明清两代实际上对于西方科学并不排斥，起码来说并没有阻止，但区别在于明朝在民间，而清朝在皇帝和宗室。但问题在于，当科学一旦威胁到皇权的时候，再伟大的科学家的脑袋都得祭旗。
明末和清初西方科学的传播主要的依靠基督，也就是传教士。明末的代表人物是利玛窦，利玛窦字西泰，意大利人。天主教耶稣会传教士、著名学者。在明万历十年被派往中国传教，在华传教28年，直至1610年在北京逝世。利玛窦开创了西方在中国传教的方式，用自然科学知识来博取中国人的好感并以此传教。利玛窦的传教策略和方式，一直为之后跟随他到中国的耶稣会传教士所遵从，称为“利玛窦规矩”。1610 年5月11日，利玛窦因病卒于北京，终年59岁。
利玛窦有许多的学生，其中最有名和最有出息的有两个人，一个是崇祯朝内阁首辅徐光启，另外一个就是汤若望，汤若望原名约翰.亚当.绍尔.冯.贝尔，汤若望是德国一个贵族出身，二十五岁的时候，他正式晋升为神父，也成为了最优秀的修士之一，各方面都十分优异。就是在这个时候，汤若望和其它二十余名传教士一起，搭上了前往中国的帆船，肩负起在中国传教的任务。虽然他和利玛窦没有见过面，但他自称是利玛窦的学生。
28岁的汤若望在明朝万历四十八年经澳门，来到中国传教。从此，他在中国度过了近半个世纪的时光，再未离开过，直到去世。明清两代之所以重视这些而传教士，很大程度上在于这些传教士能够计算历法，和中国本土钦天监的官员相比，他们的计算历法方式更加精确，便捷。
大明王朝使用的历法，是根据元朝大科学家天郭守敬制定的《授时历》，朱元璋经过小幅度修改，起名叫《大统历》。这个历法从洪武年间一直用到了明朝末年，二百多年没怎么修改过，错误一大堆，根本没法用了。在这种情况下，礼部尚书徐光启就是在利玛窦帮助下，决定用西方历法的标准来为大明修订一部新的历法。
万历三十八年，利玛窦去世后十年，徐光启又在汤若望帮助下继续制定历法，直到崇祯七年，两人把新的历法全部编纂完成，取名《崇祯历书》。但由于争议太大《崇祯历书》没有被公布实施，一直到大明朝都灭亡了新历法也没能实行。但在期间汤若望为大明王朝的军队铸造了20尊大炮和500门轻型小炮，这无疑是当时最先进的武器，可惜，再先进的火炮也无法拯救摇摇欲坠的大明王朝。
满清入关之后，并不影响到汤若望，此时汤若望希望应该《崇祯历书》当敲门砖，让新兴的王朝继续让他传教和提供经济上的支持。当汤若望他拿着《崇祯历书》去拜见摄政王多尔衮，给多尔衮讲了一通西洋历法的好处。多尔衮当即采纳，毕竟新朝用新历法，这是新朝新气象，于是，《崇祯历书》改名《时宪历》，第二年开始全国颁行。
同时，汤若望还被多尔衮封为钦天监的监正，也就是国家天文台的台长，掌握着为全中国制定历法的权力，正五品官员。钦天监监这个官员虽然没有实权，但意义非常重大，历法事关国家根本，是皇权的重要象征。汤若望是第一个担任钦天监监正的西方人。
在当时，中国的历法官员基本上采用阿拉伯历法计算天象。但多尔衮的这一举措，遭到了钦天监其他中国官员的一致抵制和反对。尤其是汤若望用西洋历法计算天象，准确度远比阿拉伯历法的准确度高，更是让某些只会传统历法，并依靠祖传手艺吃饭中国同行嫉妒。
顺治十分信任汤若望，在和汤若望学习西方现代科学的同时，一度把汤若望叫“玛法”，也就是义父。当时的汤若望不仅是钦天监的主官，还受封一品，可谓是荣极一时。也正因如此，信仰天主教的中国百姓越来越多，1658年就多达十几万人。有人说，孝庄也接受了洗礼。
顺治十四年，顺治帝下旨，把钦天监里阿拉伯历法计算天象的部门给撤销了，毕竟光吃饭不干活，皇帝银子也不能白给，当时被裁撤的主官叫吴明炫，吴家祖上从是隋朝就干这项工作，祖祖辈辈靠在钦天监混饭吃。这下吃了一千多年的祖传饭碗被砸，换谁都得急，吴明炫不敢对皇帝这么样，于是就把怒气撒到了汤若望的身上。
