万历三十九年京察，因辽东任上的出色表现，熊廷弼有望升任辽东巡抚或返回京师任北直隶督学巡按御史。但给事中段然却力劝吏部尚书孙丕扬将熊廷弼远放南京，委任为提督南直隶学政。
段然的理由是江南“士风嚣悍，所在围官府、焚缙绅房屋，皆目为蓝袍大王，莫敢问”，只有熊廷弼这种文武兼备、手腕强硬者才能整顿江南士林。说得义正言辞，但他并不是真心为朝廷考虑。
万历三十七年东林谋划李三才入阁一案爆发，东林和非东林展开了长达一年的斗争（这是明末党争的标志性事件）。非东林派系的官员大多希望原礼部侍郎郭正域入阁，段然则站队李三才一边。而熊廷弼和郭正域不仅互视对方为知己，还是儿女亲家。
另外段然和兵科给事中胡嘉栋是死对头，万历三十八年段然逮住胡嘉栋工作失察的机会发起弹劾。正是熊廷弼上疏为胡辩解，才让他免于受过。熊出面救胡的原因是，胡嘉栋在他乡试时对他有知遇提携之恩。
所以段然就是在故意下绊子，让熊廷弼这个楚党去东林的大本营“整治”东林学子，欲借党争之手扳倒自己的敌人。
万历三十九年八月，熊廷弼到达南京履任。很快他就发现了“士风嚣悍”的根源，不少学子依仗的不是才学而是地方权贵的裙带关系。熊廷弼的应对方法也很简单，亲自抓“岁考”，品学兼优的提拔，不行的罢黜。
注：“岁考”是针对各府官学生员（廪生、增生、附生）的考评。考试成绩分六等，一二等可参加乡试，三等无赏无罚，四等需接受教授惩戒，五等降级，六等革除生员资格。
很快熊廷弼就干出了两件大事。
其一，据《定陵注略》记载，常州某公子在考试时作弊被抓，虽然他爹“实力雄厚”，但熊廷弼也没惯着，让人把他捆起来打了一顿并关禁闭。该公子的父亲，气得带人入学府抢人。后在乡绅的调停下，熊廷弼才没有上纲上线。
其二，熊廷弼黜落了东林魁首顾宪成长子顾与渟的生员资格（此时顾宪成还在世）。以顾家的家风和顾宪成的成就，顾与渟不太可能在学问上不合格。熊廷弼这么做可能是看不上顾与渟的人品，以及给江南士子们立“榜样”。
先生谓诸生不看《性》、《鉴》，无实学，每试必书经论四篇，无论者一等，无帮补、无经者，文虽工，置五等 … 所拔皆名士，所进皆寒微，所黜皆乡绅津要子弟，而东林子弟居多。人妄拟先生有意摧东林，至此祸不可解。
《熊襄愍集》
当然也有另一种可能，熊廷弼在刻意针对顾宪成和他身边的人。因为李三才案后，明朝的党争上升了一个层次。不管愿意与否，官员们都得站队（熊其实和部分东林官员私交颇好）。无人能独善其身，熊廷弼也跳不出这个染缸，这也是明朝的大不幸。
很快针对熊廷弼的报复就来了。万历四十年七月，应天巡按御史荆养乔（东林）上疏弹劾熊廷弼“庇护奸人、杀人媚人”两罪。除此之外，荆养乔在未获朝廷允准的情况下突然弃官以示抗议。
在熊廷弼上任前太平府发生了一个案子。生员梅宣祚和他族兄弟梅振祚、梅子祚、梅羽祚、梅俞祚、梅望祚以及汤必守，私下收容一名出奔的妇人徐氏，民间传言几人将其私藏家中淫玩。
在审理此案的过程中，宣城生员苏海望、李茂先、冯应祥、芮永缙等人摆出一副为民请命的模样，利用生员公举的特权到南京各衙门闹事告状，并四处宣称案件有黑幕、有人要包庇梅氏等等。
熊廷弼到任一段时间后，这个案子也结案了。判梅振祚、梅子祚、汤必守流徒，其余杖刑并全部革除生员。于此同时有人向熊廷弼检举了苏海望等人的不当行为，熊廷弼查实后就下令杖责以示惩戒，结果芮永缙被当堂打死了。
此案接着引出了第二案，在介绍第二案之前需要先了解一下前案相关人员的背景。
首先，梅家是典型的江南缙绅家族。自嘉靖朝中期，梅家代代都有人中举人或进士，此时正是梅家最辉煌的时候“兄弟三进士，一门四举人”。汤必守是宣党魁首汤宾尹的族人。受害人徐氏的家门也不低，家主是致仕的前刑部尚书（南京）徐元太。
