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1920年8月11日，桂系以军政府名义下达了进攻福建的总动员令，兵分三路，桂军刘志陆为中路司令，浙军吕公望为右路司令，靖国军方声涛为左路司令，沈鸿英为总司令，林葆怿率领海军前往诏安配合作战。
陈炯明被桂军挤兑到福建后，增兵10营，兵力增至2万余人，编成2个军，陈烔明任第一军军长，兼总指挥，驻漳州。许崇智任第二军军长，驻永安。
桂军马济、林虎、沈鸿英、刘志陆和刘达庆等桂军，游击军申葆藩、邓文辉二部，另有李根源的滇军，粤军附桂的魏帮平，李褔林二部，海军林葆怿部，计9万余人，号称10万之众。
这样一来，陈炯明才感到事态严重，认识到自己的存在是桂系所不能容忍的。因此，被迫决心回粤，同时和闽军李厚基部连结一气，全力合作。
1、粤军的返粤之战
8月12日，陈炯明在漳州公园誓师，兵分左右中三路回粤：
以第一军之一部任左翼，由邓铿指挥，与中路军会合，共同肃清韩江下游，以完全占领丰顺、潮安、汕头为目的，以破惠州为最后目标；以第二军全部任右翼，由许崇智指挥，从永定、上杭、武平进攻大埔、松口、蕉岭、平远，负责肃清韩江上游，以占领梅县、兴宁为目的；以第一军之一部任中路，由小溪、平和进攻饶平、平原，而出商陂，由叶举指挥。
同时，邹鲁、姚雨平等以义勇军名义在潮汕应援，运动刘志陆的亲信饶光、吴兼柔为内应。粤军只留四营在后方，所遗闽南各地尽由李厚基派军前来接收。
粤军远戍福建已经两年，饱受桂军欺凌，因此人人思归。当回师命令颁下后，全军振奋，士气高昂，无不以光复家乡驱逐桂军为己志。而桂军则不同，虽然兵力越扩越多，在西南地区兵力最为雄厚，但由于驻粤多年，搜刮自肥，情形如同张敬尧在湘，军纪废弛，因此作战能力大为下降，在犹如猛虎一般的粤军面前，毫无抵挡能力。
8月16日，粤桂战争正式开始。18日，粤军以破竹之势进占潮安，潮汕交通被拦腰切断。9日粤军攻克大埔、潮州、梅县。在桂军兵败如山倒的情况下，方声涛部滇军不战而退，已抵汕头的林葆怿观望不前，吕公望部浙军也按兵不动。20日，汕头发生兵变，莫荣新的义子刘志陆弃城逃走，粤军遂即攻克汕头。
21日，陈炯明抵达汕头誓师。孙中山特电嘉慰：
“粤军分路进攻，所向大捷，连得名城险要，使敌闻风而溃。…捷报传来，欣喜无量，由此绥定百粤，预祝最大之成功。”
同月底，孙中山又电促邓铿、陈炯明于桂军惊骇震荡之际，以迅雷不及掩耳之势疾攻惠州，并相机接济赣军赖世璜部。
粤军占领潮汕后，继续兵分两路，乘胜疾进。右翼由梅县、长乐、兴宁进古龙川、河源；左翼由揭阳、普宁、惠来攻海陆丰。桂军守卫龙川、河源一线的是刘达成部，守卫惠州的是卓廷贵部，马济也以西江总指挥的身份率兵入驻惠州。
从8月下旬起，莫荣新把所有能调集的军队都调到东江进行垂死挣扎，双方在揭阳、陆丰、海丰、紫金、兴宁一带展开了拉锯战。
9月上旬桂军落败，粤车再克河源、陆丰、海丰，前锋直抵惠州城下。
与此同时，粤军义勇军总司令邹鲁发表檄文，声讨桂系：“窃维复辟乃共和巨敌，盗贼实民国大仇。岑春煊、陆荣廷、莫荣新等，始则为殃民误国之官僚。”表示要“与国民共约义师，除去逆贼”。
2、粤军占领广州
