在花椒树生长周期中，各器官部位都在不断变化和成长，从花芽分化到开花结果，从根系到枝叶，通过了解它们的相互联系和区别，能更深刻形象地知道花椒树各阶段需要什么缺乏什么，就能够抓住养分规律，及时管理（修剪、施肥、松土等）完成增产，收获高品质青花椒。
一、根
青花椒为浅根系作物，根系垂直分布较浅，水平分布范围广，其主要生理功能是固定植株，并从土壤中吸收水分和矿质和各种营养，根系在土壤中的分布状况及活力一定程度上影响树冠大小、枝量和产量，花椒根系的水平分布一般为树冠冠幅的1～1.5倍，而垂直分布小于树冠高度，主根不发达，侧根较为发达，分布区间在0～70cm之间，而吸收根集中分布在0～50cm之间。
青花椒一年有3次生长高峰：第一次是开春时，土壤解冻后随着地上部新梢的生长和开花结果，根系生长逐渐变慢；第二次是在4~5月，随着气温升高，雨水增多，根系生长速度加快，树体营养物质增多，也是果实加速生长期，随叶片光合功能增强也给根系生长提供了能量；第三次是在7月份采果修剪后，随着施肥、清园等工作的开展，新梢生长、枝叶光合作用增强，根系生长加快。这三个时期的管理，直接决定着花椒树旺盛还是衰弱。且地下部分根系生长的高峰时期和枝叶生长的高峰时期成一定互补关系，我们在这三个阶段要做好松土、水肥等管理。
二、芽
花椒树的芽是发枝生叶形成营养器官和开花结果的基础。花椒树的芽为混合型芽，无花芽与叶芽明显之分。幼龄花椒树生长旺盛的一年生枝上多为叶芽；结果期的花椒树依芽的生理状态分为潜伏芽（隐芽、休眠芽）和营养芽（活动芽），按性质可分为叶芽、花芽（混合芽）；按位置分为顶芽、腋芽；按附着及萌发情况分为主芽与副芽。分化完成的叶芽呈棱形，今后发育成枝梢。花芽，芽体饱满，呈椭圆形。
三、枝条
花椒的枝条按其特性可分为发育枝、徒长枝、结果枝及结果母枝四大类。
发育枝，营养芽发育而成，当年生长健壮，其上可形成花芽，成为结果母枝：发育枝是扩大树冠和形成结果枝的基础，也是树体营养物质合成的主要场所。有长（30cm以上）、中（15~30cm）、短枝（小于15cm）之分，初果期发育枝多为长中枝，盛果期为短枝且量少。
徒长枝，多年生枝皮内潜伏芽在枝干折断、受到回缩刺激或树势衰老而成，生长旺盛，直立粗壮。大多着生在树冠内膛和树干基部，生长速度快，组织不充实，消耗养分多又不易结果，一般徒长枝在结果盛期及以前都会进行剪除，在衰老期更新树冠时会选择改造成结果枝组进行利用。
结果枝，混合芽萌发而成、着生果穗的枝条，分为长（5cm以上）、（2~5cm）、短（小于2cm中）果枝，结果能力强弱与枝条粗细和长短有关呈正相关，结果枝的数量因品种、树龄、立地条件和栽培管理技术水平不同而异。值得注意的是，在花芽分化时期若营养生长过旺将抑制生殖生长，混合芽会长成叶芽，而不长成花芽，结果枝也将转化成发育枝。
结果母枝,着生结果枝的枝条称为结果母枝，结果初期，结果母枝主要是由中庸健壮的发育枝转化而来，盛果期及其以后，主要是由生长健壮的结果枝转化而来。
结果枝一年中春季气温稳定通过在10℃时枝条开始生长，结果枝一年中只有1次生长高峰时期，一般出现在3下旬到4月下旬，长度2~15cm。发育枝和徒长枝在一年中生长时间较长，生长量大，并出现2次生长高峰。第一次生长高峰一般出现在4月中旬至5月中下旬，第二次生长高峰一般出现在6月下旬至8月上旬。
四、花芽分化
花芽分化是指混合芽在树体内有适宜的养分,在外界环境的刺激下,向花芽转化的全过程。青花椒花芽分化一般在2月中旬至3月上旬结束,花芽分化是开花结果的基础,花芽分化的数量和质量直接影响到来年的产量。
花椒的花芽分化需要一定数量和多种营养物质的积累才能够实现。花椒在各阶段施肥上要考虑元素的合理调配，抽发新梢时施用高氮的复合肥，后期使用平衡肥或高氮高钾的复合肥，并适度补充有机肥。在花芽分化期还要注重叶面肥的补充（高磷、高钾以及钙、锌、镁等元素）。做好合理负载、平衡营养、选择光照条件好的园地,保持树冠的通风透光条件,是促进花芽分化的主要途径。
五、开花结果
通过冬季休眠期后，当春季平均气温稳定在6℃以上时，花芽开始萌动，后抽生出结果枝，枝上第一复叶展开后，花序逐渐显露，并随结果枝地生长而伸展，花序一般3~8cm长，着生50~200朵花蕾。花序伸展完成后1~2天花蕾开始绽放。一般4月上旬开始开花，花房显露到初花期一般经历8~10天。影响开花坐果的因素除树体自然营养物质的积累量、激素比例外，外界因素主要有树势强弱、自然灾害、修剪尺度等都会引起落花落果。
六、果实发育
一般在完全谢花后15~25ｄ进入果实膨大期，影响花椒单株产量、粒重、品质；谢花后40~55ｄ进入果实着色成熟期，影响花椒品质（果皮增厚和种仁充实）及色泽、油胞、香气发育积累过程。