从政治思想上，蔡元培是民权主义的拥护者，同时也主张联省自治，这一点与孙中山建立中央集权政府的观点是有分歧的。1926年11月14日，苏浙皖三省联合会（前身是上海全浙公会）成立，蔡任主席。12月19日，杭州各界联合会开会宣布浙江省自治，通过《浙江省政府组织大纲》，推选蔡元培、蒋尊簋、褚辅成、陈仪、周凤岐等九人为省府委员。后被军阀孙传芳通缉，避往福州（此时已被北伐军占领）。
1927年2月17日，北伐军攻占杭州。3月1日，浙江临时政治会议在杭州成立，蔡元培任委员，并代理张静江为主席。3月24日，他由杭州到上海，协助蒋介石发动清党。
一、清党“功劳”抹不掉，心路历程探讨
蔡元培一向清高，早期从政时曾与同侪相约组建“六不会”，以革命后旧同志或均将由野而朝，不免有染着官场习气的，欲提倡一种清净而恬淡的美德，相约“以不嫖、不赌、不娶妾为基本条件（已娶之妾听之），凡入会的均当格守，进一步则有不吸烟、不饮酒、不食肉、不做官吏、不做议员五条”，后删去最后两条剩六条，称为六不会。
为坚持约定，蔡元培曾食素12年之久，这样一个清高自律的人，如何成为四一二的背后元凶？
蔡元培虽然留学德国三年，但在马克思的家乡并没有接受他的学说，反而对俄国人克鲁泡特金的无政府主义非常感兴趣。1926年2月，他在归国声明中就已经提出建设国家不需要马克思主义的阶级斗争，而需要克鲁泡特金无政府主义的互助论。他所主张的互助论就是阶级调和论,不过是与传统的中庸之道或中和论结合起来而已，这与蒋介石的智囊戴季陶观点十分相像。
可以说，在资产阶级革命中，孑民先生绝对属于清正廉明、坚决进取的革命派，但跳出阶级框架，在新民主主义革命时期，他所代表的“士大夫”阶层，不论品格如何，都沦为了革命的右派。
1926年12月6日，三省联合会加入上海工商学联合会，并牵头组建了上海特别市民公会。这个公会是四一二前夕组建的上海特别市临时政府的预演。成立大会由沈钧儒任主席，决定了简章和委员的职责。简章主张“本公会以实现上海特别市的市民自治，谋求市民的福利为宗旨”，由闸北商会、商联会、上海学联、全学联、总工会、三省联合会组成。
上海特别市市民公会成立大会参加者名单如下：（商联会）邬志豪、王汉良、王延松、邬培因、胡凤翔（全学联）唐鉴、郑鼎勋、林钧（上海学联）刘荣简、王星垣、谢强生（总工会）汪寿华（三省联合会）沈钧儒、杨天骥、孟森、李次山、周继潆。商联会的代表除邬培因未确认外，其余都是全浙公会的成员。所以，全浙公会、三省联合会势力明显占有多数。其中四人在后来的四一二通缉名单上。
描述这段历史，是为了说明当时蔡先生已经深度介入政治，他是江浙沪国民党要员中迎接北伐军的组织者和领导者。虽然他不赞成武力解决甚至不赞成集权政府，但是他更不赞成共产党主张的阶级革命：在四一二之前的上海，他亲眼见证了工潮、学潮的“杀伤力”，又听到吴稚晖等人描述的南方农民革命潮，愈发忧虑和反对。
二、拥蒋到离蒋
根据《蔡元培日记》记载，1927年3月24日上午九时到沪。前两日连续拜访潘宜之（时任白崇禧司令部参谋长）、张静江等人，27日“迁蒋处”（笔者翻译：搬到蒋介石住处的隔壁，与吴稚晖等人同住，酝酿大事。蔡、吴二人曾在蒋处居住多日。）日记在之后十几日内再无记载，留白到4月10日，此时事变虽未发作，但策划人的工作已完成。
