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不可否认，真实的“三皇五帝”可能并没有那么完美，存在被后世神化的可能。最直接的证明，就是伏羲、神农、黄帝、少昊和颛顼，直接被尊为“五方天帝”，直接成了神。
“三皇五帝”被神化，还体现在他们有着非凡的能力，最典型的例子就是造人补天的女娲，直接被神化为创世之神、大地之母，后来还成为婚姻女神、艺术女神、礼仪女神等。
“三皇五帝”多有着众多发明创造，而现代考古发现证明，许多发明创造远早于“三皇五帝”。例如浙江跨湖桥遗址出土的药罐远早于神农氏炎帝，例如浙江桥头遗址出土的八卦和河图洛书符号远早于伏羲等。
“三皇五帝”都有被神化的成分，但这并不是否定“三皇五帝”真实存在的理由，更不能成为某些人丑化羞辱“三皇五帝”的借口。“三皇五帝”之所以被神化，是由于伏羲炎黄尧舜禹等中华先祖曾经建立过彪炳日月的丰功伟业，是由于中华民族对做出过杰出贡献的先祖崇敬的结果。“三皇五帝”被后世神化，是“三皇五帝”曾经真实存在的证据。