一、WoS暂停收录 & eLife的新出版模式
2024年10月第四周，科睿唯安（Clarivate）宣布旗下数据库Web of Science（WoS）核心合集暂停收录（on hold）生物医学期刊eLife（图1）。近年科睿唯安曾暂停收录数十种期刊，多为学术声誉不佳的期刊，其中一些在一段时间后被WoS核心合集剔除。然而，与近年其他被暂停收录的期刊不同，各种公开信息显示eLife的学术声誉没有问题。
图1. 2024年10月31日在Master Journal List检索eLife显示“On Hold”
普遍认为eLife被WoS暂停收录的唯一原因，就是科睿唯安对eLife从2023年1月开启的新出版模式感到担忧。2022年10月20日，eLife发表题为《科学出版：不负责把关的同行评议》（Scientific Publishing: Peer review without gatekeeping）的社论，称eLife将从2023年尝试新的出版模式，即作者向eLife提交的手稿，只要通过初审、经过审稿人的审阅，无论负责同行评议的编辑和审稿人的意见为何，作者都可以在支付＄2000后将其作为“经评议的预印本”（Reviewed Preprint）在eLife发布[1]。作者可以继续向eLife提交当前的“经评议的预印本”的修订版，也可以将当前版本确定为终版（记录版本，VOR），eLife会将作者确定的VOR作为“出版版本”提交给WoS、Medline等数据库。
在这个出版模式里，作者把当前的“经评议的预印本”选为VOR的决定，代替了期刊将手稿出版（publish）为期刊论文的行为；接收和拒稿的决定发生在初审，只要手稿通过初审进入同行评议，除非作者主动撤回投稿，论文最终都能被“出版”。2024年2月29日，eLife发表题为《科学出版：新时代的第一年》（Scientific Publishing: The first year of a new era）的社论[2]，称过去一年他们的新出版模式运行顺利，“情况令人鼓舞”。
2024年10月24日，eLife在期刊网站发文回应其在WoS被暂停索引 ，为他们的新出版模式辩护，谴责科睿唯安的决定，并称“我们从未支持过影响因子，也从未想要过”云云。这件事在国内外引发热议，一些人质疑科睿唯安暂停收录eLife的动机，认为此举对学术出版生态和生物医学研究者有害无益，参阅上个月医咖会发表的 。
eLife回应原文：https://elifesciences.org/inside-elife/16afe6ec/update-on-elife-s-indexing-status-at-web-of-science
为回应外界质疑，2024年10月25日，科睿唯安在旗下的Research Professional发文称，eLife被暂停收录缘于一个技术性问题 。具体而言，科睿唯安的政策要求期刊把它们发表的全部学术出版物提交给WoS，eLife只提交VOR而不提交尚未被确定为VOR的“经评议的预印本”违反了这一规定。这一规定旨在避免期刊只将经过挑选的优质（或有望被多次引用的）论文提交到数据库，干扰科睿唯安的评估。科睿唯安称，这一规定行之有年，但eLife是第一种因此被暂停索引的期刊。
Research Professional原文：https://www.researchprofessionalnews.com/rr-news-world-2024-10-elife-to-lose-impact-factor-due-to-peer-review-change/
二、商业期刊出版模式的演化
eLife的新出版模式并非横空出世，它是商业出版商在开放获取（OA）出版模式和预印本兴起的背景下，尝试整合二者的优势，形成新的商业模式的结果。尽管科睿唯安称他们不是因为否定eLife的新出版模式而在2024年10月暂停收录eLife，但 eLife的新出版模式确有令人担忧的方面 ，一些事情或许不会发生在eLife，但当这种模式被一些声誉不佳的出版商和期刊采用时，情况则很难说。
商业期刊获得收入的传统方式是读者订阅期刊，实务上主要是大学和研究机构的图书馆付费订阅[3]。各个大学和科研机构通常有自己的图书馆员，由他们决定订阅哪些期刊，并做采购预算。另外，一些知名高校的图书馆的订阅目录会被其他图书馆参考，例如“北大核心”（《中文核心期刊要目总览》）。传统订阅制模式下，能够赚钱的商业期刊，是图书馆愿意订阅的期刊。
可以发现，这种模式从许多方面限制着商业出版商攫取更多利益。首先，商业出版商希望市场的总需求可以增长，但图书馆的总数很难增长，它们用于订阅期刊的预算总数也很难快速增长。
