万历五年九月二十六日，张文明在江陵病故的消息传到北京时，整个内阁的空气骤然凝固。驿卒快马兼程，数日便从湖广奔抵京城，把讣告递进张居正在东华门外的宅邸。那天傍晚，张居正把自己关在书房直亮到天明。第二天清早，户部侍郎李幼孜便登门拜访，出来时面有喜色。又过一日，司礼监掌印冯保在宫中向皇帝递了话，说张首辅身系社稷，不可一日离位。到了第五天，一道中旨悄然传至吏部，命尚书张瀚出面慰留。
张瀚坐在吏部大堂的案牍后面，手指慢慢抚过那道黄绫裹着的旨意。他已年过六十，从嘉靖年间入仕至今，见过太多风浪。他知道这道旨意并非出自皇帝本心——神宗才十四岁，阅历尚浅，如何懂得什么夺情不夺情。这分明是冯保与张居正合计好的棋路，只等他张瀚走下一步。他把旨意看了三遍，忽然重重阖上，对前来传旨的太监说了一句话，声音不高，却字字分明：“三纲沦矣。”
三纲之中，父为子纲是根本。父亲死了不奔丧，做儿子的还要赖在官位上不走，这在张瀚看来已经不是政务问题，而是天地秩序的问题。张居正等了两天，不见张瀚有所动作，便亲自拟了一道奏疏的底稿，命人送到吏部，暗示张瀚照此覆旨。张瀚将那份底稿摊在桌面上，看了许久，最后“谬为不喻”，搁在一边，仍旧按自己的意思上了一道疏，恳请皇帝准许张居正回乡守制。
三天后，给事中王道成、御史谢思启联名弹劾张瀚，说他“徇私废公，阻挠大计”。十月初六，张瀚被勒令致仕，即刻离京。他走的那天清晨，北京城落了霜，只有两个老仆替他提着行囊。他的马车经过正阳门时，守门的军士照例查验文牒，看到“致仕”二字，便放行了。没有人送行，也没有人敢送行。张瀚掀开车帘回望了一眼城门上的箭楼，什么话也没说，放下帘子，车声辘辘向南去了。
张瀚一走，朝中人人自危。但仍有不甘沉默的人。
十月十八日，翰林院编修吴中行的奏疏递进了通政司。吴中行是隆庆五年的进士，那一年张居正主持会试，吴中行是他亲手录取的门生。门生弹劾座师，在明代几乎闻所未闻。吴中行的疏中说：父丧不归，纲常何在。他没有骂张居正贪权，也没有提改革利弊，只咬住孝道二字。因为他明白，在理学笼罩的帝国里，孝道是一切道德的起点，若这点都守不住，其余全是空谈。
第二天，翰林院检讨赵用贤的奏疏也递了上去。赵用贤同样是隆庆五年的进士，与吴中行同年同门。他的疏比吴中行写得更长，其中有一段话后来被抄录流传，许多人暗记在心。他说张居正能以君臣之义效忠数年，却不能以父子之情稍尽一日，若人人都如此，士大夫的风气日薄一日，国家的公道也就一日比一日昏暗了。他最后说，他不怕死，只怕后世之人指着今天的朝堂说“那时的人已经没有羞耻了”。
这两道奏疏像两块冰丢进了滚水里。张居正看到疏文的当天下午，便传话给冯保，说了一句：“此二人不可留。”冯保会意，当晚入宫向皇帝奏报，说吴中行、赵用贤“妄议大臣，紊乱朝纲”。神宗年幼，凡事听冯保主张，当即批了廷杖六十、革职除名。
十月二十二日，午门外广场上竖起了行刑的木架。锦衣卫校尉列队而立，刑部官员监刑，六科给事中列席。吴中行被从诏狱提出来时，他跪在木架前，没有求饶，也没有呼喊。六十杖打完，他奄奄一息，伏在血泊之中几乎失去气息。围观的官员里有个中书舍人叫秦柱，平时与吴中行并无深交，却急急跑回寓所取来医药，又雇了一辆车赶回刑场。他扒开吴中行的衣服，见臀部和大腿的肉几乎全部打烂，骨头隐约显露。秦柱用温水把药末调开，一点一点敷上去，又灌了一碗参汤。过了大半个时辰，吴中行的喉咙里发出微弱的一声呻吟，才缓缓睁开了眼。
赵用贤比吴中行壮实些，受杖后还有意识。他被人抬回寓所时，从身上脱落下来的腐肉碎块沾满了草席，妻子一边哭一边把那些肉块收拢起来，洗净晾干，用蜡封存在一个瓷坛子里。
吴、赵二人受杖后第三天，刑部员外郎艾穆和主事沈思孝联名上了一道疏。艾穆是湖广人，与张居正是同乡。同乡弹劾同乡，在讲究乡谊的明代官场几乎等同于背叛。艾穆在疏中直言张居正“贪位忘亲”，说他把官位看得比父亲还重。沈思孝则说张居正“位极人臣，反不修匹夫常节”，意思是连一个普通百姓都知道守孝三年，张居正做了首辅反倒连这点基本操守都不顾了。
张居正看到这道联名疏后勃然大怒。他对冯保说，吴中行、赵用贤是门生，还可以说是“矫激沽名”，艾穆和沈思孝与他无亲无故，纯粹是“狂悖攻讦”。冯保当即又入宫请旨，这次批了八十杖。八十杖比六十杖多了整整二十，足以将人活活打死。
