天启元年三月，辽沈失陷、十几万明军尽没。在内阁次辅刘一燝和御史江秉谦的力荐下，朝廷决定召回去职不到半年的熊廷弼，任命为兵部右侍郎参赞辽事。但熊廷弼以抱病为由，坚决不同意出山。
其实不光熊廷弼不同意，同时间其他几位被升职回京入兵部事的大吏都谢绝了召令，如张鹤鸣（贵州巡抚）、王在晋（山东巡抚）、祁伯裕（甘肃巡抚）等。原因无它，杨镐、熊廷弼、袁应泰已证明辽事是个烫手山芋。
三月二十七日，天启下旨申斥并令兵部尽快督促相关官员到任。同时也用“忠臣义士”激将熊廷弼，“方今奴酋荐食狂逞，忠臣义士岂无枕戈击楫之思”。两天后天启又发敕谕打感情牌，肯定熊廷弼功绩的同时称自己非常后悔，不该错信谗言致其去职。并坦言自己少年登基难堪重任，恳请熊出山相助等等。
因熊廷弼还是不为所动，四月中天启又发出一道敕谕。一面继续宽慰劝说熊廷弼，一面高调宣布要处置当年弹劾熊廷弼的言官们（后冯三元、张修德、魏应嘉降三级，姚宗文罢职，郭巩外贬）。
至此熊廷弼无法继续推脱，只得领命谢恩，但并不看好自己的结局。熊廷弼临行前致信朋友张五云托付未尽家事，言辞颇有悲鸣之意，可能觉得自己此次北上后再也不回来了。
五月十八日熊廷弼抵京，情况似乎比他预想的要好得多，因为此时辽东已经有了主事人 – 辽东巡抚王化贞。
经略袁应泰殉国时恰逢辽东巡抚薛国用病倒，原广宁右参议王化贞不得不临危受命，代为履行辽东巡抚和经略职责。因表现出色，王化贞不仅接替薛国用出任巡抚，也是辽东经略的热门人选。但熊廷弼改变了一切，六月初一他应天启问询上呈了《三方布置疏》。
广宁用骑兵对垒河上，以形势格之，而缀其全力；海上督舟师，乘虚入南卫，以风声下之，而动其人心，奴必反顾，而亟归巢穴，则辽阳可复。于是议登莱、天津并设抚、镇。山海适中之地特设经略，节制三方，以一事权。
首先，多路包夹后金这种战略的原创是王化贞。他早在五月就向朝廷谏言，“今之画谋而守者，非为区区河西弹丸计也，将进而抚定四卫（辽南），收取辽阳”。其安排毛文龙偷袭镇江，也是为了开辟包夹后金的新战线。
其次，熊廷弼的“三方布置”提醒了天启一个事实。
河东的失陷，不仅意味着征剿后金的战略基地要向关内转移，还需将多省资源统一调配和管理。虽然从组织效率上说，熊廷弼的建议无可厚非。但明廷和皇帝从“安全”方面去看，就不可能允许京畿周边出现一位执掌十几万大军和数百万钱粮的封疆大吏。明廷赌不起，所以必须拆权。
最初熊廷弼赞同吏科给事中薛凤翔的建议，不再另设经略一职而是扩大王化贞的巡抚权限。但基于上述考虑，天启和中枢还是弄出个很别扭的方案。六月初五，任命熊廷弼为兵部尚书兼都察院右副都御史经略辽东，并专门指出“山海设经略重臣，节制三路水陆官兵”，即熊廷弼是王化贞的领导。
朝廷的本意应该是王化贞统领大军与后金作战，熊廷弼作为领导钳制王化贞并负责为征剿后金筹措援兵和军需。因为熊廷弼第一次出任经略时就表现出他强于后勤，而且基本不干预一线军事。
只能说想法美好现实残酷，朝廷不仅从一开始就把王化贞和熊廷弼置于争斗的漩涡，而且也忽略了王化贞和熊廷弼都有着各自的执拗。两人关系的正式决裂，源于王化贞的一份奏疏。
七月十一日，王化贞向兵部上报兵马钱粮状况以及战守之策时，附带表达了一些其它“观点”。
其一，他觉得自己所尽大多为经略职责，只因之前经略缺位，依据“便宜行事之权”代经略布置。但巡抚与经略“一体承担”，他有责任向经略汇报，相关号令也应当视为出自经略。
这潜台词为，不光是以后追责时锅不能他一个人背，如果真让熊居上谋划，那他王化贞也不会替熊背锅。
其二，如今经略到任，他不敢不全数交还权力。之前他代经略发布的命令、部署等，如果经略不同意，可以通知他修改。
这潜台词为，经略不要乱改相关部署和计划，或者说他不会完全还权。
从王化贞的视角，这并不是故意搞事。
因为河东大溃，人皆言河西也不可守时，是他王化贞顶在最前线。现在局势稳定了就空降个经略（还疑似盗版他的战略），王化贞怎么看都觉得熊廷弼是来“摘桃子”的。顶在一线本就危险，再加上明廷对于败将极酷（几乎全是死罪），王化贞也不愿意将身家性命交付他人之手。
从熊廷弼的视角，王化贞这个人非常不地道，所以他回怼了一份奏疏。