第二案是桩陈年旧案，当年徐家有个女儿起初聘于汤一泰（汤宾尹的族叔），后来徐家嫌弃汤家聘礼太少（汤宾尹发迹前汤氏并不富裕），又与当地富族施家达成意向。为了悔掉之前的婚约，徐汤两家编出了个指腹为婚的故事。
汤家觉得自己被欺负了，就将此事告到了官府。徐家怕一女聘二夫的丑事被戳穿，就逼自己女儿上演跳塘自尽的戏码意图逼汤家撤诉。哪知这女孩真淹死了，徐、施两家就趁势鼓动人闹事，汤家不得不息讼，三家也算是结成了仇。后在徐元太的参与下，当地为这个徐氏女孩建了烈女祠。
注：明清时期盛行“死者为大”，不少案件在审理过程中，无理一方会滥用“威逼人致死”的罪名，通过自残、自杀的手段来逼迫有理方妥协或逆转案件审理的结果。这在欠债、土地纠纷案件中高频发生。
这两个案子看上都和熊廷弼没关联，但经荆养乔的描述就不一样了。
荆养乔认为对梅氏子弟以及汤必守的判罚太轻，原因是熊廷弼干涉了案件的判罚，其目的是包庇梅家（梅家的梅守和与熊廷弼是同年）以及讨好汤宾尹。
另外，熊廷弼在处罚苏海望、李茂先、冯应祥、芮永缙等生员的判词里提了句“施汤故智”，这确实是在说第二案。
因为当年徐元太为徐家女建烈女祠并不是自己直接出面，而是由生员冯应祥（就是被熊廷弼打的）等人出的头。当时的南直隶督学御史（史学迁）就批评这些生员举止不当，他觉得徐氏一人许两家在先，并非死于大义，所立之祠当为“淫祠”（后来这个烈女祠被拆了）。
熊的本意是告诫学子们别忘前事，不要过度参与缙绅争斗被人当枪使。荆养乔则认为熊是在明目张胆的讨好汤氏，为帮汤家出气，故意杖责这几个生员。
注：冯应祥很有可能是依附于徐家的职业“讼棍”。他们四处举告“梅家子弟宣淫案”，也有可能是制造舆论以给官府压力重判梅氏，因为当时徐家势力远不如梅家。
经荆养乔的折腾，加上熊廷弼之前的作为，他很快就被推到了风头浪尖。对于荆养乔的弹劾以及任性去职，神宗命左都御史孙玮调查此事，结果孙玮导致这场斗争进一步升级。
对于主动弃官的荆养乔，他给出了革职的处理意见；对于熊廷弼，他则以“二御史相争，必行勘，乃足服其心”为由，建议朝廷命熊廷弼返乡待勘。
注：“行勘”是指派出御史分别堪问各方说辞并进行调查核实，最终再给出判罚结论。在这个过程中被勘问的各人需停职并固定场所（非监禁但不得随意远离，所以一般都会被要求返乡居住）。
孙玮的奏疏上呈至朝廷，神宗同意了孙玮的建议，这立刻就引爆了党争。东林一系的官员纷纷上疏支持孙玮的处理意见，而楚党成员则同仇敌忾，群起弹劾孙玮结党营私，包庇荆养乔并想构陷熊廷弼。
因为很多楚党成员本身为御史，是孙玮的下属。这搞得孙玮很尴尬，所以一番大乱斗后，事实没查出个所以然，孙玮自己就被迫请辞了。神宗只得派没有党派背景的右副都御史徐应登，接手调查。
万历四十一年二月，徐应登上呈了他的调查抱告，大致为以下三点：
第一，熊廷弼不仅没有包庇梅氏子弟和汤必守，还“恨不能受刃其同党”。
第二，苏海望、李茂先、冯应祥、芮永缙等生员确实收了他人钱财，才假借公举之名于各衙门告状闹事。熊廷弼杖责他们并不违法。至于芮永缙被打死，是他自己身体不好。
第三，没有实质证据能证明熊廷弼讨好汤宾尹。
除此之外，徐应登还评价熊廷弼在履任期间“豪爽英迈，凡事担荷不疑”。认为熊廷弼是因力挽江南士风而得罪不了人，才遭到谣言诽谤。
这一下楚党攻击孙玮更甚，孙玮也开始更为频繁地请辞。神宗的态度就值得玩味了，他一方面不真心挽留（真挽留就得处罚几个弹劾人），一方面又不同意孙玮的辞职。以至于到了七月，孙玮已上了25份辞职申请，后被迫学荆养乔，直接撂挑子走人。
另一方面，徐应登虽然证明了熊廷弼的清白，但神宗也不说让他回任而是让他在老家继续待勘，这一待就待到了万历十七年四月辽东已危如累卵。
神宗这是在干什么？说好听点，他是两边各打五十大板，玩平衡。说难听点，他这就是在故意怠政，想让朝廷停摆（他想依靠更听话的宦官治国）。所以清人说“明亡于万历”，真没冤枉他。