第一种情形：纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国家税务总局有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
纳税人凭完税凭证抵扣进项税额的，应当具备书面合同、付款证明和境外单位的对账单或者发票。资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
例：A企业为增值税一般纳税人，2016年6月境外B企业向其提供咨询服务，A企业在主管税务机关为B企业代扣代缴增值税6000元，但A企业不能够提供与该业务相关的境外单位的对账单或者发票。故该笔进项税额不得抵扣。会计处理如下：
借：管理费用或相关科目 6000
贷：银行存款 6000
第二种情形：用于简易计税方法计税项目的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。
简易计税方法是指一般纳税人发生财政部和国家税务总局规定的特定应税行为，可以选择适用简易计税方法计税，适用简易计税方法计税的一般纳税人，其取得的用于简易计税方法计税项目的进项税额不得抵扣。如：房地产开发企业一般纳税人销售自行开发的房地产老项目、一般纳税人为建筑工程老项目提供的建筑服务等。
例：某建筑企业为增值税一般纳税人，2016年6月购买材料，取得增值税专用发票注明金额100000元，进项税额17000万元，该批材料用于适用简易计税方法的老建筑项目，该笔进项税额不得抵扣，应直接计入成本。会计处理如下：
借：原材料或相关科目 117000
贷：银行存款或相关科目 117000
第三种情形：用于免征增值税项目的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。
免征增值税是指财政部及国家税务总局规定的免征增值税的项目。如：养老机构提供的养老服务、婚姻介绍服务、从事学历教育的学校提供的教育服务、农业生产者销售的自产农产品等。
第四种情形：用于集体福利的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。