9月6日，虎门要塞守军在朱执信等人的策动下宣布独立。
后因降兵与邓铿部发生冲突，朱执信于9月21日冒险入虎门调解，为降兵所杀，年仅36岁。中国资产阶级的著名理论家就这样以身殉义，献出了年轻的生命。此时的桂军，四面皆敌，除正面进攻的粤军外，湖南郴州一带的朱培德、杨益谦部滇军也在湘粤边境跃跃欲试。
在广东内部，黄明堂、陈继虞、周之贞、王鸣亚、胡文灿、李天德、梅萼等统领的各地民军纷纷起义，西江、北江、琼崖等处落入义军之手，陈自先集兵十八营，并继续扩大收编，向高、雷方面桂军进逼。
而广东实力派广州警察厅长魏邦平、广惠镇守使李福林也于9月27日在广州对岸河南宣布独立，所有内河兵舰及广三铁路均为收复。驻扎江门警卫军司令陈德春也和魏、李二人一致行动，切断了桂军的交通。
魏邦平和李福林的独立，动摇了广州的桂系，而海军也逼桂系的粤督莫荣新离粤。莫荣新不得已采用缓兵之计，同意撤出广州，但要求支付200万元开拔费。民众团体为此与之谈判，而莫却毫无诚意，谈判没有结果。
粤军入粤后，本可一鼓而定大局，但因政治因素复杂，反而胶着不前。为了打破这种胶着状态，孙中山一方面坚定陈炯明的信心，建议他声东击西，使惠州不攻自破；另一方面策动滇、川、湘、黔各地军队围攻桂军。
为此他“函电交驰”，鼓动驻川滇军第二军军长赵又新、川军吕一峰及唐绍仪、谭延闿等环攻广西，以使桂系腹背受敌，更加孤立。
在孙中山的策动下，粤军又恢复了此前势如破竹的战斗精神。
10月21日，粤军第二军进至黄麻陂，粤军熊略部占领横沥，邓铿部进至家公岭与和平山的左翼军联络。合围后，粤军于22日一举攻克惠州城。江门警卫军和高、雷、钦、廉、琼各处民军四起应援，东江桂军进退失据，广州桂军又陷于被围攻之中。
10月23日，陈炯明在惠州召开军事会议，制订了总攻广州的计划；以左翼军扫除增城的桂军，向龙门埔前进，进攻广州的西北；以中路军沿广九路右方攻击前进，集中龙眼洞，担任东面攻击；以右翼军扫除东莞的桂军，沿广九路左方前进，攻击广州东南。
10月24日，桂系见大势已去，竟由岑春煊、陆荣廷、林葆怿、温宗尧四人以四总裁名义宣布撤销军政府。两天后，莫荣新也宣布广东取消自主，公然向北洋政府投降。随后，李根源、岑春煊、莫荣新、马济等先后从广州狼狈逃走，27日，粤军进入广州。
北洋政府因岑、陆等宣布投降，遂于10月31日宣布“南北和平统一”，令曰：
“深维政治之刷新，必谋国家之统一，务期导扬文治。…和平、统一、善后各端，亟待次第实施。”
11月4日，又成立“统一善后委员会”。
但西南各省动荡，孙中山与唐绍仪、伍廷芳、唐继尧联电声明：
最近粤军回粤，岑、莫败亡，乃于相率逃窜之余，竟为取消自主之说，初不意北方遽引为口实，遂有伪统一的宣言。似此举动，过于滑稽可笑，形同儿戏。惟察北方用意，思以统一借取外债，延长命脉。此等宣言，我等决不承认。
并正式宣言军政府依然存在，西南护法，非为个人权利，北方如果有谋和诚意，唯有在和会中谋取解决途径。次日，陈炯明通电否认广东取消自主。
3、粤桂战争的影响
11月3日，孙中山在上海的军政府办事处下令任命“陈炯明为广东省长兼粤军总司令，管理广东军务，全省所属陆海军均归节制”，裁撤广东督军一职。
11月5日，孙氏提出五项办法以抵制北洋政府的“统一令”：