一，熊廷弼觉得王化贞是在“越级上报”，无视纲纪和他这个领导。二，熊廷弼认为王化贞借奏疏强调“便宜行事”之权，实际是不想还权于经略。三，熊廷弼认为他和王化贞之间的职务关系不是“一体承担”。
熊廷弼的意思是，他作为经略掌握“大关窍”，即整体的部署和谋划。而巡抚应通过自身“便宜行事”之权，去实现经略的决策并负责。哪有什么交还后由经略担责一说，“凡一方军马钱粮、虏情军机皆得专主，非假非借，不得交还也”。
熊廷弼的反击，从管辖的角度是对的。但对于王化贞来说就太欺负人了，同意你来摘桃子已经不错了，还要我给你“背锅”？此后两人就开始争锋相对起来。
七月十九日，毛文龙的“镇江大捷”进一步激化了两人的矛盾。
由于明军在辽东一败再败，这场战果不大的胜利被明廷视为“奇捷”（天启还举行了献俘仪式）。王化贞因此声望大涨，天启也同意了他比较激进的进军三岔河计划（两面夹击后金）。
王化贞立马派遣四万明军进驻三岔河，得到消息的熊廷弼也亲率两千兵马出关支援。但努尔哈赤很快就击溃了在后方搞事的毛文龙，当熊廷弼到达广宁右屯卫时，王化贞连辽河都没有渡，就率兵返回了。
到此熊廷弼大概率又给王化贞加了一个无能的标签，对王化贞的反感也从对事向对人偏移，而熊廷弼的“嘴毒”是出了名的。
如王化贞热衷于联合蒙古共灭后金，熊廷弼宁愿别人说他越权（辽东巡抚有“专司蒙古”之权），也要骂王化贞“言吾用西人可以不战，战，吾用其叛降，可不烦兵而下 …… 种种自诩自任，而毫无一验也”。
王化贞整编各地援军后，提议命名为“平辽军”。熊廷弼反对不说，还嘲讽王化贞无知，辽人又没有造反，你平什么辽 ……
争到十月，熊廷弼专门给王化贞写了封信。将数月来对王化贞的种种责难又汇总以领导的身份重新训诫一次，并批评他急于求成不用心于防守和练兵等等。信尾熊又表示自己本不想说，只是“功罪一体”不得不说（意思就是你在坑我）。
熊廷弼也知道他这信能气崩王化贞，所以在信里专门写道，知道你看完会又气又恨，但希望你能平复心情好好想想我说的话 … 如熊廷弼所料，王化贞看完信后气得半死，从此以后不再搭理熊廷弼。
王化贞处没回应，熊廷弼就开始指责兵部尚书张鹤鸣和内阁不配合他实施军事部署和指挥王化贞，不仅这场斗争变得愈加复杂，也让熊廷弼越来越负气。朝廷要求熊廷弼出关常驻前线，熊廷弼就开始各种回怼。总而言之，越是有人要求，他越是不同意（一直杠到十月二十五日才出关进驻广宁右屯）。
由于经抚越闹越凶并波及朝堂，朝廷不得不开始考虑如何处置二人。
最初有人提议“留一去一”但天启没有同意，而是根据熊廷弼信里的“功罪一体”传旨二人在辽事上“同功同罪”。意图捆绑二人迫使他们主动合作，但是没有效果这两人吵得更凶。
十一月王化贞上了一道非常激进的奏疏，“以六万军平辽”。熊廷弼上疏嘲讽，请王化贞火速发兵平辽，并请将自己罢职以免折损将士们的士气 ……
天启二年正月二十三日，熊廷弼在闾阳驿见到自广宁大败而来的王化贞，除了嘲讽“六万军荡平辽阳，竟如何”之外，也在考虑如何切割与广宁之败的关系，由此做出了一个非常错误的选择。
熊廷弼单方面重新界定了经略和巡抚之间的责任关系，王化贞负责关外，他居山海关负责登莱和天津。因此熊廷弼没有考虑收容溃兵夺回广宁或者就地组织防御，而是直接下令关外撤防，退回山海关。
这个决定是导致熊廷弼最后被传首九边最重要的原因，就如会审的判语“廷弼试扪心一思：比之杨镐更多一逃，比之袁应泰反欠一死”。“逃命罪加三级、殉国罪减一等”，虽然是句玩笑，但确实是古代朝廷和士大夫们的政治原则。熊廷弼不可能不明白，只能说他此时过于偏执与王化贞划清界限了。
退回山海关后，叶向高、王在晋等人力劝熊廷弼赶快出关复土，以图戴罪立功。但熊廷弼却选择打嘴仗，上《封疆已失疏》《辽事是非不明疏》《请发从前疏揭质对疏》意图说明关外不是他的责任区，广宁之败也没他的锅 ……
对于天启和部分朝廷官员来说，熊廷弼就是为求一命而不顾体面了。所以既便没有党争，他也是死路一条了。
编者附：广宁惨败后，王化贞没有退回山海关，驻留在宁远前屯卫，后论罪未及家人。广宁兵备道参政高邦佐（当时申请辞职已被朝廷批准）在松山自尽，朝廷赐祭葬谥忠节。兵部尚书张鹤鸣自请出关巡检，加太子太保、赐蟒玉及尚方剑。对比下来，熊廷弼有点不太会做官。