清末，随着近代企事业的兴办，要求交通运输有近代化的发展。据《清德宗实录》光绪二十八年五月(1902年6月)，吉林将军长顺奏准修建省内吉林至长春的铁路，估定经费白银260万两，由户部拨发80万两，余由吉林地方自筹。时俄修中东路将竣，多次陈请长顺欲将中东路支线由长春展至吉林，均为长顺所拒。俄人见吉长铁路由地方自修，以吉长路自修“有碍”中东路为由要挟清廷。
自庚子之役起俄兵侵据中国之东北地区不撤，依势索勒地方诸权。清廷令与吉林协议，于是长顺与东省铁路公司于同年7月11日草签《东省铁路公司接修吉长支路合同》16条，吉长铁路由东省铁路公司修建、经营，36年后得由中国赎回，除铁路占官地无偿拨给、民地按价收回，占地一律不交地税。筑路物资则由俄营哈尔滨机器厂供应，铁路界内命盗、词讼则由铁路交涉员审理。路权完全为“东铁”所有，且及于界内行政主权。
清政府拒绝批准此合同，令吉长铁路仍由吉林地方自修。1903年7月14日中东铁路全线通车。东省铁路公司复迫促吉林将军长顺于同年9月14日与“东铁”代表聂达尔再订吉长铁路由“东铁”修筑的草合同上奏清廷，旋因日俄战争爆发(1904年2月10日)，此议逐寝。吉长铁路亦未能自行修筑。
1905年5月，清政府命吉林将军趁日俄战争之机，加速修建吉长铁路。同年7月吉林将军达桂以与俄订之“草约逾限，应归无效”准奏继续自办。于是成立吉长铁路公司，宋春鳌为总办。拨度支部银 80万两，吉林银元厂银999000余两为筑路经费，并招募商股。经过一年多的勘选线路，确定沿线车站及用地、购置铺路砂石、木材及建房材料，支银百余万两，甫值动工铺路，清廷突然下令暂缓动工。修路复又搁浅。
原来1905年8月日俄在《朴茨茅斯》和约会谈中，顺应日方旨意，俄方表示同意日本修筑吉长铁路，日本以该声明为条件，同意把原对中东铁路支线的要求从止于哈尔滨改为止于宽城子(长春)。同年12月22日，清廷被迫同意旅大租借权及中东路南满支线由俄国转让日本。在中日签订《会议东三省事宜条约》的谈判中，日方提出：长春至吉林省城的铁路，由中国自修，款如不敷允向日本借贷，以半数为度。成为日后要求谈判的伏笔。
1907年中日谈判收回日俄战争中，日军擅自修建的新(民)奉(天)轻便铁路，吉长铁路必须向日借款成为中国赎回新奉路的条件之一。据《新纂约章大全》记载，在同年4月5日中日签订《新奉铁路协约》中，即加进了吉长铁路修建，向南满洲铁路股份公司借需款之半的内容，借期25年。并规定：期满前不得全数还清；借款以吉长路的产业及进款作抵押，并由中国政府作保；借款期间铁路总工程师、总会计师聘用日本人；吉长铁路若修支路或再接展，款项不敷应向“满铁”筹借。借款之半的具体数目会勘后再定。协约的内容由清政府邮传部咨达吉林，吉长铁路的吉省自修不得不停顿下来。
吉长路借日款消息传出，遭到吉林士绅商民激烈反对，于是成立“公民保路会”，请由商民集股自修。据《清代吉林档案史料选编》：集股章程发至全省，规定：各旗民地产按垧劝募，省城各旗民铺户房屋，按租价或间数劝募;商分四行，行分四等，按等劝募；商务总会分移外城各分会，酌量入股；自治会分劝各属旗民绅商共入股本。召开大会、发表演说、报纸宣传、深入铺户。并派人去奉天、北京请愿，全省很快集股白银170万两，至“闺阁之中典簪脱珥，幼童之子倒箧倾囊，咸曰：将来有无赢利，所不暇及，必争者路权耳”。在北京的吉林人亦集股白银40万两。
吉林自治会代保路会致书吉林巡抚，请其上奏朝廷，吉林铁路归吉林商民集股自修，指出：吉长铁路两次奏准自修，刻期兴工，强我必借日款，公法私法皆所罕见；路之所至即兵威权利所至，东清、南满纵贯全境，反客为主，吉长一路再为日有，则主权尽失，民命随之。要求抗废吉长前约，挽回路权。
1908年11月邮传部咨复吉林：保路会所集之款附入官股办理，不得再以自修为词。舆论哗然。指出：公民集股在与日人争修，非与政府争修，民股岂能随官股附入外款，自中外互市各省均受侵凌，满洲三省惨苦尤甚，东清属俄南满沦日，去虎迎狼，目睹斯情，仰天椎心，伏地流血。要求巡抚陈昭常咨行各部，抗议力争，吉长铁路归吉林绅民自办，像粤汉、苏杭甬二路那样，官民合力争得自修。
原来，粤汉路初借美合兴公司巨款并由该公司承修，条件苛刻，丧权失利，筑路15里糜款200万元。1904年鄂督张之洞倡废此约，终由鄂、湘、粤三省商民集资分省合修。苏杭甬路原借英款，亦为苏浙绅商抗废而集资自修，邮传部初皆不同意废约。（舆论）要陈昭常像张之洞那样与绅商一起抗废吉长路约。指出吉长路借款虽约定为需款之半，须再商具体数目，只要不再续约，争回商修较二路为易。倘日人有强权而无公理，致干盛怒，即将绅等律以祸首，以谢外交，而息愤恨。陈昭常说：“要他奏咨还是按部谕民股附于官股办理。”
陈的态度惹起公愤，吉林法政学堂等463名学生联名上书陈昭常，说他：祸不及肤则呼吁不哀，事不关心则营脱不力，御难责任官民各负其半，民且死力争之，垂泣告之，吉长协入新奉却无人过问。故宁为死，不做外人之奴隶。要求陈昭常迅速奏咨集资自修，以重国体而挽主权。
东三省总督徐世昌阅后批示说：东土士风不意有此嚣张之习，学生不得干予公事，查有干予外事者，照章办理。地方督抚态度若此，保路商修，虽集有民股而终不得成行。
1908年11月12日《中日新奉铁路续约》签订，约订吉长路修建借日金215万元，年息五厘，九三扣付。1909年8月18日签订《吉长铁路借款细目合同》。吉长铁路终以路款之半息借日金而才得继续修筑。
1909 年10月21日重设吉长铁路总局于长春，付良佐为总办，颜世清为会办，聘日人曲尾辰二郎为总工程师。12月2日举行开工典礼。1910年1月定线实勘，5月分15个工区包商开工筑路。
