蒋介石对南京的安全极为关心，其组织的“徐蚌会战”也是为了南京的安全，但蒋介石怎么也料不到，叛将吴化文竟带领三十五军解放了南京。
1948年9月，在济南战役进行到关键阶段，吴化文的96军在战场起义，其辖84师115旅、116旅、军部独立旅合计2万人，被改编为我华野部队三十五军。
在淮海战役开始后，对于这一支反复无常的军队（吴化文率部由冯玉祥西北军投靠蒋介石，抗战时又投靠汪伪当了汉奸，内战初期又投靠了国民党），粟裕并没有给予其更多的作战任务，在华野部队南下围歼黄维兵团时期，仅让其在宿县担任预备队。
1949年1月，三大战役结束后，华野被整编成三野，而吴化文所部也被改编成为三十五军，改编之后的三十五军结构发生了翻天覆地的变化。
吴化文部曾犯下过滔天大罪和与日军合作之人（大多数军官）纷纷逃亡或被遣散，整个部队从起义时期的2万人，骤降到1万人以下，而这1万来人多是被强征过来身世清白的壮丁。
3野对于野战主力军标配为35000人（3个师），为了弥补三十五军兵源空挡，将原鲁中南纵队与吴化文部合编为35军，鲁中南纵队同原吴部的员额比例为2:1，下辖103、104和105三个主力师。此时的三十五军，已真正意义转变为“人民军队”。
1949年4月22日上午，第三十五军云集浦口之际，接到了渡江战役总前委发来的电文：
“据悉，蒋介石可能已放弃首都南逃，望你军立即探实情况，并伺机占领南京。”
坐镇三十五军军部的是政委何克希，军长吴化文没有在一线，何克希派人通知吴化文，吴化文下达了进军的命令。
夺取南京的第一步，由第三十五军和第三十四军首先钳制“三浦”，保证渡江兄弟部队第一梯队的突击成功。当第一梯队渡江突击成功以后，第三十四军在仪征一带继续佯攻。第三十五军则于四月二十一日零点对“三浦”发动进攻，先夺取“三浦”，然后占领南京。
在夺取“三浦”的战斗中，第三十五军的第一○三师负责攻占江浦，第一○四师负责攻占浦镇，第一○五师负责正面突击，切断江浦和浦镇敌人的联系，沿铁路线攻击前进，夺取浦口。
经过几个小时的激烈战斗，我军占领了江浦镇，歼敌两千余人。
浦镇守敌第二十八军第八十师是嫡系，为了阻止我军前进，长江南岸和军舰上的大炮，一齐向我军轰击。我军冒着密集炮火穿插前进，包围了浦镇。敌人进行疯狂反扑，坦克、装甲车一起向我军冲击。我主力部队和敌人在浦镇以北的山地和敌人主阵地之间。展开了逐点、逐线、逐个碉堡的争夺战。经过一整夜的战斗，我军夺取了平顶山、大顶山和二顶山等制高点和其他全部重要阵地。22日清晨，残敌慌忙向浦口方向逃跑。
我军战士夺取浦镇后，兵不解甲，马不卸鞍，不停歇地向浦口追击。22日下午和晚上，敌人慌乱地向江南撤逃。下午，第三十五军在浦口车站的一所空房子里开会，研究迅速渡江，抢占南京的作战方案。
23日晚七点，第一○三师的18名侦察兵，分乘两艘小船，越过四里宽的滔滔江面，到达南京下关。
三十五军侦察队在工人的协助下很快弄到了一只小汽船，工人向志把汽船开到了江北，接应第二批解放军30余人过江。
解放军到达下关时，我军侦察队又弄到了一只能乘百余人的大汽船“京电”号，我军开始了大批过江。此时，在南京地下党的支援下，江南的许多船民，组织起来驶船到江北迎接解放军。
三十五军前哨部队从南京东面的和平门进入南京城。午夜十二时，大部队以整齐的队列，雄壮的步伐，带着各式武器，经过挹江门进入南京市区。
第三十五军第一○四师进占狮子山、清凉山制高点。第一○五师由中山北路前进，经过新街口到中山门，占领中山门城外高地、光华门外飞新和市中心区。第一○三师占领总统府及其周围地区。至此，南京城被军完全控制。
4月24日凌晨三点，总统府的红漆大门被打开。我军战士对前后大殿、各条通道、各个办公室、各个角落进行搜索。办公室里、楼里、各个屋角都是废纸、文件、书报、相片和各种散乱的杂物。在蒋介石办公室里，一张玻璃台面的大桌子上，日历翻到了4月22日。蒋介石怎么也料想不到，居然是叛将吴化文带领三十五军解放了南京。
4月27日，总前委领导人邓小平、刘伯承、陈毅来到南京，他们到总统府作了一番巡视。进城后的第一件紧急事情，就是安定社会秩序，保证人民产安全和正常生活。
4月28日，总前委宣布成立中国人民解放军南京市军事管制委员会，并任命刘伯承为主任，宋任穷为副主任，派出干部，对国民党政府系统进行接管，彻底砸烂旧的国家机器，建立起人民的政权。
建国初，吴化文因病申请退役，彻底离开第三十五军，先后任浙江省政协副主席、交通厅长等职，于1962年病逝，终年58岁。