虽然明亡清兴，但是，可以肯定的说，并不是清朝灭亡了明朝。明朝直接灭亡的原因是因为李自成攻入北京城，建立大顺政权，崇祯皇帝上吊自杀，明朝正式宣告灭亡。而明朝灭亡的真正原因，则由众多因素共同导致。
1.世所罕见的天灾。明朝末年，小冰河气候爆发。各地大旱、大涝频繁出现。据史书记载，广州、福建等地区都开始下雪。小冰河期的出现，使全国地区气温大幅下降，各地灾害频发，粮食产量锐减。数以千万计农民，颗粒无收，沦为流民。给明朝社会带来了极大的动荡不安。
2.天灾带来的人祸。小冰河气候导致的灾民遍地，哀鸿遍野。从中也滋生了各种野心家、军阀、农民起义等等一系列人祸。最大和最有影响力的起义队伍有十三支，“闯王”李自成，“八大王”张献忠就是农民起义领袖中最著名的两个。他们流窜各地，如蝗虫一般，裹挟民众，原本良民的人也被迫成为流民，所过之处，寸草不生。 关宁集团、左良玉等军阀在各地盘踞，听调不听宣，面对女真人怯懦不堪、一溃千里，面对民众却残暴无仁、杀良冒功。给百姓带来了深重的苦难。“匪过如梳，兵过如篦”，种种人祸，使百姓根本无法正常生存。
3. 统治阶级党争不断。东林党、阉党、浙党等诸多派别在朝堂的争斗已经到了白热化。他们置国家利益于不顾，以一己之私挑起争端。朝廷不是治理国家的地方，反而成为他们党争的舞台。
崇祯皇帝为筹措军费，国库空虚后，曾向勋贵大臣借银，百般请求，但是最终也没有几个人肯借给他银子。勋贵大臣们宁愿眼睁睁看着国家灭亡，也不愿拔一毛。而李自成进京后，大肆拷掠勋贵，得到了数千万两白银。
4.崇祯皇帝自己的幼稚病。崇祯当上皇帝基本可以算是一个意外，他的哥哥天启皇帝因为无子，病逝后，崇祯得以即位。因此，崇祯没有经过完整的帝王教育，对如何平衡派系关系，如何统治国家并没有完全成熟的思路，完全凭一腔热血。 崇祯皇帝当政17年，换了50任首辅大臣。如此高频率的更换首辅大臣，政策推行，必然无法良好的进行下去，国家政治只会一团糟。
而崇祯本人对大臣刻薄寡恩，无任何开国皇帝的雄才大略，心比天高，命比纸薄。好心办坏事，虽“宵衣旰食”，无比勤奋，但反而将明王朝推入深渊。
5.后金女真人的趁火打劫。女真崛起东北后，大量屠杀汉人。建立了奴隶制的军功政治集团。多次入关，烧杀抢掠，也大大打击了明朝恢复元气的时间。
6.大地主、大商人阶层的极端自私和腐化堕落。明末年间，资本主义萌芽已经在江南地区开始。富庶的江南地区，大地主、大资本家，堪称富可敌国。他们不用交税，却享受着种种特权。但却不愿为国家做出任何贡献，眼睁睁的看着国家灭亡，甚至从中渔利。
明朝灭亡，是一个多种因素共同导致的悲剧,也是中华文明的悲剧。