《暗黑物质》第二季一开场，就抛出一堆死掉的杰森·迪森复制体，让人看得一头雾水。随着米切尔·麦克纳马拉探员赶到现场，这桩发生在芝加哥地区的离奇案件正式由他接手。
假探员与复制体达成交易
麦克纳马拉由《硅谷》老面孔克里斯·迪亚曼托普洛斯饰演。他直接告诉其中一个杰森，自己其实不是执法人员。这个“根本不是警察”的人早就知道“他们”在克隆技术上已经接近突破，但芝加哥居然出现完整细胞？他直言：“胆子不小。”在威胁要杀掉这个复制体之后，这个杰森答应帮他找到“那个杰森”——也就是整场闹剧的始作俑者，那个掌握所有答案的人。
事情到这里只会更绕。真正的杰森·迪森正和丹妮拉、查理生活在另一个现实里。但他出门上班后，一个杰森复制体找上丹妮拉，最终被她开枪打死。杰森一号回到家，夫妻俩立刻开始清理现场。就在这时，一名警察因为一辆被遗弃的车找上门来，随后看到了尸体。杰森只好把警察绑在树上。由于警察在杰森阻止之前已经通报了情况，杰森和丹妮拉只能赶紧开卡车去接查理。查理对此很不满——他才过了七个月的安稳日子，如今又得离开。对一个高三学生来说，这日子确实够糟。
瑞安与阿曼达在另一个西雅图重逢
在另一个现实里的西雅图，瑞安找到了阿曼达。阿曼达说，和她一起来到这个世界的并不是杰森二号，她最初是和原版杰森一起来的。她还告诉瑞安，杰森二号绑架了杰森一号，企图抢走丹妮拉。瑞安则说，杰森二号把他丢在这里，身上只有衣服，无处可去。他去找姐姐时，没算到这个世界的差异会这么大——这个世界的瑞安几年前就死了。他把真相告诉姐姐，她居然信了，但瑞安还是觉得哪里不对劲。几个月后，他合成了安瓿材料，却发现箱子已经被一个建筑队移走了。瑞安和阿曼达因为彼此理解而感到安慰，同时也确认了一件事：杰森二号确实是个混蛋。
“礼貌世界”里的意外发现
后来瑞安和阿曼达再次碰面时，他们注意到这个现实里的每个人都情绪稳定、积极向上，还耐心得让人抓狂。瑞安形容这里是“一个礼貌过头的世界”。两人在芝加哥的“豆子”雕塑附近时，一件新的“公共艺术品”正被送回城市中心。他们震惊地发现，那件被揭幕的东西竟然是那个箱子。不过阿曼达猜测，箱子已经和主电源断开，现在只是个普通箱子。瑞安由此判断，自己可能永远被困在这里了。
镜头再转到莱顿这边，他已经成了一名瑜伽和冥想教练。一节课结束后，他的门被打开……