袁世凯死后，段祺瑞凭借强大的军事力量，担任了国务总理并控制实权，成为北京政府的核心人物。正如孙中山所言：“袁世凯虽死，而袁世凯所遗留之制度，不随以俱死。”
对于掌握政权的北洋军阀而言，帝制固不可为，但没有国会制约的专制制度与帝制也有异曲同工之妙。"彼辈本反对共和之恶魔，专制主义下之俄鬼，其服从共和，特为大势所迫而然者”。
上台伊始，段祺瑞以"大总统遗令"宣布，依民国二年制定的《中华民国约法》（时称"新约法"，民国元年的《中华民国临时约法》，时称"旧约法"），由黎元洪代行总统职权。
命令一出，立即遭到在上海的国会议员、国民党及滇、桂军阀的通电反对。他们不反对黎元洪继任总统，但反对黎氏继任的法律依据"新约法"。因为承认"新约法"，等于承认袁世凯封闭国会、废除"旧约法”及帝制自为是对的。
1916年6月25日，驻沪海军总司令李鼎新等人通电指责：“今黎大总统虽已就职，北京政府仍依据袁氏擅改之《约法》，以遗令宣布，又岂能取信于天下，餍服人心"，宣称"非俟恢复元年《约法》，国会开会，正式内阁成立后，北京海军部之命令，概不承受"。
6月29日，黎元洪明令："宪法未定之前，仍遵行中华民国元年三月十一日公布之《临时约法》"，"其二年《大总统选举法》系宪法之一部，应仍有效。"
至此，一度沸沸扬扬的"新旧约法"之争始告结束。设在广东的军务院便于7月14日撤销。南北又处于统一的状态。8月1日，停会达两年之久的国会重新开会。汤化龙、陈国祥当选为众议院正副议长，王家襄、王正廷当选为参议院正副议长。黎元洪补行了大总统誓礼。
9月初，国会追认段祺瑞为国务总理。10月底，补选冯国璋为副总统。段祺瑞抓住时机，利用各种手段垄断中央权力，"视一国政权为彼北洋派之私产禁脔”。黎元洪名为总统，实被架空；冯国璋时为江苏督军，他怕丢失地盘，没有进京受职。所以，北京政府事实上由段祺瑞操纵实权。
段祺瑞任用徐树铮为国务院秘书长。徐树铮以段压黎，"黎氏名为总统，实同监印"，"所有军民大权，只许坐啸画诺，不容略持异同"。"国务会议以前议事无日程，会议以后无报告，发一令总统不知甚用意，任一官总统不知其来历"。
黎元洪并不甘心充当傀儡，时常以总统身份掣肘内阁。黎氏与段氏间的矛盾日益尖锐，时人以总统府和国务院代指黎、段，故有"府院之争"的称谓。
在国会中，府院势力也互不相让。1916年下半年，双方在各省省长任职程序上发生分歧。12月8日，两派议员为争夺讲台，竟演出“全武行”，拳脚相加，墨盒乱掷，椅子飞舞，闹出一场"将民国神圣尊严之议会竟为若辈暴民逞凶殴人之场所"的丑剧。
围绕中国是否对德宣战问题，"府院之争"渐趋白热化。
1917年初，"一战"激战犹酣。英、法、美等国都希望中国对德宣战以壮声势，与列强已有默契的日本，也积极支持中国参战。列强以战后中国可在和会中占一席之地、收回德国在中国的租界和废除中德不平等条约等条件游说北京政府。
3月3日，段祺瑞主持内阁会议通过了对德绝交案，但黎元洪和国会中多数议员持反对态度，黎元洪拒不签署。段祺瑞出走天津，以离职相威胁。几经妥协，3月14日，国会方才通过对德绝交照会。
对德绝交后，段氏又力促中国对德宣战。饱受军阀混战之苦的各阶层人士，群起抗议中国对德宣战。孙中山曾通电反对中国参战，呼吁严守中立，并电英首相阻止劝诱中国参战。上海商界联合会通电反对参战，各团体纷纷致电北京政府，形成了反对参战的强大浪潮。
为在这场名为参战、实为由谁主持参战并获得列强支持、进而扩大政治、军事势力的斗争中获胜，段祺瑞一意孤行，置全国的反对于不顾，祭出军人干政的法宝。
