1876年，甘肃肃州，左宗棠已经六十四岁。摆在他面前的，不只是粮饷和兵力问题，更是一个必须作出取舍的战略难题：东南沿海需要防务，新疆又不能任由外部势力长期盘踞。
这场争论并非无关紧要。新疆一旦彻底脱离清廷控制，陕甘、河西走廊乃至蒙古地区都可能受到牵动。左宗棠据此提出“海防、塞防并重”，并力主先解决新疆问题。慈禧太后最终支持出兵，清廷开始为西征筹集军粮、枪械和运输力量。
当时的新疆，已经历多年动荡。1864年以后，天山南北相继发生变乱，清朝原有的地方行政和军事体系遭到严重破坏。中亚浩罕军官阿古柏趁势进入南疆，逐步建立起以喀什噶尔为中心的政权。
阿古柏并非凭几支队伍便能站稳脚跟。他获得了来自境外的武器和军火支持，英国也曾通过印度方面向其提供军械。英国的目的不是扶植一个真正独立的新疆政权，而是借阿古柏牵制清朝，并扩大自己在中亚的影响。
清军在新疆的力量本来就有限。各地驻军彼此分散，补给又难以接续，面对数路进攻，很快陷入孤立。部分官兵战死，部分突围，另有一些人退入山地、湖区和边远牧地，与当地百姓共同求生。
有意思的是，清军主力退出之后，并不意味着所有抵抗都消失了。新疆各地曾出现过不少自发武装，他们成分复杂，有原来的清军，也有地方团练、牧民和商旅中的青壮年。武器不精，人数不多，却熟悉道路和水源。
巴里坤湖一带便保存了这样一支队伍。这里位于东疆，地势开阔，湖泊、草场和山口相互连接，既是交通要地，也是能够藏身和补给的地方。队伍规模只剩数百人，却始终没有接受阿古柏政权的调遣。
这支部队的特殊之处，不在人数，而在它没有随着旧秩序崩溃而解散。早期抵抗力量曾经不少，但阿古柏方面不断清剿，许多队伍或被击溃，或被迫改编，或因粮食断绝而自行消散。巴里坤湖附近的武装能够留下，靠的是地形、乡里的支持以及相对严密的组织。
他们不敢公开占据城池，只能采取分散活动的办法。白天隐蔽，夜间转移；遇到敌军小股部队，便设法袭扰；一旦对方大队到来，又迅速退入熟悉的山口。这样的抵抗谈不上大规模会战，却让占领者始终无法完全控制当地。
对于普通百姓来说，这支队伍也有现实作用。战乱年代，官府失去作用，盗匪、溃兵和各方势力同时活动。能够保护村落、护送粮队、传递消息的武装，往往比一纸政令更具实际力量。它既是抗击外来势力的力量，也承担着维持地方秩序的责任。
左宗棠所部进入新疆后，逐渐从地方人士和旧日官兵口中得知这支队伍的情况。对西征军而言，这种力量不能简单视作散兵游勇。它熟悉敌情，掌握道路，还能辨认当地水草和民情，在大军推进时具有重要的向导和联络价值。
1876年，清军分路向东疆推进，刘锦棠部进展较快。到1877年，清军相继收复吐鲁番、达坂城等地，阿古柏政权开始瓦解。清军每推进一地，都需要重新建立粮台、驿站和地方行政，地方武装提供的消息与协助，减少了许多盲目行动。
值得一提的是，收复新疆并不是一场只靠正面冲锋完成的战事。远征军必须解决数千里运输、马匹损耗、炮械供应和水源补给。左宗棠采用“缓进急战”的办法，先整顿后勤，再集中兵力打击要害。巴里坤等地的地方力量，正好填补了正规军难以覆盖的空隙。
这支湖区队伍后来随着清军势力恢复而失去独立存在的必要，部分人员被吸收、整编，部分则回归乡里。它没有留下显赫番号，也没有在战报中占据大篇幅，却说明了一个具体事实：阿古柏控制新疆多年，并不等于当地民众普遍接受其统治。
1878年，清军收复南疆主要地区，阿古柏政权覆灭。此后新疆建省等一系列安排陆续展开，清廷对当地的治理由军事收复转入制度重建。巴里坤湖畔那支由旧军和民间力量组成的队伍，也完成了它在乱局中的特殊使命。