①通告外交团，如中央假名统一，押借巨款，西南誓不承认；②四总裁各派干员一人赴粤，考察现状，以定进行；③顺从新潮流，废除广东督军，军事归各司令责任；④桂系新挫，势力大衰，宜电各军进攻桂梧，永绝后患；⑤军政府之名义与尊严，须继续维护。
10日，陈炯明通电就职。
11月22日，孙中山在上海家中举行会议。会上，孙中山、唐绍仪、伍廷芳三人决定偕同到广州重组军政府。25日三人从沪动身，28日到达广州。次日通电召开军政府第一次政务会议，以广州观音山旧督署为军政府所在地。唐绍仪嫌府址不够壮丽华美，乃移住亚洲酒店，伍廷芳驻府内，孙中山下榻粤秀楼，这为后来“陈炯明炮轰粤秀楼”埋下了伏笔。
12月1日，军政府公布各部部长名单，孙中山兼内务部长，财政部长唐绍仪，交通部长唐继尧（王伯群代)，陆军部长陈炯明，外交部长伍廷芳，司法部长徐谦，参谋部长李烈钧（蒋尊簋代），秘书厅长马君武，海军总长汤廷光。
粤桂战争以粤胜桂败而告终，其原因除了孙中山的指导，粤军士气高昂等因素外，一个最重要的原因是桂系内部不团结和军纪涣散，致民愤极大。
当时莫荣新与沈鸿英、马济之间存在着矛盾，因此在战争过程中互不为援。而桂军在广东驻扎时，骚扰抢劫，作恶多端，民愤极大。
当时广东流传着-首歌谣：
“叮嘱叮，叮嘱我郎去当兵！快些赶走广西佬，快些去打陆荣廷。”
桂军中有三黄：黄业兴、黄任寰、黄定华，素称能战，人们骂他们为药铺里的三黄散。可见人们对桂军的痛恨。
难怪黄绍闳说：“与其说桂军是粤军打败的，毋宁说是广东人民打败的。”
4、倒熊计划的失败
与粤桂战争几乎同时，四川又爆发了一场川、滇、黔军之间的混战。
1917年护法战争期间，熊克武在战胜刘存厚进入成都后，借督军职位，控制成都兵工厂、造币厂和自流井盐款，在军事上积极扩充实力，在政治上主张地方分权，以“联省自治”相号召，割据称雄，在四川打开了局面。此后，他不愿再俯仰随人，对孙中山、唐绍仪表面上虚与应付，实则有利害不同的分歧，于是，既见忌于唐，更为孙所不满。
而滇系唐继尧在护国战争之后，即把四川视为自己的势力范围，“使自己成为独霸川、滇、黔三省的‘西南王’”，因此对熊在四川坐大也极为不满。贵州督军刘显世则因贵州地瘠民贫，想宰割四川一隅之地以养兵，所以也追随唐继尧之后亦步亦趋。在共同利益驱使下，1920年3月17日，孙中山致电唐继尧，正式提出双方联合反对熊克武，从而产生了倒熊计划。
唐继尧以靖国联军总司令名义驻节重庆，召集川、滇、黔、豫、鄂联军会议，主张将四川兵工厂及盐款厘税统归联军总司令部在渝所特设的机构主持办理。此议为熊克武力拒，不终会而去。这一主张后来拟成书面文字，让黔军总司令王文华亲自拿去征询熊的意见，熊也拒绝签字。川、滇、黔交恶，矛盾日趋表面化。
1920年春，唐继尧委任吕超为川、滇、黔联军副总司令，并在孙中山的催促下组织倒熊同盟。参加这个同盟的有川军吕超、刘湘、石青阳、颜德基等。
倒熊同盟调动三路人马进攻：北路卢师谛、石青阳等西进，吕超部由绵阳南下与之会师以攻成都的北面；顾品珍、赵又新统率滇军由资州北上以攻成都的南面；刘湘会合王文华、黄复生等部在川东一带进攻余际唐的江防军。
熊克武见势不妙，被迫于4月17日宣布辞职，倒熊计划初步成功。
