坐拥长江的通江达海、禄口机场的国际门户，南京不光是长三角重要的交通枢纽节点、功能上被国家定位为国际性综合交通枢纽中心。铁路建设方面，在沪渝蓉高铁、宁淮高铁在建，以及规划中待建的宁滁蚌城际、宁宣高铁、宁杭二通道、扬马城际铁路等，未来的南京高铁路网将成倍加密，随之而来的就是南京铁路枢纽的能级提升，在现有南京南、南京两大客运站的基础上将形成南京、南京东、南京南、南京北、南京禄口机场、“三主两辅”格局的五大客运站。
1、南京站
作为南京铁路的元老站，临湖依山、被誉为中国最美火车站，宁启、宁西、宁芜、京沪等一批普速铁路交汇于此，随着普铁向高铁的发展，城市版图的扩张，京沪高铁、南京南站的横空出世，南京站昔日的辉煌逐步退色。南京站现状更多的是普铁作业，以及部分沪宁城际铁路的始发、终到作业。规划中的宁宣城际、宁杭二通道未来将引入南京站。
2、南京南站
15台28线的南京南站一度占据国内最大高铁站的头衔，高铁时代成了南京枢纽绝对的扛把子站，除沪宁城际部分南京站的始发、终到作业，囊括京沪高铁、宁杭高铁、沪汉蓉高铁、沪宁沿江高铁、宁安客专等现有南京枢纽所有的动车作业。
3、南京北站
占地面积106万平方米、16台30线的南京北站建成后，将超过南京南站成为南京枢纽的最大高铁站。现快马加鞭建设中，预估2027年建成。未来接入南京北站的高铁线路有：沪渝蓉高铁、宁淮高铁、宁滁蚌城际、宁启铁路、京沪铁路等。是集高铁、城际、普速为一体的超大型铁路枢纽中心。
南京北站的建设，是南京铁路枢纽格局的一次重大重塑完善，同步建设普铁外绕线不进城，将宁启铁路、京沪铁路普铁外迁至南京北站，同时新建上元门隧道，将南京北、南京完美串联，江北、江南两大客运站互联互通。加上未来建设的宁宣高铁、同步建设南京站至紫金山东站、沧波门至江宁站的联络线，南京北、南京、南京南将实现线路闭环、中心主城区的南京站高铁可以去往更多的城市。
4、南京东站
南京官方明确提出：谋划南京东站布局、完善“三主一辅”南京铁路枢纽新格局。而这个一辅指的就是仙林站，且未来很可能升级至“新南京东站”。此前在南京市民的呼声中，关于南京东站有三种不同的声音，除了仙林站，还有宝华山站，紫金山东站这两座闲置多年的车站。
宝华山站作为沪宁城际的中间站，2020年停运，由于在镇江境内、且位置偏远，紫金山东站作为仙宁铁路的中间站，一直处于荒废中，不过从宁宣高铁规划披露的消息来看，未来紫金山东站大概率被激活使用，另外从路网辐射、地理位置等来看，仙林站显然更适合未来的南京东站。
七乡河过江通道建设之时，就是南京东站浮出水面之时。按规划，七乡河过江通道为公铁复合通道，铁路采用四线，其中两线为京沪铁路外绕线，另两线为沪渝蓉高铁与仙林站的客车联络线，沪渝蓉高铁仪征北站规划设计时已做预留。根据网络爆料的消息来看，仙林站未来扩建后将达到7台17线的站场规模，当然最终以官方的信息为准。
仙林站未来主要承担的是沪渝蓉高铁、沪宁城际南下对接宁安城际、宁宣高铁、宁杭二通道的功能，以及部分东向城际动车始发、终到作业。扬泰通及苏北沿海地区，未来在南京枢纽直接通过七乡河过江通道进仙林站南下、去往皖南、赣东方向，而不必在绕道南京北站、南京站走中心城区。南京枢纽的功能将进一步完善，仙林站的扩建，升级至南京东站，从南京路网的整体布局来看，很有必要性。
5、禄口机场站
除了上述“三主一辅”四大客运站，南京未来还有第五大客运站，就是空铁枢纽的禄口机场站。
按初步的规划设计，禄口机场站站场规模为4台10线，是宁宣高铁、宁杭二通道、扬马城际铁路的交汇枢纽站，是南京未来的综合空铁枢纽站。
9向铁路网、南京东、南京南、南京北、南京、禄口机场站五大客运站联动，南京现有的铁路枢纽布局未来将成倍增效。要说唯一缺憾的还差个南京西站，就是宁安客专直通南京北的联络线，这样整个枢纽就完美闭环了。不过七乡河过江通道未来的建成，降低了这条联络线及南京西站的必要性。