第二，商业出版商希望从单一期刊获得更多利润，但图书馆倾向于不订阅昂贵的期刊，因为它们会挤占图书馆订阅其他期刊的空间。特别的，对于因出版量大而昂贵的期刊，图书馆员还可能因质疑期刊能否兼顾出版量和出版物质量而选择不订阅。单一期刊大规模提高价格，或者大规模扩刊可能会导致图书馆退订，令出版商得不偿失。
第三，商业出版商希望推出各种新刊，以参与不同学科的学术出版的竞争，但一些图书馆可能倾向于不订阅他们尚不熟悉的新刊，特别是商业出版商在热门领域为盲目跟风而推出的新刊。这意味着商业出版商推出的新刊在能够进入图书馆的订阅目录之前，无法取得订阅费收入。
传统订阅模式的成熟塑造了当代学术出版。然而，在上个世纪末，一面许多大学和科研机构的图书馆的预算下降，另一面出版商持续推出新刊、提高订阅价格[4]，加之“出版或毁灭”（publish or perish）文化的蔓延，许多研究者希望期刊扩刊、增加可供发表论文的版面。也有少数研究者非常希望他们的论文能够被更多人阅读，而不受订阅制付费墙的阻隔。由此，传统订阅制在学术出版市场的绝对主导地位难以为继，其他出版模式得到了发展空间。
到本世纪初，OA出版模式兴起，其中最受商业出版商欢迎的是金色OA，即论文免费向公众提供，作者支付出版商出版这篇论文的“处理费”（APC）。与传统的订阅制相比，金色OA期刊的收入来源从图书馆支付的订阅费变成作者了支付的APC[5]。金色OA模式下，能够赚钱的商业期刊，是“创作了能通过同行评议的论文的”作者愿意投稿和支付APC的期刊。
商业出版商很难期望作者为单一论文的出版支付过高的APC，但可以通过大幅增加出版量来实现收入的快速增长，这使得一些期刊在持续的扩刊中成为大型，甚至巨型期刊[6]。同时，各种新刊也如雨后春笋般涌现，商业出版商积极推出新刊，进行风险投资。期刊的数量和总出版量增加，为作者发表论文提供了更多选择。而且，为了吸引作者投稿，一些期刊还致力于加快出版流程，让作者能够更快速地出版论文。还有的期刊降低投稿的标准，少数期刊在激进扩刊的过程中，甚至放松了对出版流程的监督和管理，给论文工厂可乘之机。
在开放获取模式兴起的同时，一些作者希望可以让他们还没有经过同行评议的手稿公开可见，这种想法有多种原因，包括在竞争激烈的领域抢先发布结果、把握作者公布研究成果的自主权等。由此产生了“预印本”服务。预印本是作者自行发布的手稿的一个版本，除非期刊将手稿按原样出版，否则预印本和出版版本会存在各种差异，惟应实质相同。目前主流的预印本服务都提供免费预印本服务。在传统订阅制模式，作者向期刊转让论文的版权，期刊用版权获利，而作者对他们自己的论文的使用则受到出版商的限制。
一些订阅制期刊曾因此不允许作者发布在投手稿的预印本，不过近年多转而同意作者发表预印本，将有预印本的手稿亦视作“尚未公开出版”。在金色OA模式，作者不再向期刊转让版权，预印本不会造成版权上的疑虑。而一旦论文以金色OA模式出版，预印本有了出版版本，读者更倾向于阅读和引用经过校对排版的出版版本，期刊的影响力不被影响。这都使得金色OA模式和预印本完美兼容。
随着金色OA出版的规模不断扩大，需要手稿通过同行评议被接收、作者才会付钱可能已经成为了商业期刊进一步增加收入的限制。解决这个问题的一个思路，就是由商业出版商经营收费的预印本服务。作者没有动机为预印本付费，他们需要的是论文被期刊“出版”。由此，在“经评议的预印本”模式中，作为期刊的行为的“出版”，被替换成了作为作者行为的“确定VOR”，由此制造了作者愿意为其付费的理由。“经评议的预印本”模式下，能够赚钱的商业期刊，是“创作了能通过初审的论文的”作者愿意投稿和支付APC的期刊。
三、“经评议的预印本”模式的问题
“经评议的预印本”模式的第一个问题是 ， 初审是个“黑箱”。目前鲜有期刊的初审具有透明度，即便在开放科学的主旋律中，也没有任何改变。这一方面因为，期刊在用自己的声誉为初审的标准公平合理背书，外界基于信任不会介意期刊的初审缺乏透明度，毕竟手稿此后还要通过同行评议才能被出版；另一方面，一些顶刊的投稿量极大，千、万倍于出版量，编辑无暇为在初审被拒的手稿制作拒稿信之外的任何材料。但在“经评议的预印本”模式中，不透明的初审是决定手稿能否被“出版”最关键的步骤，除非提高初审的透明度，否则“经评议的预印本”模式实际上会导致出版流程的透明度下降。eLife对生物医学研究手稿的初审或许值得信任，但没有给出任何提高初审透明度的方案。
值得一提的是，手稿的初审是AI——或者说大语言模型（LLM）辅助和增强学术出版工作的重点应用场景。如果一些商业期刊为了节省成本，贸然使用尚不成熟的LLM掌管初审，且仅雇佣极少的编辑人工检查，在初审缺乏透明度的前提下，很可能引发意料之外的事故。
