十八世纪末，当时统治尼泊尔的是凶猛好战的廓尔喀人，他们于1788年和1791年，两次入侵西藏，导致了清朝与尼泊尔的两次战争。
那时的清朝正处于乾隆后期，虽然已出现衰微迹象，但仍然很强盛，与尼泊尔相比，国力强出百倍。廓尔喀人虽然善战，但统治者只要稍有理智，就不应该去招惹身旁的巨人，横挑强邻的可怕结果他们不会不知道，可是他们为什么要两次主动挑起战争呢？两百多年来说法不一，但有一种说法比较可信。
当时的班禅手下有个头人叫丹津班珠儿，他不知道犯了什么罪，被班禅处以黥刑，就是在脸上刺字。丹津班珠儿觉得受到了羞辱，便心怀不满，寻机逃到了尼泊尔。
班禅统治的后藏地区与尼泊尔有贸易往来，但后藏商人依仗班禅的势力，经常在做生意时欺负尼泊尔人，故意拖欠应付的货款，尼泊尔人反复索要却无果。本来就忍无可忍的尼泊尔人，在丹津班珠儿逃来后，就让他做向导，于乾隆五十三年，也就是1788年挥军杀进西藏。
乾隆闻讯后，迅速派遣四川提督鄂辉，成都将军成德，率领川军进藏御敌。同时又派理藩院侍郎巴忠做监军，因为他懂廓尔喀语，也谙熟那里的风土人情。
巴忠自恃是皇帝近臣，不受鄂辉和成德的统属，甩开大军，自己先行入藏，与廓尔喀人展开谈判，其目的就是为了抢头功。为了让廓尔喀尽快退兵，他未经向朝廷汇报就私自承诺给廓尔喀人一千锭元宝，作为讲和条件。尼泊尔人要求签约作为凭证，却遭到达赖喇嘛的反对，可是巴忠为了抢在大军到来前解决问题，就擅自答应并与尼泊尔签了约，然后上奏皇帝说他已经平定了这次入侵事件，没费一兵一卒，但他对一千锭元宝赠款的事只字不提，乾隆不知就里，龙颜大悦。
过了一年，尼泊尔派人来索要那一千锭元宝，巴忠让达赖给钱，被达赖拒绝了。感到受了欺骗的尼泊尔人愤怒极了，他们写信给清朝政府，谴责这种失信行为。结果这封信被驻藏大臣普褔压了下来，他的隐匿不报，使乾隆根本不知道有这回事，朝廷也毫无准备。结果愤怒的尼泊尔人再次兴兵入藏，抓走了藏人头领玛尔沁作为人质，并攻陷日喀则，把班禅宫中和民间财物抢掠一空，班禅逃到了拉萨。清朝驻西藏的将领保泰却拥兵自重，不愿出兵相救，还想放弃前藏地区撤往内地，辛好达赖坚决不同意，这才没有撤军。
事情终于瞒不住了，传到乾隆那里，皇帝大怒。巴忠见事发且已不可收拾，便投河自杀了，于是乾隆重罚保泰，夺去了他的爵位，还将他改名“俘习混”，在满语中就是贱人的意思。
同时，乾隆命他的心腹爱将两广总督福安康为大将军，领侍卫内大臣海兰察为参赞，率精锐的索伦兵和川、陕各路大军进藏讨伐廓尔喀。命令大学士孙士毅负责东路大军的粮草，驻藏大臣和林负责西路，其他后勤补给由惠龄负责。
乾隆五十七年春，也即1792年，福康安由青海进军，当时高原上的牧草还没有长出来，军马都被饿得很瘦，军队的粮草也几度断绝。更凶险的是，运粮布政使受和珅指使，故意中断粮草供应，想让福康安的大军毁灭在草原上。但福康安率领的索伦兵，意志顽强，特别能耐饥寒，他们一路疾行，终于在四月中旬走出草地进入前藏。稍事休整，即于四月末发动攻势。先锋大将成德和岱林保从聶拉木山口进军，总兵诸神宝保护后方，防止廓尔喀兵偷袭。福安康和海兰察亲率索伦兵进攻察木，连战连捷，将后藏地区全部收复。六月，清军杀入尼泊尔境内，尼泊尔起举国之兵迎战。福安康将前锋一分为三，海兰察率三分之一，自己率三分之二。派护军统领台斐英阿在木古拉山与尼泊尔兵正面作战，福康安亲率他的人马从小路突袭尼泊尔军队营地，海兰察领兵绕过山碍，出现在尼泊尔兵后方，两面夹击之下，尼泊尔军大败。福安康随后紧追，连克十几座关隘，一路打到雍雅，成德夺下天险铁索桥，越过峡谷进抵利底，诸神宝也率军来到利底与成德会合。至此尼泊尔举国惊惧，派人来乞降。福康安认为这是尼泊尔人的缓兵之计，所以不予理会。到了七月，清朝大军备足粮草继续进攻，六战六捷，歼敌四千余人，推进七百余里，逼近尼泊尔首都阳布，也就是今天的加德满都。
眼见大军势如破竹，福康安认为大功即将告成，他开战以来的用兵如神把自己都陶醉了，于是就娇纵起来。他自比诸葛亮，还真的照着戏台上诸葛亮的形象，摇着羽毛扇，坐着四人抬的肩與指挥大军。主帅如此，清军也纷纷松懈下来，解鞍卸甲，放下火枪休息。
