1959年，罗瑞卿调回军队，担任军委秘书长兼总参谋长，成为军队的大管家。
随着新军委领导班子的组建，另一位将领在军中的地位也陡然上升，他就是萧华。
说起萧华，自身有很多头衔，如：“娃娃司令”、“最年轻的开国上将”等。客观来讲，萧华是一位具有非常强组织协调能力的将领，深受罗荣桓赏识。即便担任空军政委，也被调到总政部协助罗荣桓工作。
在五十年代，萧华的工作主要在总政部，自1954年谭政调任第一副主任后，他的排名往后靠了。罗荣桓因病辞去总干部部部长一职，他兼任起来，前后没有两年，这个部门就撤并了。
1959年，庐山会议后，林彪担任国防部长，推荐罗瑞卿担任军委秘书长兼总参谋长等职。新军委领导班子成立，萧华被提拔为军委第一副秘书长，协助罗瑞卿抓军委日常工作。
当时，林总身体不好，军队具体工作交给罗瑞卿负责，并成立军委办公会议机构，负责军队日常工作的，成员有罗瑞卿、萧华、谭政、邱会作、萧向荣等人。
此时的萧华已经进入军队核心领导层，用邱会作的话来说，很多事情没有萧华和罗瑞卿的点头，一些事情是通不过的。
1960年，谭政被撤销总政部主任一职，罗荣桓继任。其实，罗荣桓身体并不是很好，直到1963年病故。谁来接替总政部主任的职务？从能力、职务上萧华当之无愧。
1965年，罗瑞卿离开军队，军委秘书长被叶帅接替，总参谋长被杨成武接替，军委核心领导班子作了调整。军委全盘日常工作，由叶帅、杨成武、萧华主持。
1967年，有人批评萧华对军队运动领导不力，批评他是“资产阶级政客”，叶帅为保护他，拍桌子把小手指都弄骨折了。后来，他的家也受到冲击，无奈之下留住叶帅家里。毛主席指示后，才停止了一系列的举动。
几个月后，又因“五一三演出事件”，他再次受到冲击，被弄到京西宾馆连斗了十多天。此后情况变得更糟，消失在工作视野7年之久。
1975年7月恢复工作后，萧华历任军事科学院第二政治委员，兰州军区第一政治委员、甘肃省委书记等职。1985年，69岁的萧华走完了人生之路。