陈独秀说：“蒋介石杀了我的许多同志，还杀了我的两个儿子，我同他不共戴天。现在国共合作，我不反对他就是了。”
1910年，陈独秀与高晓岚离异后，又与高妹高君曼结婚，婚后却不许前妻所生的两个儿子与后母一起居住。陈延年、陈乔年两兄弟白天在外打工，晚上就睡在地板上，不知情者皆以为兄弟两不为高君曼所容。高君曼难以忍受莫名指责，哭诉于陈独秀的朋友高赞化：“我是他们的姨母，又是继母，看待他们兄弟，一定会甚于我亲生儿女，但他不让他们在家里食宿，不知道缘由的人，谁又会原谅我呢？”陈独秀得知后，抛出几句：“妇人之仁，徒贼子弟；虽是善心，反生恶果。”
在陈独秀的放手磨炼后，延年、乔年都参加了革命，后成为中国共产党早期的重要负责人，直到他们为革命壮烈牺牲。陈独秀在任党的重要领导职务期间，曾犯了右倾投降主义的错误，1927年陈独秀被停职，1929年被开除出党。
1932年9月，陈独秀在上海被捕，许多律师都不敢为他辩护。但与他政见不合的章士钊倒自动为他辩护，洋洋洒洒数千言，文情词理俱佳，四座震惊。不料章的话刚毕，陈独秀却站起来说：“章律师之辩护是其个人意见，我为中共领袖无怨悔。章并未征求本人同意。”使得章士钊尴尬异常。事后章对人说，交友遍天下，但有3个人不好交，其一便是陈独秀。
1933年，陈独秀被南京法庭以“叛国”的罪名，判处13年有期徒刑，还被剥夺公民权7年。
陈独秀当庭提出强烈抗议，后来经过各种反抗、调解，南京法庭改判他有期徒刑8年，不剥夺公民权。之后，陈独秀被关进了南京老虎桥的“模范监狱”服刑。
陈独秀在老虎桥狱中，一些旧友故交如罗家伦、胡适等曾去看望过他。胡适对陈说：我为你惋惜，你若不当政党领袖，专心研究学术，想来也会有些成就，而不致身陷囹圄的。陈对胡适所说并不认可。
此后，国民党政府国防部部长何应钦去监狱中探望陈独秀，何素来喜欢收藏名家、大家的毛笔字，想向陈独秀求一幅墨宝。陈独秀倒是没有推辞，但知何应钦亲日媚日，遂写下“三军可夺帅也，匹夫不可夺志也”相赠。
1937年8月23日，日军大肆向上海、南京一带侵犯，国军溃败，南京国民政府被迫向西迁移，老虎桥“模范监狱”中关押的犯人大部分都被提前释放。
陈独秀已经在监狱中生活了4年10个月，重获自由时，蒋介石派亲信朱家骅拉拢，希望陈能组织一个同延安对着干的党，除许诺给予10万元活动经费外，还以5个“国民参政会”的名额相引诱，但陈独秀在冷笑中使朱家骅下不了台。
陈独秀直言：“蒋介石杀了我的许多同志，还杀了我的两个儿子，我同他不共戴天。现在国共合作，我不反对他就是了。”
此后，董必武同志曾代表中共中央去访问陈独秀，劝陈检讨后回党工作，陈不从。
抗战时期，陈独秀和妻子定居四川江津，生活困难，他向农民们学着种土豆，劳动换来了可观的收获，家里屋角边常常堆着土豆。
可是，江津鹤山坪一带的盗贼，暗想做过共产党大官的陈独秀，一定有不少油水可捞。在1940年的一个仲夏之夜，盗贼们打洞进屋，盗走了陈独秀的十几件衣服和尚未出版的书稿。
陈独秀为失去心爱的篆刻阳文“独秀山民”的四字章和手稿而气得顿足捶胸，痛心疾首。冬天，陈独秀这位老书生，明白了一个道理：饿肚子亦非好受的赏心乐事。一时间无计可施的陈独秀，懊丧地坐在床沿上。妻子兰珍进屋，挨着丈夫坐下，怯怯地问道：“先生，你能不能取出一点款子？就算是借，以后再还，不好吗？”
“你说什么？动那两万元吗？”陈独秀瞪大了双眼说：“不能，决不能！他陈立夫只要不收回成命，我陈独秀绝不会为五斗米折腰。那钱我们不能动分文，哪怕冻死，饿死……”
原来此前陈独秀写了一本书，起名《小学识字课本》。国民党教育部长陈立夫以为“小学”二字不妥，硬要陈独秀更改书名后才准予出版。陈独秀却偏不同意，声称连一个字也不改。因此僵持不下，把预付给自己的2万元稿酬全部束之高阁，仍放中介手里，决不使用。
因为长期的到处奔波和监狱生活的摧残，陈独秀的身体已经不好了，于1942年5月27日在四川省江津县逝世，终年63岁。在他去世前，他托付朋友们关照一下妻子潘兰珍，他给潘兰珍的遗言是：“兰珍吾妻：望今后一切自主，生活务求自立…”要求潘兰珍必须自食其力，自己去世后，让她迅速改嫁，但就是饿死，也不要动那两万块钱。
潘兰珍遵照陈独秀的遗言，在四川一农场劳动四年，抗战胜利后回到上海在一小学校食堂工作，和养女潘凤仙在上海团聚。潘兰珍一直谨守着陈独秀遗言走完人生的旅程，于1949年11月病逝于上海市肿瘤医院，享年41岁。
致敬陈独秀先生！