1878年，左宗棠击败阿古柏，重新收复新疆，之后他就开始整顿新疆。1880年，左宗棠被朝廷调回。而他的得力助手刘锦棠接替他的位置，开始治理新疆。1884年，清朝在新疆建省，刘锦棠成为新疆第一任巡抚。而刘锦棠在新疆建省初期，是如何改变新疆面貌的？
1：边防驻守的改变和完善。为了保证新疆的生产，刘锦棠在新疆各地部署兵力，用驻军维护边疆的稳定。面对英俄两国在中亚争霸，刘锦棠时刻警惕他们的入侵。毕竟击败阿古柏，收回新疆并不容易。在他的认识中，必须做到有备无患。有过之前俄国占据伊犁的事迹，刘锦棠特别重视新疆的兵力部署。
新疆西部的喀什，伊犁，塔城等城镇，这里是防止沙俄入侵的重要之地。在与左宗棠商谈中，他就注重新疆的边防部署。可新疆实在太大，想要全部部署到位，这需要庞大的兵力。加上各地之间的距离太远，这都给驻防带来难度。可再难也要部署，毕竟这关系到国家的安全。
正如刘锦棠说的：盖边疆要地，必得重兵镇驻，方足以资防范而壮声威也。这也是新疆设省后，刘锦棠特别重视新疆的边防驻守。在给朝廷的奏折中，刘锦棠给出的边防部署是这样的：由于南疆边防比较弱，因此将乌鲁木齐的提督迁至喀什，将喀什的总兵换到阿克苏。由于提督有统领全省的兵力，驻防喀什，也是要防止沙俄的入侵，同时也加强南疆的军事力量。他的这个提议得到朝廷的认可，并且同意他的提议。在他的努力下，新疆的边防驻守逐渐完善。
2：对军队的改变。早在收复新疆时，左宗棠带领的清军，来自不同的地方，有蜀军，湘军，楚军等。由于太过匆忙，来不及招收更多的青壮年兵力。因此，军队里拥有不少老兵，为了节约开支，刘锦棠对老弱病残的老兵，选择辞退。
最终目的：也是为了加强军队的战斗力。毕竟收复新疆时，朝廷就认为驻扎的营勇居多，为财政的支出带来负担。但考虑到这些营勇为国家付出的贡献，以及牵扯到的利益关系。刘锦棠也不是一下子全部裁掉，而是选择循序渐进的裁减。
如果一下子全部裁掉也不现实，毕竟原有的八旗兵和绿营兵，已经无法担任驻守边防的能力，这还需营勇兵来担任。新的行省制对军府旧制，依旧要时间来过渡。而屯田自给，也成为刘锦棠推行的政策之一，一来解决新疆的财政，二来可以驻防边疆。当然，裁军并不容易，尤其是缺乏饷银的问题，没有钱给安抚费，裁军也难以继续下去。
3：屯田与税收的推进。想要发展好和稳固新疆，那就得发展农业。毕竟百姓居多，他们活不下去，就会引起各种问题，从而影响新疆的稳定。在遭受到阿古柏势力的破坏之后，重新在新疆推行屯田政策势在必行。在建省前，刘锦棠对新疆的屯田就有了详细计划。建省后，他就实施民屯，让新疆百姓尽快走出战争的影响，恢复正常的生产。他和布政使魏光焘一起制定了《民屯章程》，并且推行下去。
为了鼓励百姓开垦荒地，《民屯章程》规定：两人为一户，拨予上等地60亩，每户获得一两八钱买盐菜，14两用于修缮房屋和购置农具；24两购买耕牛2只，3石粮籽；每月还获得90斤口粮面，折合银两共计73两多。
而刘锦棠还设置：以10户派1名屯长，50户派1名屯正，每5名屯正，再派1名当地官员管理。在互相监督下，他们也不敢轻易敷衍。不仅如此，刘锦棠还规定，前两年的赋税全免，第三年减半税，第四年才恢复全额征收。这些政策对农民产生很好的效果。
综合上述，刘锦棠在恢复新疆时，所采取的政策，对新疆产生巨大的影响。而刘锦棠的能力，也非常的强。不管是带兵打仗，还是治理能力，他都有很强的手段和影响力。这也是左宗棠，极力推荐他接替新疆事务的重要原因，毕竟作为自己的手下，能力如何，左宗棠还是有所了解的。