1929年8月13日，蒋介石面临外有孙传芳和唐生智两路大兵压境，内有新桂系和何应钦联手拆台的困境，无奈的选择通电下野，暂时离开了权力中枢。随后，汪精卫控制的武汉国民政府和南京政权合流，史称“宁汉合流”。
蒋介石下野后，新桂系实际掌握了军政大权
各方势力经过多次协商、讨价还价，合组了“中央特别委员会”，决定汪精卫、胡汉民，李烈钧、谭延闿、蔡元培5人为国民政府常务委员;程潜、李宗仁、何应钦、朱培德、白崇禧为军事委员会常务委员。这样的人员配置既有国民党元老，也有各地方实力派领袖，看起来非常均衡。
但实际上，在5位政府常务委员中，汪精卫因独揽党政大权计划落空，托病拒绝参加；李烈钧、谭延闿唯新桂系马首是瞻。军事委员会5位常委中，程潜的第6军北伐时被蒋介石解散，新组的第6军战力孱弱；朱培德的第3军刚刚遭到共产党南昌起义的打击，损失很大，根本无法与桂系第7军抗衡。
新桂系连战连捷，势力延伸到平津一带
这样，南京政权的“特别委员会”、军事委员会的实权都操纵在李宗仁、白崇禧手中。为了牢牢掌握手中来之不易的权力，李、白开展了一系列旨在拓展地盘的军事行动。龙潭战役中，新桂系第7军与何应钦第1军协同作战，在栖霞山下全歼了卷土重来的孙传芳部6万大军。
接着，白崇禧亲统大军，声北击西，打败了坚决反对“特别委员会”的武汉唐生智部，迫使唐于11月11日通电下野。新桂系乘胜夺取了两湖地盘，并将唐部改编为第8军、第12军、第35军、第36军。其中除第35军留守湖南外，其余各军由白崇禧率领，参加了第二次北伐，一直打到北京，控制了天津、塘沽一线。
新桂系“木秀于林”，遭到各方的嫉恨
这时的新桂系可谓势力发展的巅峰，其触角已经伸展到大半个中国。黄绍竑及新桂系的“恩人兼朋友”李济深控制着广东、广西；李宗仁以武汉政治军分会的名义管辖着湖南、湖北，而率领10万大军坐镇平津的白崇禧，又出兵消灭了盘踞冀东的直鲁联军张宗昌部，将其残部收编为3个师，同时将战线前移到山海关前。
不过，虽然新桂系势力扩张迅速，但树敌太多、根基不稳。汪精卫由于在南京政权中没有捞到油水，转而与新桂系对抗；唐生智、张发奎刚刚被击败，对新桂系恨之入骨；何应钦虽然与白崇禧私交甚笃，但其麾下军长刘峙、顾祝同等人却是蒋介石的铁杆亲信，在他们的鼓动劝说下，何应钦于11月20日在徐州前线发表通电，拥护蒋介石复职。
蒋介石复职后，反击瓦解了新桂系
在蒋介石与汪精卫及其爪牙密谋策划下，国民党二届四中全会排除了新桂系的阻挠，于1928年2月4日在南京召开。会议恢复了蒋介石的国民革命总司令职务，改组了国民党中央委员会、国民政府和军事委员会，蒋介石一人兼任了国民党中央政治委员会议主席和军事委员会主席，独揽了党、军大权。
复职之后不久，蒋介石就开始了对新桂系势力的反击。在1929年第一次蒋桂战争中，蒋介石利用各方与新桂系的矛盾及新桂系军队分处武汉、平津和广西等地、兵力分散的弱点，金钱收买、封官许愿和武力讨伐等手段齐出，前后仅用了3个月的时间，几乎兵不血刃就将新桂系瓦解。李宗仁、白崇禧不久也被迫流亡海外。