三峡大坝建成以来，长江上游水位整体提升，但是到了长江枯水季，重庆中心城区附近的航道还是要受到影响，比如5000吨级的货船很难停靠重庆中心城区，这给正在打造长江上游航运中心的重庆来说，会有一定的困扰。
但这个麻烦以后就不会有了。目前，长江上游朝天门至涪陵河段的航道整治已完成，意味着三峡库区4.5米深水航道由涪陵上延到了重庆中心城区，使得三峡豪华游轮和5000吨级的货轮可以常年满载通航。
此前，涪陵龙头港是5000吨级船舶常年可抵达的长江最上游港口。但今后，5000吨级货船不再受限于长江枯水季影响了，同时300标准箱集装箱船、600车位滚装货船、4艘3000吨级驳船组成的万吨级船队也可满载运行该段水域。
目前，重庆已牵头建立渝川黔滇陕五省市航运合作机制，推动组建长江上游港口联盟，建立嘉陵江、乌江跨省船闸联合调度机制。目前，已开航了贵州余庆-重庆涪陵集装箱班轮。同时，开通了泸州港、宜宾港至重庆的“水水中转”班轮，广元港、南充港、广安港至重庆果园港干支联运航线。
由此，重庆港正成为长江上游地区通江达海的主通道和集散中心。而在这些措施之下， 重庆市港口运力均持续上升，去年各港口货运吞吐量达2.23亿吨，水运集装箱吞吐量为131.7万标箱。
但是，老问题还是要面对。在上游航运能力提升的同时，三峡大坝船闸通过能力不足也将更加突出。今年两会期间，川渝全国人大代表就反映，去年的船舶平均待闸时间达到12天。由于待闸时间大幅增加，导致水运企业经营效益持续下降。
为解决万吨级海船通过三峡大坝难题，相关单位还启动建造标准化江海直达船型。今年五月，首艘万吨级海轮“创新5”轮已首次到达了重庆港区。而通过重庆新田港、珞璜港与浙江舟山等港口的直达运输，运输时间缩短20天左右。
但三峡船闸的拥堵仍然成为阻碍，导致上游港口吞吐量等指标增速逐年放缓。虽然也有货物通过翻坝途径运输，但这种方式增加很大成本，仅重庆至上海一航线的集装箱，翻坝运输每箱就增加了1500元。而真正要解决这一难题，看来还得启动三峡第二船闸，根本上提升三峡航运能力。