第二个问题是，将作为期刊行为的“出版”，替换成作为作者行为的“确定VOR”，为期刊逃避责任制造了空间。一篇期刊论文既是作者发表的作品，也是期刊发表的出版物，双方都需要为其承担责任。这体现在撤稿上，作者可以要求撤稿，期刊也可以在作者反对的情况下径自撤稿。而在“经评议的预印本”模式中，作者可能“自愿”承担了原应由期刊承担的部分责任。
假如一篇有问题的手稿通过初审，进入同行评议之后，虽然在正常的同行评议被审稿人指摘，作者仍确定VOR使其“出版”，并在学界引发不良影响，期刊可以做什么？假如事后发现初审被操纵，或者作者有不当行为，期刊应该如何处置涉事论文？期刊有权变更作为作者单方面行为的“确定VOR”吗？期刊可以像对待期刊论文一样将预印本撤稿/销稿吗？近年几乎所有大型商业出版商都曾经发生过出版流程被操纵的问题（图2）。可以说“经评议的预印本”模式没有阻止类似事件发生的作用，反而可能让这些问题变得更为复杂。
图2. Microprocessors and Microsystems的一则撤稿声明中披露了令人惊讶的细节
第三个问题是，将其称为“预印本”可能具有误导性，还可能出人意料地改变预印本服务的生态。 作者期望他们的论文可以像真正的预印本那样，在通过初审之后很快被“出版”（发表）。 然而形成“经评议的预印本”需要完成同行评议，可能也需要经历期刊编辑的校对和排版，出版流程没有缩短。 事实上目前eLife也未披露新出版模式是否更为省时。 另外，“经评议的预印本”会存在其“未经评议”的版本，包括发布在其他预印本服务的“经评议的预印本”的预印本，可以预见，一定会有读者难以区分“经评议的预印本”和普通的预印本，这可能会为他们带来混乱。
既然“经评议的预印本”还是预印本，版权也留在作者手中，那么理论上它还可以被用来投稿，作为期刊论文正式出版。这一方面可能导致期刊数据库收录重复的论文，形成对于读者的冗余信息。另一方面，一些心术不正的商业出版商可能将收费的预印本服务和金色OA模式期刊串联起来。商业出版商可以打造“低端”的“经评议的预印本”期刊，然后让自家的旗舰金色OA期刊向这些 “经评议的预印本”约稿，收两次费，对作者“先剪毛再扒皮”。这种做法可能不会影响期刊被期刊数据库收录，因为目前WoS、Scopus均不介意期刊限制甚至指定稿源，二者都收录了少数只收约稿、不接受投稿的期刊。
总而言之，可能“经评议的预印本”模式在eLife可以长期顺利运作，但当这种模式被其他商业期刊采用时，还充满了令人担忧的问题。
参考文献
[1]EISEN MB, AKHMANOVA A, BEHRENS TE, et al. Peer review without gatekeeping[J]. eLife, 2022, 11:e83889. DOI: 10.7554/eLife.83889.
[2]BEHRENS TE, DALAL Y, HARPER DM, et al. The first year of a new era[J]. eLife, 2024, 13:e96413. DOI: 10.7554/eLife.96413.
[3]CLARKE MT. Open sesame? Increasing access to medical literature[J]. Pediatrics, 2004, 114(1):265-268. DOI: 10.1542/peds.114.1.265.
[4]FLANAGIN A, COMMITTEE AMOS. 171Ethical and Legal Considerations [M]. AMA Manual of Style: A Guide for Authors and Editors. Oxford University Press. 2020: 0. DOI: 10.1093/jama/9780190246556.003.0005.
[5]CONIAM D, FALVEY P. Perspectives from and for Journal Editors, Reviewers and Authors [M]. Academic Publishing: Processes and Practices for Aspiring Researchers. Singapore; Springer Nature Singapore. 2022: 97-111. DOI: 10.1007/978-981-19-3065-2_6.
[6]IOANNIDIS JPA, PEZZULLO AM, BOCCIA S. The Rapid Growth of Mega-Journals: Threats and Opportunities[J]. JAMA, 2023, 329(15):1253-1254. DOI: 10.1001/jama.2023.3212.