1、引起手足口病和疱疹性咽峡炎的部分病毒血清型不同，但它们均属于肠道病毒属。
2、症状略有不同：疱疹性咽峡炎的疱疹几乎仅仅出现在口腔内，而手足口病引起的疱疹，除了口腔，还出现在手、足、臀部的皮肤。
3、疱疹性咽峡炎的孩子多表现为突然的高热，而手足口病可能不会发热，即使发热，度数一般不会很高。
两种疾病在症状上有些许区别，但临床处理都是相同的，治疗以支持对症护理为主。
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