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这种情况下是否认定为合法的民间借贷，有两点主要问题。
一是资金往来的性质，到底是借款还是货款、赔偿款，还是本来就是偿还对方的钱等等。
这个问题，原告如果提供了转账凭证并提出主张，初始的证明责任已经完成。根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十六条的规定，此时被告如果抗辩转账系其他性质资金的，被告应当对其主张提供证据证明。此时，被告举证后，原告应该根据被告的证据再提供反驳证据，如果没有的话就有可能不被认定。
通常而言，现实中的借贷也不会只有转账凭证，例如借款之前双方对于借贷的本金、利息约定，偿还计划，以及后续的催款等沟通记录，都可以印证资金性质为借款，相关证据都可以收集提供。
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第二个是即使资金属于借贷资金，也要证明符合民间借贷的法定要求。
也就是不存在无效的情形，例如套用银行等金融机构的贷款后进行的转贷，或者贷款人为职业放贷人，或者资金来源为违法犯罪所得等等情形 ，这种情况下的借贷都会被认定为无效，不是依法受保护的民间借贷。
一般情况下，需要提供原告的银行流水，资金来源的合法性（如征信报告）等相关证据，特别是大额资金的时候，法院的审核标准通常会更严格。
这和上面第一点的区别在于，涉及到民间借贷是否有效，即使被告没有提出，法院也应当主动审查。所以相关的证据也应当有，或者至少有所准备。
可见，没有借条导致诉讼不确定性风险还是有的，所以建议先考虑补充相关的书面证据，感兴趣的可参见文章：
本文仅供参考。