行刑那天是十月二十七日，距离吴中行等受杖不过五天。艾穆和沈思孝被并排按在木架上，锦衣卫校尉轮番施刑。打到四十杖时，两人的裤子已经血肉模糊分不清颜色。打到六十杖时，艾穆昏死过去，校尉用冷水泼醒继续打。全部打完时，两人都已不省人事，抬回牢房后三天没有醒来，狱卒以为必死无疑。到第四天清晨，艾穆先睁开了眼，口中微弱地喊着要水。又过了一日，沈思孝也苏醒过来。两人虽然捡回性命，却被判了遣戍，艾穆发配凉州，沈思孝发配广东神电卫。凉州在甘肃，神电卫地处粤西滨海，皆是远离京师的荒远戍地。
这几场廷杖都发生在午门之外。刑部有个新科进士邹元标，江西吉水人，万历五年才考中进士，此时在刑部观政。他从第一场廷杖就在场边观看。吴中行被打得奄奄一息时，他攥紧了拳头。赵用贤的肉块脱落时，他别过头去不忍再看。等到艾穆和沈思孝被打得死去活来，他当晚回到寓所，铺开纸笔，写了一篇奏疏。
邹元标的疏是所有奏疏中最不留情面的一篇。他没有从孝道说理，而是直接攻击张居正这个人。他说张居正的学问偏狭，性情刚愎，凡事独断专行。张居正常常说自己是“非常之人”才能办“非常之事”，邹元标便针锋相对地写道：一个人活着不顾父母，死了不给奔丧，别人说他残忍还算客气，说他薄行还是轻的，说他禽兽、说他丧心病狂恐怕都不为过——这样的人，配叫“非常之人”吗？
最让神宗震怒的是疏文末尾一段。邹元标说，今天皇帝允许张居正夺情，是开了个坏头。将来若有人居心叵测，援引此例，遇到父母之丧也不离去，甚至更进一步觊觎非分之位，那造成的祸患就难以言说了。这段话在神宗读来，几乎是在暗示张居正有篡位之心。十四岁的皇帝气得把奏疏摔在地上，连声说“狂躁可恶”。冯保在旁边添油加醋，当天便批了廷杖八十、谪戍贵州都匀卫。
都匀卫在今天的贵州黔南，当时是土司管辖的荒蛮之地，山高林密，瘴气弥漫。邹元标受杖后拖着伤体上路，走了将近三个月才到达戍所。他在那里住的是茅草屋，喝的是山泉水，周围少有汉人，连说话的人都没有。但他在那里一住就是六年，每日读书写字，把那段经历记了下来。
在所有这些直接上疏抗争的人之外，还有一个人选择了另一种方式。翰林院掌院学士王锡爵，在听说廷杖将行之际，召集了翰林院同僚十余人，一同前往张居正的宅邸求情。张居正闭门不纳，王锡爵便独自一人从侧门挤了进去。他穿过前厅，径直走到张居正为父亲设立灵位的灵堂前。张居正披麻戴孝坐在灵侧蒲团之上，见王锡爵闯入，面色一沉。王锡爵也不行礼，站在灵前大声说：“即使皇上发怒，也是为了您的事。您难道不该为那几个即将受刑的人说句话吗？”
张居正听完这句话，忽然从蒲团上站起来，对着王锡爵深深拜了下去，随后转身从案上抄起一把裁纸小刀，横在自己脖颈之前，声音嘶哑地说：“你杀了我吧！”王锡爵被这突如其来的举动惊住了，倒退两步。张居正握着刀刃，肩膀不住颤动，悲愤与委屈交织在一起。王锡爵最终什么也没再说，转身走出了灵堂。
第二天，吴中行等人依旧按时受杖。王锡爵没有再去求情。但次年春天张居正启程回乡葬父时，王锡爵以“患病”为由告假，没有参加任何送行仪式。他后来在给友人的信中只写了四个字：“不堪回首。”
半年过去了。从万历五年九月到万历六年三月，京城张府灵幡长悬，香烟不绝，只供奉着张文明的灵位。而千里之外的江陵故土，张文明的棺木静静停放在家乡，迟迟等不到儿子亲自主持下葬。按照传统礼制，父母死后应尽快入土为安，最迟也不能超过七个月。张居正夺情留京主持国政，政务繁剧，始终无法抽身南归。京城灵堂香火不息，故土棺椁之中，逝者的尸骨一日日消磨。
反对者们被打散了。张瀚回了浙江老家，闭门不出。吴中行在伤愈后带着满身疤痕回到常州，从此不再谈论朝廷之事，只是常在后院种菜。赵用贤把那坛封存的血肉藏在书房箱底，偶尔会在深夜打开看一眼，然后默默合上。艾穆在凉州的戈壁滩上戍守，沈思孝去往粤西神电卫。邹元标在都匀的山寨里教土司子弟读《论语》。
直到次年三月，张居正才终于动身南归。他走的那天，北京城下了小雨，送行的官员排了长长一队，伞盖相连。没有人再提夺情的事，仿佛那场风波从未发生。南下官船扬帆启程，要去迎接江陵那具等待已久的棺椁。张居正站在船头，望着运河两岸的柳树新绿，面色平静。
船渐渐远去。码头上的人群散尽了，只有雨丝落在水面，一个涟漪接着一个涟漪，很快又消失不见。