就此吴明炫上本参奏参了汤若望，说汤若望计算天象有错误，又“乞上复存臣科，庶绝学获传”。顺治皇帝看完后，立即让人调查，结果证明汤若望计算得没有错误，顺治立即下旨将吴明炫问了个死罪，但在礼部的求情之下被赦免，但被罢黜永不录用。
顺治十六年，一个叫杨光先的老儒生上书朝廷，说汤若望搞的西洋历法是不尊古训，乃是“邪术”，荒谬至极，在给顺治的上书里甚至表示“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人”。对于这种胡说八道的事情，顺治都懒得去看。
顺治十八年顺治驾崩，玄烨继位，当时掌控朝局的是四大辅政大臣，索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜。新君登基，这让杨光先感觉机会终于来了。于是他再次上书朝廷，说汤若望是“假以修历为名，阴行邪教，延至今日，逆谋渐张”。给汤若望安排很多可笑的罪名。比如，汤若望的历法只编了二百年，这是在诅咒大清只能坐二百年六十江山。还别说，这一点算得还真准。此时的汤若望的政治环境也就越发恶劣。
这里最主要的原因就在于，顺治仰慕汉族文化，排斥满人文化，这自然引起了以四大辅政大臣为首的守旧满洲贵族的不满，因此在康熙继位初期，汉官地位再次降低，满人官员还屡兴大狱，对汉族官员和士子进行残酷打压。而汤若望作为天主教中国教区的大主教，自然就成了许多信奉天主教的汉族官员们的精神偶像。他们经常一起去汤若望的教堂里做礼拜，同时也向汤若望倾诉心中的苦闷。言辞之中自然有许多“大不敬”的言语。
就此汤若望也变成了辅政四大臣的眼中钉。因此汤若望大案就成为新旧两派大臣斗争的焦点。在这种情况下，不仅汤若望被打入大牢，他所率领的钦天监团队也被一网打尽。就在这个时候，比利时传教士南怀仁向四大辅政大臣提出请求，要求当众进行一次天文观测比赛，看看西洋历法是不是比传统历法更准确。
而杨光先也很有信心，马上答应下来，因为这样以让大家无话可说。康熙四年一月十六，根据历法计算，这一天将会出现月食。南怀仁用西洋历法、杨光先用明朝的《大统历》，早被革职的“回回科”主官吴明炫，这次也参加了比赛，负责作为比赛监督的大臣们登上钦天监的观象台，开始监督和观测天象。
根据吴明炫计算的时间点，结果毫无动静。十五分钟之后，杨光先计算的时间点，还是毫无动静。又过了十五分钟，来到了南怀仁计算的时间点，月食果然准时发生了，面对众目睽睽之下的比赛，无可争辩地说明，西洋历法比大统历和回回历都要精确。可结果，刑部还是判汤若望以及其他官员一律凌迟。
康熙四年四月，当孝庄太后看到刑部的批文之后，当即把辅政四大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜召到宫里是一顿臭骂。恰在此时，由于当时北京发生地震，孝庄以此为名大赦天下，在此情况下，辅政四大臣只能将汤若望赦免，但李祖白、宋可成等被杀，信奉天主教官员被革职。轰动一时的钦天监大案，就此落下帷幕。
而杨光先被任命为了新的钦天监监正，吴明炫当了钦天监二把手，西洋历法被全面停止使用，错误百出的《大统历》重新登堂入室。康熙五年八月，这位把西洋历法引入中国的德国人汤若望，在贫病交加中默默无闻地去世了。
康熙帝亲政后，为汤若望平反，恢复“通玄教师”之名，并拨给524两银子，重建坟墓，还亲自撰写一篇祭文。并赐地重葬汤若望于利玛窦墓旁。任命南怀仁为钦天监监正，恢复时宪历。康熙九年，在广州圈禁的传教士获准返回本堂。凡被查封的教堂一律交还，如被拆毁者，皆令赔偿维修。至此，一场以修历为导火线的教案才逐渐平息下去。
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