蔡孑民先生一生洁身自好，对四一二这一污点，不仅在自己的日记中毫无记载，而且在自传《孑民自述》中也毫无点墨。想来先生也是以此事心中难安，而不愿回忆。
事实上，这段时间很忙，天天在开会。3月28日，与吴稚晖共同召集了在上海的中央监察委员开会，会上责难共产党“运动过火”。4月1日，向海外归来、经停上海的汪精卫投诉共产党问题。4月2日，在中央监察委员会议上，讨论清除共产党的行动。4月9日，在中央监察委员会议上，抛出《共产党祸党证据及共产党在浙祸党之报告》，联合发表《护党救国》声明，倡议清党，提出197人建议看管名单。
这种大力的反共活动，直接推动并促进了蒋介石军队在4月12日对上海的我党党员和革命群众进行大规模镇压。所以，这件事是先生一生污点，证据确凿、无法洗白。（顺带提一句，四一二时抓捕周公的26军师长斯烈是蔡元培的绍兴乡党、原光复会成员，不过放了周公的赵舒也是原光复会成员。加上军长周凤歧，四一二元凶部队其实是蔡的渊源呀！四一二幕后大佬，实至名归。）
四一二之后，蒋介石特设中央研究院这一机构安置蔡元培、李石曾等为清党出了大力的学界大佬，蔡任院长。1927年12月1日，蒋介石与江浙财阀联姻迎娶宋美龄，蔡元培是证婚人。此时，蒋、蔡的关系达到顶峰。
“九一八”事变是蒋、蔡关系的一个分水岭。彼时，蒋不顾民族大义，坚持“攘外必先安内”的政策，使一贯反对专制独裁的蔡元培十分气愤。1932年，蔡元培与宋庆龄、杨杏佛等发起组织中国民权保障同盟，在杨杏佛遇害后，蔡元培仍以个人的力量尽力为之。
1935年，瞿秋白被捕后，受鲁迅之托，蔡元培在国民党高级人员会议上力陈瞿秋白是文学大才，反对杀害瞿秋白。这三人的复杂关系是，鲁迅是原光复会会员，又是蔡元培绍兴同乡，私交甚笃。瞿秋白与鲁迅是知音好友，在文学领域惺惺相惜，瞿秋白的一些杂文因不能发表而假托鲁迅之名发表，所以两人的文集有多篇是重复的。
其实，四一二之后，蔡先生可能也觉得杀的过头了，这些年一直在往外捞“共党分子”。从早期的朱义权、徐梅坤，到后来的杨开慧、李少石、罗登贤、陈赓、廖承志、陈独秀和共产国际的牛兰夫妇等人。虽然大多数都是别人请托到他处，但先生还是尽力忠人之事了。
1928年1月，在国民党机关报《中央日报》创刊词中，蔡孑民的一番话很符合他从拥蒋到离蒋的心路过程：“进取过激，是曰恶化。保守已甚，腐化是惧。”他之所以反共,是由于他站在中庸、中和的调和论的基本立场上，对他认为的“进取过激”政治所采取的对立行动，是他不愿看到阶级斗争。在他看来，蒋介石的政治动向尚未步入保守腐化阶段，还没有用法西斯主义来解释三民主义。正因如此，一旦当他发现蒋介石的政治动向趋保守腐化，即超越“中和”阶段而成为法西斯主义时，他即开始反蒋。
1937年11月上海沦陷后，蔡元培避居香港，没有跟蒋介石政府到重庆去，正式与蒋介石分道扬镳。1940年在清贫中去世，身后事还是王云五筹钱帮办的。
应该说，孑民先生一生大才，爱国为民。只是在他那个时代，他理解的民不一定优先是工农，更有可能是士绅、市民等阶层，作为知识分子他更看重精英阶层的利益无可厚非，他有他自身合理社会秩序的理想和看法，既不同于国民党孙、蒋，又不同于共产党陈、毛。
即使抛开先生对教育事业的巨大贡献，即使抛开北大对共产党诞生的间接贡献，先生一生清廉自律、坚持个人理想、矢志不渝，称得起“学界泰斗、人世楷模”八个字。