尹耕莘，1919年4月出生于浙江省长兴县里塘乡刘景村（今虹星桥镇刘井村）一户地主家庭，家中有父母、两个弟弟和两个妹妹。幼年读私塾，9岁入虹溪小学读书，高小毕业入湖州中学读书，后转入杭州浙江民众教育实验学校就读。
1937年7月抗日战争全面爆发后，在进步教师严北溟等引导下，尹耕莘等爱国青年向往延安。1937年冬，学校迁兰溪后不久解散，他和十来位同学拟前往延安。到南昌后，参加了江西省青年服务团第六队，在南昌、吉安、太和一带做抗日救亡宣传工作。1938年6月，尹耕莘经邱淑燕介绍，在服务团秘密加入中国共产党。因当时形势紧迫，青年服务团成员大部分撤到南昌。
1938年8月，党组织决定尹耕莘调皖南泾县新四军军部，被编入新四军青年服务团，一个月任教导总队任文化教员。不久，以总队训练处副官名义派往国民党第三战区防毒训练班，学习月余返回军部教导总队，任训练处政治干事、技术科长，总队队列科长。1939年秋，任新四军军部从事技术侦查工作的三山办公室破译组长（一组组长）。有一次，胡立教科长拿来一叠电报及空白本，已猜了少量字，要求尹耕莘接下去猜字。此密本系国民党军队顾祝同、上官云相司令部属电讯通用本——“壮志凌云”密电本。经过艰苦钻研，成功侦控了韩德勤、李明扬、李长江、陈泰运等部通信系统，并突破其核心密码，保障了苏皖边反敌伪顽作战和黄桥战役的胜利。皖南事变前，侦获了国民党第三战区顾祝同、上官云相等所属顽军对我军围堵袭击的情报。
1941年1月皖南事变中，尹耕莘随军部北移，几经转移突围未成，为国民党东北军一0八师所俘，押送到泾县赤滩镇五十二师师部集中，在从泾县押往上饶集中营的路途上，他组织朱诚基、张本清、熊永龄等，于旌德县与太平县交界的黄花岭山道上成功逃脱，经当涂洪田都地下党员邵世安安排，辗转到达淮南新四军七师三官店归队，后随军部人员于9月回到新四军军部“胡立教办公室”。1942年8月，“胡立教办公室”改名为新四军军部调查研究室，尹耕莘任一科科长。1945年，任军部调研室副主任。期间，调研室先后掌握了汪伪苏南“清乡”、国民党顽军“东进”、国民党在苏皖边区搞摩擦、日伪“扫荡”的情报，从伪军任援道、郝鹏举部，国民党韩德勤、汤恩伯等系统及桂系，获得了大量蒋顽及日伪军情报，基本掌握了江淮苏皖敌人动向，为苏皖边反敌、伪顽军作战，新四军东进与八路军南下部队会师，皖东反摩擦，盐阜淮海等地反“扫荡”，苏皖等根据地的开辟和巩固，提供了情报保障。
抗日战争胜利后，尹耕莘率队到津浦前线。1946年1月，任新四军兼山东军区司令部情报处调研室主任。解放战争开始后，尹耕莘组织了为鲁南、苏北、两淮歼灭国民党军第九十二旅冼盛楷部的胜利提供了情报保障工作；后与华中野战军情报处共同保障了宿北、鲁南战役的情报工作。1947年1月华东军区组建后，尹耕莘任军区情报处调研室主任，副主任旷思贤、石昂。随后，华东我军上报中共中央和中央军委的有关电报中启用了“尹旷石”的电文落款署名。他们组织了为莱芜、孟良固、胶河、莱阳、南麻、临朐及外线出击沙土集、许昌、洛阳、豫东、宛西等战役的情报工作。上述战役结束后，尹耕莘随军部梯队至渤海，组织了为中原野战军阜阳突围及昌潍、济南、淮海、渡江、上海、福州战役战斗中提供了情报保障工作。期间，曾得到第二野战军首长致电感谢。1949年2月，毛泽东主席在河北西柏坡接见了全国二局工作会议的代表，尹耕莘同志受到了接见。
新中国成立后，尹耕莘任华东军区、第三野战军司令部第二局局长，中央军委二局局长、总参三部第五局局长。1950年，尹耕莘与赖石昂副政委为福州军区建局，前往福建及东南沿海侦察建设基地，与后梯队协调对国民党进行技侦情报的全面侦查与控制，配合开展了南日岛、东山岛、大陈列岛及一江三岛等战斗的技侦情报保障任务。1950年3月，毛泽东主席和周恩来总理在北京中南海接见总参三部二、五局工作会议的代表，尹耕莘受到了接见。1961年2月，尹耕莘兼任南京军区技术干部学校校长、政委。领导了为粉碎国民党反攻大陆阴谋及小股武装特务对大陆的渗透袭击提供情报保障工作，同时获取了大量军事、政治、外交、经济和安全保卫等情报。
1973年5月，尹耕莘任江苏建设兵团副司令员，1978年6月任江苏省军区副司令员，1978年8月任解放军洛阳外国语学院院长。
1955年，尹耕莘被授予大校军衔，荣获二级独立自由勋章、二级解放勋章和独立功勋荣誉章。
1983年9月，尹耕莘离职休养（副兵团职待遇）。
2011年11月27日，尹耕莘在南京逝世。享年92岁。（根据童来喜等主编《无衔将领——从新四军中走出来的未授将衔的军以上干部》改编。）