《生命树》迎来大结局。多杰的遗体终于被找到，真相大白于天下，那些坚守了十七年的人，等来了迟到的正义。
多杰之死的真相，要从十七年前说起。
当年多杰乘车前往某地，跟踪他的是王富民。王富民打伤了多杰，随后孟耀辉奉冯克青之命前往埋伏。但孟耀辉到现场后才发现，多杰正是当年他当沙娃子逃亡时，给他馍馍吃的救命恩人。那一瞬间，他没开枪，反而解决了王富民。
孟耀辉对多杰说：“我不欠人情，能不能活下来看你自己的命。”他放过了多杰，却也没有施救，转身离开。
之后孟耀辉返回现场，发现多杰的车停在路边，车已被别人带走。他把车拖到荒野烧毁，只记住了车牌尾号是58。而韩学超后来发现的那具骸骨，其实是王富民的，多杰的刀留在旁边，是因为他反抗时刺伤过王富民。
另一边，林培生这条线也浮出水面。
当年多杰的航班信息，就是林培生泄露的。但他很快就后悔了，因为他意识到冯克青要下手。他立刻开车去救人，但还是晚了一步。他赶到时，多杰已经重伤。
可即便猜到了，多杰最后的话依然是：“我们共事二十年，吵了无数次，但我知道你是好人，你想发展，不是为了私心，是为了牧民和草原。”
林县长哭着给多杰递烟。多杰摇摇头：“不抽了，你不喜欢烟味。”说完这句话，他永远闭上了眼睛。
林县长抱着多杰哭了很久。可他怕自己和冯克青的勾当败露，也没法解释自己为什么出现在现场，最终他把多杰的遗体埋在了荒野。这一埋，就是十七年。
直到十七年后，真相开始松动。
白菊和省环保督察组一直怀疑鑫海盗采，可始终没有证据。林县长试图给妻子朱莉办假身份让她先跑路，但冯克青拿出当年他泄露多杰航班的证据，林培生只能继续被他拿捏。
转机出现在白椿身上。白菊从白椿口中确认了鑫海确实在盗采，之前督察组检查时有人通风报信，孟耀辉带人伪造现场掩盖痕迹。而白椿，其实一直在鑫海当卧底。他对白菊说：“我妹是警察，警察会保护我的，咱妈爱你，我也爱你。”
但关键证据一直没找到。孟耀辉设了账外账，白椿接触不到。白菊换上鑫海员工制服，在白椿掩护下扮成清洁工混进资料室。在孟耀辉办公室打扫时，她发现一个包，里面藏着一把狙击枪。
孟耀辉回来就认出了戴口罩的白菊。他把现金流水账单和监控记录摆在桌上，求白菊给他两天时间，让他当个好人举报鑫海，然后离开。白菊反问：“那你把枪口对准别人的时候，想过把枪口抬高一寸，给对方留条活路吗？”
孟耀辉猛扑上去掐住了白菊的脖子。白椿及时赶到，一脚踹开孟耀辉救下白菊。孟耀辉趁机逃跑，白椿追上去撞门时胳膊中了一枪。
白菊驾车追击到山区，别停孟耀辉的车。她开枪击中了他，逼问：“多杰在哪？”孟耀辉瘫在车门边，说：“我没杀多杰，不知道他在哪。”随后他交代了十七年前的一切。
紧接着顺着车牌尾号58，白菊查到了林培生。
林培生带白菊找到了多杰的埋葬地。他说自己一步错，步步错。白菊告诉他：“这不是借口，内心坚定的人，不是靠别人支持，是自己心里有底线。”
白菊在地上插了一根烟祭拜多杰。最终，林培生因帮助毁灭证据罪、滥用职权罪，数罪并罚被判无期徒刑。妻子朱莉也没能出境。鑫海集团被取缔，黄硕被判18年，汪瑾梅被判15年。
寻找真相的路上，代价巨大。 白及被报复破产，张勤勤投的10万块打了水漂。白菊迷茫了：为了一个真相，真的要搭上整个家吗？
邵云飞看着她，说：“你是不会停下来的，需要的时候就大胆往前走，我留下看家。”
他说，博拉木拉是他去过最高的地方，不只是海拔，更是心里的高度。两人被巡山队深深震撼，为保护藏羚羊、守护这片土地，他们不遗余力。
他们不只是爱人，更是并肩的战友。家里白菊睡床，邵云飞睡沙发，他每天早上都会准备早餐。白菊难过的时候，邵云飞会把肩膀给她依靠。
结局里，两人复婚，带着苓苓去省城生活。 头发花白后，他们回到博拉木拉，苓苓成了环保志愿者。这里永远是他们的家。
如今的无人区，藏羚羊满地跑，人们自发保护环境。这是多杰希望看到的博拉木拉。
等了十七年，那些委屈和坚守，终于都有了交代。巡山队的大家等来了正义，坏人得到惩罚，多杰也终于洗脱了冤屈。