时因财力问题，清政府先创办了北洋海军。
因投入财力较多，北洋海军规模较完备，装备较精良，而南洋海军则因陋就简，规模未备。创设以来，南洋旧有的兵船日渐破损，白白耗费经费，并且管驾各官大都不懂专业知识。
周馥到达两江后，认真察看了南洋海军，认为南洋兵舰亟应分别裁留，认真整顿治理，并且需要重新制订章程革除旧习。
同时，他考察各国水师、陆军，发现其都号令整齐、联合一气，虽然也有分合聚散，但都是统一管理，绝对没有两军不能合队之事。
为了复兴海军和海防布置的便利，周馥提出南北洋海军应联合编成一队，由专员统率，以便号令整齐。
在与北洋大臣袁世凯函商后，周馥建议由广东水师提督叶祖珪来统领南北洋海军，凡是选派驾驶管束各官、修复练船、操练学生水勇都归其全权负责。
同时南北洋兵舰的官兵也准他互相调用。南北洋海军合二为一，利于中国的海防，也利于中国海军的发展。周馥的建议是富有长远眼光和具有战略意义的。
海军调整完成之后，陆军的整顿也提上了日程。鉴于江苏兵制存在营制参差不一和饷章不统一两大问题，周馥着手从裁汰旧军开始编练新军。
江苏原有陆军70营旅，共计30800人，且年龄结构不合理，周馥首先下令裁汰4000名老兵。同时，他还将江南各路防营进行整顿改编，最终新组建为南洋常备兵步队四标。
南洋常备兵要塞步队四标，常备马队、炮队、工程队、辎重队各一营及军乐一队、留防步队三十二队等。
为了操练新军，周馥会同督练公所订立了《征兵总章》、《劝征章程》、《劝办征兵局章程》，各地按这三个章程来招募新军，征兵成镇。
为了办好征兵，周馥认为必须先办好两事，即建新营房、换军器被具，以便整齐训练。在周馥的努力下，江苏编练新军进行得有条不紊。
与全国其他地方相比，江苏新军的战斗力是比较强的。与此同时，新式巡警的编练工作也在周馥的指挥下有条不紊地开展起来。
在南京设立了总局、分局、分区、巡警所四级巡警管理机构，负责逮捕、侦探及水上巡警事务。南京巡警办有成效之后，周馥将编练巡警事务陆续推广到江南及江北其他地区。
这些地区的巡警事务很快就开展起来，对全省的安定发挥了保障作用。随后江西与安徽两省也陆续开始编练巡警，收效较好。
大力兴办各类新式学校是周馥在两江总督任上造福地方的又一大善政。随着1905年清政府正式废除延续了一千多年的科举制度，新式教育制度呼之欲出。
周馥顺应时代潮流，立即着手推行一系列教育改革。首先将三江师范学堂改为两江师范学堂，设有附属小学，作为学堂学生的实习场所，小学教师由学堂毕业生担任。
接着又将江北高等学堂改为江北初级师范学堂，由普通专科变为专门预科，计划招收学生二百人。
高等预科毕业生经两江总督、江北提督会同江苏学政考试合格后可以升入高等本科学习。随后江南陆师学堂改为五省武备中学堂，格致书院一律改为农、工、商、实业学堂。
南京书院改为师范传习所，算绘师范学堂扩充规制改为宁属初级师范学堂，上海广方言馆改为工业学堂。
三、总结
经过这一系列大刀阔斧的改革，传统教育脱离实际的空疏学风有很大扭转，学校教育的目的开始转为培养实用型的专业人才。
为了满足各行各业对专门人才日益强劲的需求，周馥也十分重视推动学生出洋留学。
1905年，他派水师优级学生吴振南等六人前往英国兵船学习驾驶。
后因编练新军的需要，他又派谭鸿佑等二十人前往日本学习陆军。1906年，周馥因“我国营缮工程之学素鲜讲求，遇有大工率须延聘外国工师，殊属不便”。
是筹集官款选派熟悉日语学生四名前往日本专门建筑学校学习，以便毕业回国后能加以重用。这些留学生学成回国后成为江苏推行新政的重要力量。