熊克武下台后积极活动，先后从倒熊同盟中拉出了吕超、刘湘等人，与自己合作，从而由绝对劣势转为绝对优势。因此他于5月4日又宣布复职，准备以武力驱逐滇、黔军。
从5月到10月，同盟军与熊军在川东、川南等战场展开了厮杀，双方互有胜负。但此后由于顾品珍的态度转变，战场形势发生巨变。滇军大将顾品珍由于和政学系关系密切，因此对唐继尧用兵四川以及因驻粤滇军问题与广东军政府失和十分不满，暗中与熊克武订立了秘密同盟。
所以，当熊军发动进攻时，他不作抵抗，而是图谋一步步地从四川退回云南，然后发动政变，取唐继尧的地位而代之。10月2日，顾发出通电，主张唐撤回滇军，唐在四川完全失败。
10月中旬，滇军、黔军纷纷从四川撤走，国民党议员175人也乘轮逃离，熊军攻占重庆等地，至此，四川全省已没有外省军队的踪迹，去熊计划完全失败。
5、湖南的倒谭运动
黔军返回贵州后，黔军总司令王文华策划了推翻贵州督军兼省长刘显世的活动。11月，王的妹夫何应钦与谷正伦率部进入贵阳，刘被迫辞职。而滇军撤出四川后，在第一军军长顾品珍率领下，也倒戈相向，进军昆明，使唐继尧于1921年2月辞职，出走香港。
这一时期，孙中山虽然取得了驱桂出粤战争的胜利，但他的各项计划并没有完全实现。他不仅在四川没有取得成功，而且他企图利用程潜势力打开湖南局面，推翻湘系谭延闿，为下一步进入广西讨桂、灭桂奠定良好基础的打算也因赵恒惕消灭程派势力而破灭。
湘军驱张成功后，谭延闿仍然死死抓住督军、省长、总司令三颗大印不愿放手。他依靠的是元勋派、马嘶团。
元勋派是与谭共进退的、吃过八年苦的人物，马嘶团因衡阳的马嘶巷而取名，有“马头”、“马身”、“马肾”、“马尾”、“马蹄”称号。这些人占居高位，把持政权，排斥异己，引起湘军的普遍不满。当时在湘存在着三大势力，除谭延闿外，一是赵恒惕部，一是程潜派系中的廖家栋、李仲麟部。赵恒惕是湘军第一师师长，势力极大，他对谭把持湘政十分不满，心存取而代之的图谋。
谭与孙中山产生矛盾的原因有二：“一是谭主张联省自治；二是谭拒绝讨桂”。
这两点都是孙中山所不能接受的，因此，孙中山果敢地采取行动，以推翻谭延闿在湖南的统治。
1920年10月上旬，湘西忽然发生了以国民党为背景的军事叛变，林修梅自称湘西靖国军总司令，要求假道援粤讨桂。事情发生后，谭延闿电请孙中山召回林修梅，孙中山则劝谭与林采取一致行动，共同讨伐“桂贼”。
10月15日，林军进攻常澧，大获全胜，谭急调第一师第一旅旅长宋鹤庚带兵前往应援守军，到11月2日，先后攻下慈利、桑植、大庸，湘西问题才得以解决。
但事情并没就此结束。11月13日，属于程潜派系的廖家栋、李仲麟部利用林修梅事件的机会，在平江发动了士兵闹饷戕杀谭延闿的心腹萧昌炽的事变，李仲麟是兵变的主谋者和策动者。事变发生后，李仲麟与变兵推举的第十二区司令于应祥联合起来，以“除宵小，清君侧”为借口，进兵长沙，与第二旅里应外合迫谭下台。
在此情况下，谭不得不于11月24日宣布辞去省长和湘军总司令等职。次日，赵恒惕出任总司令，后林支宇任省长。
6、重组军政府所面临的困境
11月29日，广东国民党控制的军政府召开第一次政务会议，第一个议案就是任命赵恒惕为湘军总司令，林支宇为省长，并且盼望湖南出兵讨桂。
