1402年，朱棣攻破南京金川门，朱允炆提前在皇宫放了一把火，把个皇宫大殿烧成焦炭。《明太宗实录》明确记载朱允炆“阖宫自焚”于奉天殿，朱棣曾派人救火，但火势迅猛未能救出。马皇后拒绝投降，投身火海殉国，死于宫中大火。事后，朱棣也仅发现了她的尸身。
这位小爷从此消匿于历史。他是生是死，下落不明也就罢了。四叔为了他，从此没睡过一个安稳觉。对朱棣这种天生猜忌的人，“活不见人，死不见尸”等于要了他的命。
朱棣总是魂不守舍，派心腹把明宫清扫三天，然后才登基。为了稳定政局，平息外界舆论，散布流言说朱允炆逃脱，就是掩盖弑帝行为。然后再收拾朱标一系，关的关，折磨的折磨，最后男男女女都无了。后来据说迁都北京一是为了弥合南北差距，二也是恐怕朱允炆的阴魂不散。所以，一走了之，还是到北平藩府才安心，毕竟南京才住了几年？北平才是他大半辈子的家。
朱棣的皇位坐的实在不容易。靖难之役前，怕侄子要自己的命。靖难之役后，又怕侄子回来索命。一辈子活在恐惧之中，到死都没有放下这个思想包袱。
朱棣是历史上唯一造反上位成功的藩王，名不正言不顺，所以他在位的二十二年里是拼了命的去做一个有为皇帝，下西洋、征安南、亲征漠北，修运河、迁都北京、修永乐大典，这些事放在别的朝代，早不堪重负亡国了，可在朱棣手上，大明蒸蒸日上，万国来朝。他就是要用这些文治武功，来向世人证明，他才是更有资格坐在皇位上的那个人。他的杀伐果断、猜忌多疑、六亲不认，无不说明他其实内心惶恐。而惶恐的源头，正是朱允炆。
因为朱棣起兵是打着“清君侧”的旗号，朱棣宣称朱允炆被方孝孺等人蛊惑了，那么造反成功弄死奸臣之后，你是不是要好好辅佐朱允炆？只有朱允炆失踪了，你才能暂摄皇位，等找到了朱允然后再把皇位还给他。朱允炆如果跑了，那这个问题就很严重了，毕竟朱允炆才是合法的皇帝，如果别有用心之人，找到朱允炆，打着诛杀乱臣贼子的旗号造反了，到时候朱棣肯定一头包。所以，朱允炆必须一直去找，而且也必须找不到。
朱棣发动五次北征找蒙古的麻烦，愣是亲自带兵打到了斡难河畔，自豪地夸耀：五百年来，也就我到了这里。朱棣把蒙古人踩在马蹄下时，恍惚看见，成吉思汗当年从这片草滩子崛起时，竟然也就刚刚两百年而已！真是其兴也勃焉，其亡也忽焉。虽然他有一股把成吉思汗踩在脚下嘲弄的豪情壮志，但他始终没有放不下内心那一丝丝的恐惧。
朱棣晚年多病，因深感一生征战杀业深重，转向佛教寻求心灵慰藉。他常读诵佛经忏悔罪业，尤其重视《金刚经》，并在驾崩前一年（永乐二十一年，1423年）亲自主持编撰《金刚经集注》，汇集唐宋53家注释，强调诵经可“灭无量罪愆，获最胜福田”。可以说，为了消除内心的恐惧，他把能想到的消灾祈福的法子都搬了出来。人一旦有了心病，往往是病急乱投医的。他还曾耗费数年亲自抄写40卷佛经，并将经文铸于永乐大钟（重46.5吨）上，作为“永恒载体”。钟身刻有22.7万字佛经咒语，每敲钟一次象征念诵经文一遍，旨在超度亡灵、延寿祈福。
建文帝是朱棣的心结，他的离奇失踪始终是个谜，以当时环境，一个人根本没可能长期躲藏。朱允炆始终没被找到，说明是有人故意庇护，而且这股势力的能量之大，足以对抗皇权。换言之，这股势力随时可以抬出朱允炆来名正言顺的反朱棣。建文帝一天没找到，朱棣就一天不安心。为了找到朱允炆，朱棣可谓是下了血本。他派出了两个得力干将：一个是户科给事中胡濙，另一个就是我们耳熟能详的郑和。这两人一个走陆路，一个走海路，可以说是把能用的办法都用上了。
胡濙是朱棣的心腹，为人精明能干，忠心耿耿。他走遍大江南北，走村串户，查访朱允炆的下落。当时有传言说朱允炆可能剃度出家了，胡濙遇到可疑的和尚就仔细盘查。这一查就是好几年，把整个中国都跑遍了，可惜一无所获。
另一边，郑和的任务更加艰巨。朱棣派他率领庞大的船队下西洋，表面上是为了宣扬国威，实际上还有一个秘密任务：寻找朱允炆的踪迹。郑和带着船队走遍了东南亚、印度洋沿岸，甚至远至非洲东海岸。每到一处，他都会仔细打探有没有类似朱允炆的人出现。这一找就是七次航海，前后持续了二十八年。
朱棣篡夺了皇位，其实在南京一天都没想待下去。1403年就计划回北京。他升北平为“北京”，改北平府为顺天府，设为“行在”（临时首都）。然后一直移民充实北京，迁入江南富户、山西商人及流民。1406年开始筹建北京全城，1409年首次巡幸北京，1411年开始挖运河，1417年开始造紫禁城，1421年正式迁都北京。他只想逃得远远的。
永乐二十一年（1423年）的一个深夜，已经十二点午夜了，朱棣劳累一天早已经躺下休息。突然有太监来报，说户科给事中胡濙求见，声称有要事禀报。朱棣一听是胡濙，立马来了精神。胡濙进殿后，朱棣迫不及待地问他有什么要事。胡濙却没有直接回答，而是请求单独面谈。朱棣见状，立即挥退了左右侍从。
