抗日战争爆发后，由聂荣臻和林彪共同指挥的平型关大捷取得了全国抗战以来的第一个大胜利，极大鼓舞了全国的抗战士气，并彻底打破了日军“不可战胜”的神话。
日军占领太原后，全国的战场形势发生了巨大变化，第115师等部面临着与八路军总部失去联系的风险。
在这一背景下，聂荣臻被任命为晋察冀军区司令员兼政治委员，奉命在五台山地区创建根据地。此后，在聂荣臻的领导下，晋察冀根据地只用了两年的时间便发展到了一个主力部队有近10万人的根据地。毛主席等中央领导大赞“聂荣臻就是新的鲁智深。”
1939年1月，孙毅出任晋察冀军区参谋长，与聂荣臻在一起工作。两人其实早在1935年便已经相识，并在之后的战与火的革命战斗中结下了深厚的情谊。
因此，当新的任命下达后，孙毅和聂荣臻都很高兴，两人一见面便热情地打起了招呼。不过，这并不代表两人之间没有矛盾，尤其在讨论作战方案时，他们经常争得脸红脖子粗。
1939年初春的一天，一阵激烈的声音在晋察冀军区司令部响起，大家就即将开展的作战研究战略战术，而参谋长孙毅和司令员聂荣臻因为意见不统一争执起来了，两人谁也说服不了谁。孙毅说到激动处，更是当众拍起了桌子。
虽然争吵得十分激烈，但这丝毫没有影响两人之间的情谊。回到家后，聂荣臻一边脱外套，一边转过身去对妻子张瑞华说到：“那个孙大胡子，脾气太倔，跟头牛一样，得找个人管管他。”
张瑞华笑着接过聂荣臻手里的衣服，说道：“好，他也确实到年纪了。”
后来，张瑞华便开始为孙毅琢磨起了人生大事。后来，当她看到在抗日战争中顽强斗争的田秀涓后，张瑞华立即做起媒人，开始撮合两人。
孙毅和田秀涓也在相互了解和相处中渐渐萌生了情愫。这一年9月的一天，聂荣臻和张瑞华亲自为两人操持了婚礼，孙毅和田秀涓在艰苦的岁月中结为了革命伉俪。
1940年，孙毅奉命担任中国人民抗日军政大学第二分校的校长兼训练部部长。赴任前，聂荣臻叮嘱他说：“一定要把学校的军事训练搞上去。”
来到学校后，作为军事训练专家的孙毅一丝不苟，认真负责。这些学员都几乎都曾在前线指挥作战，来到学校后，很多人都静不下心来认真学习。其中有位红军更是一再放任自己，导致生活作风出现问题。
孙毅得知后，召开了会议并强制要求这名学员到会接受批评。
这名学员十分记仇，回到延安后，正值延安正在进行“整风”运动，为了泄私愤，他便将自己搜罗到了有关孙毅的材料交了上去，并在会上破口大骂。孙毅也因此在延安出了名。
1942年初，孙毅给司令员聂荣臻写去了一封辞职申请，请求去延安学习。
几天后，孙毅便收到了聂荣臻的回信。原本以为司令员是写来安慰自己的，但当他看过信的内容后，却吓出了一身冷汗。原来聂荣臻给他的是一封批评信。
信中，聂荣臻从政治高度和党性原则严肃批评了孙毅，但在最后，他又语重心长地鼓励孙毅“打起勇气，迎接伟大时期之到来”。
看完信后，孙毅倍感羞愧，不过，他还是采纳了聂荣臻司令员的建议，继续留任校长，培养干部。