以伊开启报复性空袭模式，双方后续空袭的烈度有所降低。以总理内塔尼亚湖向伊朗发出“最后通牒”，伊朗天空已经敞开，毫无防御能力，伊军政高层必须做出决定，如果伊军继续攻击以色列，那么以军将攻击伊朗的炼油厂，摧毁伊朗的经济命脉，如果伊朗允许以军摧毁其核设施而不作出强硬回应，那么以方将不损害伊方的炼油厂。
面对以色列的强硬表态，伊朗无所畏惧，已在夜晚和白天向以色列多地发动了6波导弹空袭。伊朗的导弹生产能力足以维持日常性的对以打击，但伊朗的导弹工厂和发射基地、核设施和炼油厂等将成为以军后续空袭的主要目标，但以军使用的美制战机并非“入无人之境”，伊军防空系统决非形同虚设。
近日，伊朗军方发布战报，6月13日晚间，以S-300或“信仰-373”为主体的伊军防空导弹在德黑兰上空击落了两架正在轰炸军事设施的以军F-35战机，俘虏了一名弹射逃生的女飞行员。伊军称通过电子战手段和雷达锁定，成功捕捉到低空飞行的F—35战机信号，指引导弹完成了拦截。
伊朗公布了战机残骸照片和现场视频，但有军事网友发现残骸与F-35的特征不符，包括军徽位置和机型等错误信息，质疑其真实性。以色列国防军明确否认F-35被击落，称所有战机均安全返回基地，指责伊朗散布了假新闻。F-35有很强的隐身性能和电子对抗能力，伊朗现有的防空系统难以有效锁定。
有军事分析人士认为，伊朗可能夸大战绩，尤其是在以色列此前空袭伊朗核设施等目标之后，伊军方发布击落以军先进战机的消息，可能是出于提振士气或掩盖防空短板的考虑。若确有战机损失，也可能是以军执行任务时受到电子干扰或出现了技术失误。伊朗可能击落了无人机，而非以色列的美制F-35战机。
目前尚无可靠的证据，以此证实伊军击落了F-35。以空军装备的F-35战斗机由美国洛克希德·马丁公司研制，作为目前全球最先进的第五代战机之一，其技术水平和实战表现均处于世界顶尖行列。
F-35有卓越的隐身性能、先进的航电系统和超音速巡航能力，其隐身设计使得传统的防空系统——如伊朗的S-300难以探测，在实战中多次实现“单向透明”的打击。在以色列6月13日对伊朗发动的首轮空袭行动中，数十架F-35战机全程未被伊朗雷达发现并精准地摧毁多处伊朗境内目标。
美国和以色列等盟国目前已大规模列装F-35，形成了体系化的作战优势。F-35并非完美无缺，其单发动机的设计和高昂的维护成本曾引发军事网友的非议，但从综合隐身、电子战、多用途能力等核心指标衡量，F—35仍被业界广泛地认为是最顶尖的五代机之一，尤其在体系化的作战中表现突出。