1939年9月，纳粹德国进攻波兰，随后英法对德宣战（只不过当时的英法的宣而不战），第二次世界大战爆发。1940年5月，德国调转进攻方向，进攻西欧，势如破竹地横扫荷兰、比利时、卢森堡等国，即便是当时号称世界第一陆军的法国也在坚持了不到两个多月便投降了。贝当元帅代表法国签署了投降协议，戴高乐则是逃往英国继续开展抵抗运动。
法国也是由此一分为二，代表正统的贝当内阁组成了“维希法国”，去往海外的戴高乐则是成立了“自由法国”。不过，对于法国本土人来讲，选择“维希法国”几乎是他们当时唯一的选择。至于法国投降前的那些殖民地而言，就是要在“自由法国”跟“维希法国”之间站队。当时法国大多数的殖民地都位于欧洲，那些殖民地的态度对于战争来讲有着很重要的作用。
事实上，当时的法国能够说是非洲的第一殖民大户，法属非洲的面积则是达到了三分之一左右，跟同时期的英国比起来还要稍胜一筹。法属非洲的土地大体能够分成法属西非、法属北非、法属赤道非洲以及法属马达加斯加。在队伍的选择上，这些殖民地的选择也并不一样。
虽然说“维希法国”是丧权辱国的存在，不过也是那时法国的正统一脉。在大多数殖民地的人看来，在宗主国都已经选择投降的情况下，他们也不再有义务继续打了。所以那时候，除去法属赤道非洲的部分地区还宣称要跟随戴高乐，法属西非、法属北非以及法属马达加斯加都是以“维希法国”为马首是瞻。而盟国显然也是不希望再持续这样的局面，毕竟戴高乐领导的“自由法国”是他们的盟友，只有“自由法国”的实力强大了，战争才有可能会更早结束。
在这种情况下，“自由法国”军队自喀麦隆攻入加蓬，把那一小部分的殖民地跟法属赤道非洲相连。而忠于法属西非、法属北非跟法属马达加斯加仍旧不买戴高乐的账，为令那部分殖民地“回心转意”，盟军配合“自由法国”展开了一系列行动（威吓行动、铁甲舰行动以及火炬行动）。
马达加斯加处在非洲大陆东南部，以那里为基地能够遏制轴心国于大西洋跟印度洋之间的海上通道，所以是盟国于战争期间着力的重点之一。1942年5月5日，有着海上优势的英军对马达加斯加展开了进攻，其代号便是“铁甲舰”。在强攻之下，驻守马达加斯加的维希法国军队很快便招架不住投降了。而后，英国宣布把马达加斯加移交给“自由法国”管理。
得到马达加斯加以后，“火炬行动”便也很快就提上了日程，行动的目标则是跟欧洲距离最远的法属北非。1942年11月，英美联军发动十多万人，于摩洛哥、阿尔及利亚以及突尼斯对轴心国军队发动进攻，在这样的攻势下，留守当地的“维希法国”军队跟德意联军很快便全线崩溃。在艾森豪威尔的指挥下，盟军如入无人之境，这时蒙哥马利的英军借阿拉曼战役的胜利，开始由东至西呼应正在展开“火炬行动”的英美军队。面对夹击的轴心国军队最后在次年的5月投降，法属北非自然也就被“自由法国”拿下了。
而在“铁甲舰行动”跟“火炬行动”展开前，盟军曾进行了一场针对法属西非的“威吓行动”，不过最后失败了。1940年9月，法国宣布投降以后没多久，“自由法国”便在英军的配合下对法属西非的重要港口达喀尔展开了突袭。不过当时“维希法国”的海军力量尚存，英军跟“自由法国”还是被击退了，“威吓行动”就此破灭。不过，历史洪流终究是无法逆转的，独木难支的法属西非并不能挽救“维希法国”失败的命运。
1944年，盟军登陆法国本土。对此，“维希法国”被迫迁至德国境内，不过还是在次年宣告了倒台。最终，以戴高乐为首的“自由法国”得到了法国本土与所有海外殖民地的领导权。而“两个”法国的分裂局面也得以结束。