胡濙和朱棣私下里谈了一晚上，直至凌晨四更（约4小时）。具体是什么内容史书没有记载，之后朱棣就发起了第五次北伐，直到病逝于榆木川。是什么样的内容然后朱棣如此重视》而且还是私下里商谈，估计也就只有朱允炆的下落了，有可能胡濙找到了朱允炆，可能此时朱允炆已经放下了，也有可能已经死了，朱棣了却了一桩心事，所以才发动了最后一次北伐。
咱们小说演绎猜测一下：朱棣连声追问："在哪里？是死是活？"胡濙讲到他一直在暗中调查，终于在一个偏僻的寺庙里发现了线索。那个寺庙里有个和尚，行为举止很是不凡。胡濙觉得这和尚有可能就是朱允炆，于是暗中观察了很长时间。他发现这个和尚不仅学识渊博，而且对朝廷的事情特别关心。这更加坚定了胡濙的猜测。朱棣听到这里，急不可耐地问道："那你确定那就是朱允炆吗？"胡濙摇了摇头，说他不敢百分百确定，但是有很大可能性就是朱允炆。
当太阳的第一缕阳光照进宫殿时，朱棣和胡濙的谈话才结束。朱棣看起来疲惫不堪，但眼中却闪烁着奇异的光芒。他对胡濙说："此事暂且不要声张，你继续暗中观察。"胡濙领命退出，朱棣则陷入了沉思。这场深夜密谈的内容，除了当事人，没有人知道。但是从此之后，朱棣对寻找朱允炆的态度似乎发生了微妙的变化。
“惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝疑之。五年遣濙颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在。濙以故在外最久，至十四年乃还。所至，亦间以民隐闻。母丧乞归，不许，擢礼部左侍郎。十七年复出巡江浙、湖、湘诸府。二十一年（永乐21年1423年）还朝，驰谒帝于宣府。帝已就寝，闻濙至，急起召入。濙悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”
历史学家们对这次密谈的结果有四种猜测。第一种说法是，胡濙确实找到了朱允炆，但朱棣出于某种考虑，决定不公开这个消息。第二种说法是，胡濙找到的只是一个疑似朱允炆的人，但无法确定。第三种说法认为，胡濙其实什么都没找到，只是为了安抚朱棣编造了一个故事。第四种说法则更加大胆，认为朱棣其实一直知道朱允炆的下落，这次密谈只是一场戏。
朱棣死后，继任的朱高炽做出了一个令人意外的决定，他下令停止寻找朱允炆，并且宣布朱允炆已经圆寂。朱高炽的这个决定，实际上是给朱允炆的事情画上了一个句号。从此以后，朱允炆的名字在官方文件中再也没有出现过。这个曾经让朱棣寝食难安的人，就这样悄无声息地退出了历史舞台。
经过朱瞻基的短暂统治，英宗统治期间，还有人声称看到过朱允炆。有个有趣的传说是，朱允炆化身为一个老渔夫，在太湖边垂钓度日。这个传说被编成了话本，在民间广为流传。英宗对这些传说采取了置之不理的态度。他既不否认，也不确认。
甚至有一个传说故事，说得有鼻子有眼：八十岁的建文帝从江南来到北京，给朱祁镇上书道：我当年避难后宫，从地道里跑了出来，你们都不知道，以为我死了。其实我一直剃了头在江南一座寺庙里修行，一晃几十年过去了。我今年已经八十岁了，对人生也没啥指望了，我只想回家，埋在我朱家的坟墓里，不想死在异地他乡。我身上有高皇帝给我的密敕，我希望以后的史书记载我不是死于自杀。
朱祁镇亲自召见，让当时还活着的老臣以及太监宫女都出来辨认真假，但是时间相隔太久，大家都不认识他了。建文帝指着一个老太监说，你不是那谁么，我曾经在有一年的七夕赏过你三个桃子，你匍匐在台阶下吃了一个，怀里装了两个。我问你为啥装起来，你说要带回去给老父亲尝尝。我看你为人孝顺，就又赏了你五个桃。你还记得吗。老太监忽然也想起好像有过这么一回事，于是和建文帝抱持大哭，涕泗流溢。朱祁镇又召吏部尚书蹇义和右都御史洪英等人问了建文帝好多前朝秘事，建文帝说的丝毫不差。
朱祁镇一看这个老和尚不是赝品，于是下诏厚养于诸王馆中。未几，一夕暴卒，众皆疑其遇毒也。朱祁镇命令以公礼葬于郊外。
不过也有一种说法，建文帝早死，他出逃的说法不过是朱棣欲盖弥彰罢了。历史上自焚的帝王不少，包括纣王、李从珂等。但假死的太少，一般是真得死掉了。因为这种出逃方式很难，从纵火烧殿、安排尸首、化装潜逃、开路陪同等工作都需要有人落实，这是很大的一个知情团体。这种秘密很难长期保守住。历史上出逃的君主中，唐玄宗、元顺帝、咸丰帝等都是在围城之前就溜之大吉。而能在围城之后突围而出的君主实属凤毛麟角，幼天王洪天贵福被抓了，崇祯皇帝假扮太监也出不了城门，最终吊死煤山。
所以，这个答案究竟是什么？朱允炆的命运如何？这个尘封已久的谜团，估计早已经没人去追究真相了。