4月下旬，他借开军事会议为名，召集各省督军到京。4月25日，军事会议开幕。25个省区或军区的督军或代表一致在"赞成总理外交政策"的签名单上署名。
5月1日，国务会议讨论“宣战案”时，各省督军及代表20余人竟冲入会场，喧宾夺主地发言，要求无条件加入协约国并对德宣战，致使“宣战案”在国务会议上获得通过。10日，国会正式讨论“宣战案”。
段氏为制造“民意”，以数枚铜元至半块银元不等价格，雇来一批军人、警察、乞丐、杠夫和失业游民约2000人，配上早已准备好的衣服、旗帜、传单，组成所谓"陆海军人请愿团"“五族公民请愿团”、“政商学界请愿团”、“北京市民请愿团”等，将国会团圆住，威逼议员立即通过“宣战案”，并当场殴伤议员十余人。议员出于义愤当即宣布停会。非皖系国务员也相继辞职，段内阁发生崩溃。
12日，国务院举行例会时，只有段氏一人出席。19日，国会议决“对德宣战案”缓议，并请黎元洪免去段祺瑞国务总理职务。23日，黎元洪下令罢免段祺瑞。段氏避走天津。
段氏离京后，各地的皖系军人群起攻击北京政府。29日，安徽督军倪嗣冲、河南督军赵倜、浙江督军杨善德宣布脱离中央；接着，奉天督军张作霖、山东督军张怀芝、福建督军李厚基、陕西督军陈树藩、直隶督军曹锟等相继宣告本省独立。
6月2日，宣称"独立"的各省督军在天津成立军务参谋处，以雷震春为总参谋，声言"出师各省，意在巩固共和国体"，实则策划以武力倒黎。一时间，大有"黑云压城城欲摧"之势。黎元洪无奈，只得急调驻扎徐州的长江巡阅使张勋“迅速来京，共商国是”。
张勋（1854——1923），字绍轩，江西奉新县人，1911年任江苏巡抚、署理两江总督及南洋大臣，民国后曾任江苏都督，时任长江巡阅使。张勋不是北洋军的嫡系，却是一个时刻梦想“拨乱世而返之正”的清廷复辟狂。他“素以忠勇自命，隐然有复辟之志”，民国后仍然拒不剪辫，时称“辫帅”；其部下将士多不剪发，人称“辫子军”。
当“府院之争”不可开交时，张勋即向黎元洪表示，“段氏不去，国家不安，总统英断，实所赞同”，诱黎元洪邀其进京做“调解”，为其复辟清廷寻求机会。
6月7日，张勋应召率部5000人由徐州赶奔北京。8日抵达天津后，张勋突然向黎元洪提出“调停”条件，限3日内解散国会。9日，张勋下令所部进京示威，自己却在天津静观其变。黎元洪此时进退两难，只好答应张勋条件。
14日，张勋由天津抵京，立即以北京政府的裁决者姿态电劝各省取消独立，黎元洪则被逼离职避入日本使馆。
7月1日，张勋、康有为从故宫中将11岁的废帝溥仪拥出。张勋身着蟒袍，率文武百官300多人涌进清宫，跪请“复辟”。于是，溥仪发布“复辟登极诏"及若干道"上谕"，易五色旗为龙旗，任命伪官，通电劝告各省响应复辟。张勋自命为内阁议政大臣兼直隶总督及北洋大臣。
一时间，北京城内的清朝遗老遗少额手相庆，纷纷争购朝冠朝靴，早已用来装殓死尸的花衣蟒袍竟涨至120余元一套；街上时见头带假辫及红顶花翎之人招摇过市。
张勋的倒行逆施，激起了全国各地的强烈反对。北京十几家报刊停刊以示抗议。各地纷纷通电，无不“口诛笔伐，痛斥叛国”。孙中山等人在上海发表《讨逆宣言》，并制定了兴师北伐、"扫穴犁庭"的军事计划。
7月3日，避走天津的段祺瑞见时机已到，在天津马厂举兵讨伐张勋，以吴佩孚为前敌总司令，攻打北京。6日，冯国璋在南京宣布就任代理大总统职，组成“讨逆军”从卢沟桥、丰台方向攻打北京。
张勋兵力过弱，在段、冯两面夹攻下一触即溃。7日，段氏派飞机轰炸紫禁城。12日，段祺瑞军攻入北京，溥仪再次退位，逃入英国使馆避祸。张勋部纷纷投降，张勋则避走荷兰使馆。1923年9月，张勋病死天津。
张勋复辟仅仅12天，就宣告失败。这一事实，昭示了中国社会民主共和潮流的不可逆转。