国务院设置的机构包括国务院办公厅、国务院组成部门、国务院直属特设机构、国务院直属机构、国务院办事机构、国务院直属事业单位、部委管理的国家局。
国务院部门一般设立党组，国务院有关部门设立党组性质党委，这些设立党组性质党委的国务院部门包括：
外交部，公安部，国家安全部，应急管理部，中国人民银行，国务院国资委，海关总署，国家税务总局，国家金融监督管理总局 ，中国证券监督管理委员会，国家消防救援局。
党组性质党委，是指党在对下属单位实行集中统一领导的国家工作部门和有关单位的领导机关中设立的领导机构，在本单位、本系统发挥领导作用。
根据《中国共产党党组工作条例》，经批准可以设立党组性质党委的国家工作部门和单位包括：对下属单位实行集中统一领导的国家工作部门；根据中央授权对有关单位实行集中统一领导的国家工作部门；政治要求高、工作性质特殊、系统规模大的国家工作部门；对下级单位实行垂直管理的国家工作部门；金融监管机构等。
在上述设立党组性质党委的国务院部门中，中国人民银行、国家金融监督管理总局、中国证券监督管理委员会是金融监管机构，负责相关金融业的管理，履行风险管理和防范处置职能，依法查处违法违规行为。
公安部、国家安全部是中央政法单位，是党绝对领导下的纪律部队。
国家安全部、中国人民银行、海关总署、国家金融监督管理总局 、中国证券监督管理委员会实行垂直管理体制。国家安全部垂直管理省级国家安全厅（局）和市县两级派出机构；中国人民银行、国家金融监督管理总局 、中国证券监督管理委员会垂直管理在31个省（自治区）和5个计划单列市设立的分支机构；海关总署垂直管理广东分署、天津特派办、上海特派办、42个直属海关。
外交部政治要求高、工作性质特殊、系统规模大；外交部领导驻外外交机构及驻香港、澳门特派员公署工作。
国务院国资委党委履行对中管企业党建工作的日常管理职责；国务院国资委根据国务院授权，履行出资人职责，负责监管中央所属企业（不含金融类企业）。
应急管理部是政治机关，是实行准军事化管理的纪律部队；应急管理部管理国家消防救援局。