在近日召开的美国分子病理学协会（AMP）年会上，罗氏宣布正在准备推出基于组织的全面基因组分析（CGP）测序试剂盒的全自动版本，该试剂盒能够在约24小时内完成文库制备和靶标富集，只需3.5小时的手动时间，降低了测序成本。罗氏公司的研究人员和早期获取用户Circulogene展示了该计划产品的早期数据，并在AMP年会上展示了相关海报。
据悉，即将推出的Avenio肿瘤组织CGP自动化试剂盒，同时还将提供一种新的泛肿瘤同源重组缺陷特征评分（HRDsig），该评分基于罗氏子公司Foundation Medicine的泛肿瘤基因组数据库进行培训，并调查了100多个独特的基因组特征。
罗氏诊断国际业务负责人Austen Cohen表示，该自动检测方法将于2025年2月推出。
2024年7月，罗氏已推出了Avenio肿瘤组织CGP Kit V2，这是2021年推出的第一代试剂盒的更新。该更新试剂盒已经采用了HRDsig评分，罗氏的Navify突变分析器分析软件的支持该评分的解释。
图：Avenio肿瘤组织CGP Kit V2，来源：罗氏官网
HRD作为多种癌症的生物标志物正变得越来越重要，因为这种缺陷会影响细胞修复DNA双链断裂的能力。使用HRD评分可以潜在地帮助确定乳腺癌或卵巢癌患者是否有适合PARP抑制剂治疗。
罗氏全球医疗事务和战略主管Muriel De Vos在会上指出，HRDsig是一种基于疤痕的全面特征标记，可提供功能性泛癌HRD读数（HRD“疤痕”通常指癌症细胞基因组中指示HRD的遗传改变或模式的集合）。重要的是，HRDsig旨在提供“独立于遗传改变的预测，从而能够检测HRD的非基因组机制”。因此，该特征捕获了大部分双等位基因BRCA病例、其他同源重组修复（HRR）基因突变的子集，以及可能患有真正HRD的HRR野生型病例。
除了HRDsig之外，目前的Avenio CGP V2和即将推出的自动化试剂盒旨在对实体瘤样本进行全面的基因组分析，可以检测肿瘤组织样本中的单核苷酸变异、插入和缺失、拷贝数改变，以及355个基因的基因重排，并提供其他基因组特征，例如微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷和基因组杂合性缺失。
自动化的CGP工作流程包括Avenio试剂盒、Roche Avenio Edge液体处理系统、Illumina NovaSeq 6000测序和FoundationOne数据分析软件，都通过Avenio Connect软件进行协调。
Cohen指出，Avenio Edge仪器是一个开放平台，可以兼容任何NGS工作流程。试剂盒试剂预先装入cartridge中 ，因此用户只需要拆除包装并将其放在仪器上，这与市场上的任何CGP工作流程都不同。该工作流程提高了实验室效率，最大限度地减少了人为误差，同时缩短了总周转时间，在可在5天内提供完整报告。
这与其他目前可用的商业CGP试剂盒或服务周期相当甚至更好。例如，Illumina的TruSight肿瘤学综合试剂盒（TruSight Oncology Comprehensive kit）在当地实验室运行，从样本到报告的周转时间为4-5天；由PGDx Elio检测提供支持的Labcorp组织完整服务宣传周转时间为6-13天；Guardant Health guarant360 TissueNext服务，从样本接收到结果的周转时间不到2周。
HRD领域的主要竞争检测是Myriad Genetics的MyChoice HRD检测，该检测是美国FDA批准的检测服务，可用于识别HRD患者，并可能有助于确定乳腺癌或卵巢癌患者是否适合接受PARP抑制剂治疗。Myriad宣传其检测可在收到肿瘤样本后14天或更短时间内返回结果。
此外，Myriad近日宣布Illumina将其基因组不稳定性评分（GIS）添加到TruSight Oncology 500 v2检测中，该检测正在开发中，将于2025年年中在全球发布。两家公司共同指出，与早期版本相比，更新后的分析将有更快的周转时间和更少的手动时间，以及敏感的变异检测和Myriad的GIS来确定HRD状态。
在AMP研讨会上，液体活检开发商和早期用户Cirlogene的转化研究副总裁Eric Thompson指出：“CGP是一个非常复杂的工作流程，既费时又费力，涉及大型基因panel，而且不断变化。Cirlogene使用CGP主要是因为它提供了比单基因检测更深入的见解。”
在对Avenio自动CGP检测的可重复性进行评估时，Circulogene的研究人员发现检测数据与罗氏的数据高度一致，特别是在基因组特征评分方面。装载化验运行的时间平均不到1小时，甚至比罗氏宣传的时间还短。
Thompson表示：“在我们的使用过程中，该检测具有非常高的一致性和非常稳健的结果。公司团队正在讨论将这种检测方法引入实验室，第一：检测有效，这是关键。当我们检测实验样本时，我们不能在质量上妥协。第二，自动化试剂盒真的很方便。”
同时，Thompson指出，该系统如果运行失败会使平台上的试剂失效，而条形码cartridge会影响之后的使用。此外，如果出现错误，负载检查错误需要很长时间才能清除。
对此，罗氏高级产品经理Sunandini Chopra表示，这是“一个有意的功能，以确保观察到的任何错误都已被纠正，然后要求用户从头开始重新运行负载检查程序，确保所有错误都已被清除。以这种方式设计系统有助于确保可以避免后期的故障，并且可以按照预期进行作业。”
Chopra表示，自动化试剂盒的其他特点包括从FFPE组织DNA提取到测序结果的总体通过率为99.3%，与小尺寸活检样本兼容，具有非常低（0.11%）的污染率，以及检测小变异的高分析灵敏度，检测限为1%-3.1% 。需要强调的是，Avenio CGP V2试剂盒和自动试剂盒都仅用于研究。
Chopra认为：“在短期内，提供内部CGP检测、软件和系统作为研究用途，会让我们有能力不断改进和创新我们的检测方法，并帮助客户走在科学进步的前沿。”
参考资料：
https://www.genomeweb.com/business-news/roche-prepping-fully-automated-comprehensive-genomic-profiling-sequencing-kit-q1-2025
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