道光十九年，54岁的林则徐以钦差大臣赴广东禁烟时，在协商无果的情况下，强迫外国鸦片商人交出鸦片，并将没收鸦片于虎门销毁。成为引发第一次鸦片战争的导火线，在战争爆发后，由于广东军民防范严密，英军只得海岸北上，威逼南京。
实际上，作为“睁眼看世界第一人”林则徐并不保守，但对于对英战争的结局完全出乎了他的预料之外，这场爆发在两个文明之间的不对称战争，显然不是林则徐得认知可以理解的，他不理解，不明白是完全正常的，可此事让他备受打击。
战前，林则徐对击败英国信心满满，因为在他的意识里，英国人的生活离不开中国特产茶叶和大黄。一旦断绝贸易，英国人就没有生计可言。他甚至认为，英军士兵的绑腿裹得太紧了，屈伸不便，一上岸就废了，这个说法来自当初英国人马格尔尼给乾隆祝寿的时候不能下跪。在给道光的奏报里，林则徐还表示：“人心可用，只要训练得当，普遍百姓也能击毙英军士兵”。直到鸦片战争结束之后，林则徐才发现中西之间的巨大差距，这极大地冲击了他的三观。
朝中舆论汹汹，纷纷指责林则徐是战争之祸首。从中最初烧毁鸦片“误国误民，办理不善”到战事失败的所提的：“废弛营务，办理殊未妥协，深负委任”说法。实际上，道光就是把战事的失败完全归咎于林则徐。
林则徐在前往新疆的途中，多次给朋友写信，在信里除了诉说委屈之外，林则徐更多的谈及中英两国巨大的差距：“人家的大炮能打十里内外，我们的大炮却打不到；人家打炮跟放排枪一样啪啪啪，我们打一炮就得歇好一阵子。正所谓器不良，技不熟，光靠胆壮心齐”，调百万军队过来也白瞎，就算岳飞韩世忠在世也无可奈何”。
中英之间军事上的差距，林则徐这段话说的很透彻、很形象，很具有，也许在林则徐潜意识里，流露出“向西方学习”的意思。但很有意思的是。林则徐在信中还嘱咐朋友“不要给别人看”。也就是说，他并不打算将这一想法公诸于世，应该是意识到这个提法过于惊世骇俗。
在这种情况下，道光于九月初三日将林则徐与两广总督邓廷桢“交部严加议处”，第二年，道光帝把广州战败的责任再次归罪于林则徐，随后，道光帝下旨革林则徐四品卿衔，从重发往伊犁（新疆）“效力赎罪”，期间曾奉命赴浙江镇海协防，并留开封襄办黄河决口。
在这段时间里，林则徐每天黎明便去河堤工地督工，经过半年多治理，黄河大堤已赶在春汛前修复完工，工程完毕之后，林则徐继续前往新疆，不想在走到西安的时候，身染重病，不得不向朝廷请假，二个月后才重新启程。
期间，林则徐将自己在广州收集、翻译、整理的各种国外信息，以及未完成的《四洲志》手稿转交好友魏源，希望他将此书完成。魏源不负众望，在道光22年就已完成林则徐的嘱托，依据《四洲志》完成《海国图志》50卷的编纂。后来该书又不断增补，到咸丰二年全书内容已达100卷之多。五年之后，，魏源去世。令人遗憾的是，林则徐并没有看到此书，中国人更没有看到，第一个看到并进行刊印又进行学习的是日本人，直到甲午战争之后，此书才以“出后转内销”的方式传到满清，这实在是巨大的讥讽。
此后，无论林则徐身处何地，身为何职，林则徐都没有公开提起过“洋务”“师夷”这样的主张，遑论大力倡导。当时的林则徐身为一个“罪臣”，境况已然糟糕透顶。前有皇帝谕旨，罚戍新疆；后有大臣清议，指指点点：以这样的身份，在大清新败之际，提出“师夷长技以制夷”未免过于惊世骇俗，这让天朝上国的颜面往哪里搁？让大清帝国的尊严往哪里搁？在这种情况下，林则徐只私下说，或者借着别人的嘴去说。
道光22年秋，林则徐终于抵达伊犁。在新疆，林则徐对国家时局，他三缄其口不发一言，他把更多的精力放在治下的民生。年过60的林则徐还亲自带队，开始对南疆进行勘察工作。第二年七月，与林则徐同案被流放新疆的两广总督邓廷桢获释东归，旋即邓廷桢授甘肃布政使，而后为陕西巡抚，继而升任陕甘总督，一个月后病逝，而戍疆三年的林则徐才获准东返，而后，林则徐迁陕甘总督、云贵总督，任上，林则徐兢兢业业为国效力。
道光三十年三月，重病的林则徐请辞，就在这个时候，太平天国起义爆发，军机大臣穆彰阿力荐林则徐出上平定洪杨之乱，于是道光再命林则徐为钦差大臣，前往广西督办军务，镇压太平军。
在接到清廷任命的第二天，病魔缠身的林则徐便启程赴任。谁也没有想到的是，在17天过后，林则徐已经病重不起，11月22日，已经病重的林则徐在广东普宁让随行的儿子林聪彝代笔，给刚刚继位咸丰上了最后一道奏折：
“此次更蒙皇上特遣视师，谬膺重任，既感深而思奋，尤敌忾以心殷。岂料半途遂废，上负圣恩委任，只期图报于来生。但期将士一心，战守并用，能坚壁而清野，终扫穴而擒渠”言毕，林则徐撒手人寰，享年66岁。
实际上，林则徐把他真正想说的话都带到了坟墓里，由于没有发生与太平军的冲突，使得林则徐的名声得以保全。
林则徐最大的清醒在于，他知道这新的时代已经来临，大清所具备的一切没有任何用处，新技术，新武器大清他们都没有，他所能作的仅八股文章，所读过的书仅中国的经史，他们救国方案还不是离不开我们的经典，林则徐如此。林则徐如此，胡林翼如此，曾国藩如此，李鸿章，左宗棠亦是如此。当时的局面已经远远超出了他们的认知，林则徐所做的已经是他们所能做的最好的结果。
林则徐在他的时代当中，有他的局限性，我们能够理解，也并不能过于的苛求。他那句：“苟利国家生死已，岂因祸福避趋之”。确实是他一生的写照。
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