然而，赵上台后，不仅没有念及程派军人、国民党的助力之情，反而与桂系合作，拿程派军人开刀。12月24日，赵诱杀李仲麟及第四团团长瞿维臧等8人，并将首级悬于电杆上。从此，程派将领全部被消灭，而赵与国民党军政府的关系极端恶化。
孙中山重组军政府后，面临着比上届军政府更为严峻的形势。
当时的困难所在，有以下几个方面：
(1)北洋政府因桂系通电宣布撤销军政府和取消广东自主而大言不惭地宣布全国已经统一。而南方地区的滇、黔、川、湘四省军人为割据自保又纷纷宣布自治，不承认南北政府，局外中立，所以军政府下辖的只有广东一省。
(2)军政府的四位总裁，唐绍仪与孙中山意见有异，唐继尧也被顾品珍赶下了台，主持军政府的只有孙中山和伍廷芳。加之上届军政府因桂系的胡作非为而已经声名狼藉，“军政府”三字在民众中不复有威信。
(3)陈炯明掌握了广东军政大权后，自以为羽翼丰满，对孙中山根本不放在眼中，并视军政府及国民党为眼中钉，公然于1920年11月2日宣言：广东财政支出，难于担负国会经费，故军政府应设在上海。反对孙中山南下广东。
(4)外交团在美国政府的策划下，悍然以军政府权限仅及广东一省不能代表西南为借口，停止将关税余款的13%交付军政府，竟将代为保管应付于军政府的关税余款250余万划归北洋政府，使军政府在财政上十分拮据。
以上这些困难，使孙中山认识到，只有成立正式政府，才能名正言顺，控制陈炯明，不再受帝国主义列强的欺负，争得对内外的合法代表权。
1921年元旦，孙中山在军政府发表演说，表示护法不能解决问题，希望国会议员南下广东开会，组织一正式政府，作为对内外的总机关，对国际上明白昭示，必须北伐以统一全国，因为北洋政府既不合法，又不孚民望。
孙的这一主张发表后，得到了海外华侨、社会贤达、一批国会议员及军界实力派分子许崇智、邓铿等的支持，但也遭到陈炯明、唐继尧、赵恒惕等人的反对，此议遂被搁置不行。
为了打破僵局，表明自己的严正立场，孙中山于4月4日宴请在广州的国会议员，正式要求国会从速选举总统，“如果国会不肯同意，他就一走了之”。
在孙的坚持下，广州的非常国会参众两院于4月7日在广州联合举行会议，议员出席220余人，由参议院议长林森主持，首先通过了高镇圭改开非常会议的动议，在非常会议中，讨论周震麟所提的“中华民国政府组织大纲”。接着丁蹇动议续开二读会，照组织大纲原案七条通过。
4月10日，广州非常国会依组织大纲第二条选举大总统，除废票一张和投陈炯明的3票外，孙中山以218票当选非常大总统。
同日，非常国会通告全国，孙中山当选为非常大总统。
5月5日，孙中山在广州就任非常大总统，于是军政府撤销。
孙中山就任大总统后，发表对内外宣言，以地方自治、和平统一、开放门户、发展实业等昭告中外。
并发布人事命令：
外交部长伍廷芳，次长伍朝枢；财政部长唐绍仪，次长廖仲恺；陆军部长陈炯明；内政部长陈炯明；海军部长汤廷光；参谋部长李烈钧；秘书长马君武；总参议兼文官长胡汉民；政治部长胡汉民。
此外，孙还任命居正为参议，兼理国民党本部事务。广州中华民国政府的正式成立，标志着长达4年之久的军政府宣告失败。
（正文完）
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