但福安康没有想到，尼泊尔廓尔喀兵彪悍善战的威名绝非虚传，他们虽然被打得一败再败，似乎已经没有还手之力了，实际上却没有崩溃，作战意志仍然坚定。见清军如此疏于戒备，便抓住时机发动猛烈反击，猝不及防的清军被打得大败，台斐英阿阵亡，多名武将丧生。福康安本人狼狈逃命，侥幸得脱。终于脱离追兵后，惊魂未定的福康安马上部署防御，准备迎接尼泊尔军的下一波攻势。但让他奇怪的是，尼泊尔军非但没有进攻，反而再次派人前来乞降，那这又是什么原因呢？
福康安
原来双方在战场上激战的同时，也展开了激烈的外交博弈，主要目的都是要争取英国的支持。
在尼泊尔第一次入侵时，后藏仲巴呼图克图就瞒着驻藏大臣，假借班禅名义写了两封信派人送往加尔各答，向印英总督考伦华理斯求援。但那时的英国对清朝仍有忌惮，同时考虑到与中国的通商愿望，不愿意染指西藏，所以考伦华理斯回信表示：英国绝不会帮助尼泊尔，但也不会派兵来西藏助战，因为西藏属于中国皇帝管辖，英印当局不愿因干涉尼泊尔与西藏之间的事务而得罪中国皇帝。
第二次入侵西藏的战争中，尼泊尔军的战场形势不利，被清军打得节节败退，摄政巴都尔萨野就向考伦华里斯求援。他致信印英当局，请求考伦华理斯援助10门大炮和一队英国炮手；还请求东印度公司派两营欧洲士兵和两营印度士兵携带武器直接参战。为了换取英国的军事援助，尼泊尔还与英国签订了有利于英国的通商条约。
1792年春，福康安进驻拉萨，他以天朝上国大将军的身份传令不丹、哲孟雄和披楞，要求他们出兵围攻尼泊尔，而所谓的披楞部落当时已经被英国控制，当时的西藏人称入侵那里的英国人为“披楞”。福康安的命令其实是给披楞的印英当局的。达赖喇嘛也致信考伦华理斯，谴责尼泊尔的入侵，呼吁考伦华理斯切勿派兵援助尼泊尔，并应将逃入其境内的尼泊尔头目擒获，转交清朝。西藏方面派人携带福康安与达赖的信前往印度，于1792年8月抵达加尔各答。考伦华理斯收到双方的信后并没有马上回复，而是密切注视中尼战局的进展。1792年9月15日，他获悉清朝军队已经逼近加德满都，尼泊尔败局已定，向尼泊尔国王提供军事援助已无济于事。这时他的态度开始明朗，当天，他给尼泊尔方面写信，表示不能给他们提供援助，原因是要考虑英国与清朝的贸易关系。9月25，他分别写信给达赖、班禅和驻藏大臣，表示英国无意介入尼泊尔和清朝的争端，并愿意充当双方的调解人，还在信中强调了英国与清朝商业联系。
英国当时对庞大的中国市场充满了渴望，很希望扩大与清朝的贸易关系。清朝与尼泊尔战事正酣之际，马嘎尔尼使团正在前往中国的途中，英国对这次出访有着很大的期待，所以在处理与清朝的关系时显得小心翼翼。
然而马嘎尔尼在北京遭到冷遇，他认为是清朝对英国在中尼战争中的态度有误解，因为清朝有大臣质问他为什么尼泊尔军中有孟加拉英军装束的士兵。马嘎尔尼回国后，英印当局调查过此事，认为是一些开小差的孟加拉逃兵加入了尼泊尔军，也可能是尼泊尔为了壮自己的声威，故意放风说有英军参战。为此，英王还亲自对清朝做了解释。
1795年，英王乔治三世致函乾隆称：“从前有一次，天朝差大将军带兵到啲嘧地方，我的兵总也曾相助，前贡使到京时。未得我们咽嘟吐噉地方音信，是以未曾将此事奏明大皇帝，得见我们诚敬的真心。”
乔治三世的这封信在向乾隆解释英国并未与清朝为敌的同时，也透露出一个信息，就是在尼泊尔战败之际，英国曾经对其趁火打劫。
英国对尼泊尔和西藏一直抱有野心，虽然当时对西藏还不敢染指，但对尼泊尔却有所觊觎，乘其战败，印英当局指使其控制的披楞对尼泊尔发动进攻。而所谓的披楞军队，实际上就是英军，只是其中还有一些受英军驱使的当地部落土著。魏源在《圣武记》卷5《乾隆征廓尔喀记》指出：“福康安进兵时……廓夷南告急于披楞，披楞佯以兵船赴援，实阴倡其边鄙。廓夷两支强大敌，洶惧无计”
所以尼泊尔当时受到了清军和英军的两面夹击，这才是他们在击败福康安后却主动乞降的原因。
本来因战败而狼狈不堪的福康安见尼泊尔主动求和，当然是求之不得，马上表示同意。尼泊尔退还了从扎什伦布寺掠去的宝物，还派使臣第马达特塔巴带着驯象、骏马、乐工等前往北京朝贡，给足了乾隆面子。
但清朝其实对尼泊尔之役是有清醒认识的，知道自己并没有在战场上取胜。嘉道时期的礼亲王昭梿在他的著作《啸亭杂录》中指出：“是役也……犹赖夷人畏惧，为国家威德所慑，故献表投诚，以结其局。故后世用兵绝域者，应引以为戒欤。”意为尼泊尔只是被清朝的国力压服，清军并没有打败他们，对这场败仗以后要引以为戒。
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