明朝仁、宣时期，内阁制度也确立起来。阁职渐崇。这有个发展过程。朱元璋自废除丞相制后，六部直接向皇帝负责，皇权空前加强，全国政务最后都丛集到他身上。朱元璋即使“昧爽临朝，日宴忘餐”，整天批答处理章奏，也还是忙不过来。而当遇到重大问题时，又无处商量讨论，朱元璋已感到“密勿论思，不可无人”。
于是在洪武十三年(1390年)九月置“四辅官”，户部尚书范敏荐耆儒王本、杜佑、龚敩、赵民望、吴源等任之。四辅官的任务是“协赞政事”，“刑官议狱，四辅官及谏院复核奏行，有疑谳，四辅官封驳”。但“诸人皆老儒，起田家，惇朴无他长”，不能胜任其职，不久相继致仕。继任的安然，虽“练达庶务”，但在洪武十四年(1381年)八月病死，以后就废罢不设。四辅官的设置虽只一年左右，但它说明了朱元璋这个独裁皇帝也需要有人“协赞政事”。
洪武十五年(1382年)，朱元璋仿效宋朝的制度，“置殿阁大学士以备顾问”，以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士，检讨吴伯宗为武英殿大学士，典籍吴沈为东阁大学士。又置文华殿大学士，征耆儒鲍恂余铨等为之，辅导太子，秩皆五品。这就是后来内阁制的最早雏形。不过朱元璋“克勤不怠”，重大政务皆“自操威柄”，直到病重弥留之际，仍“临朝决事如故”，因此，这些大学士对国家事务“鲜所参决”，只备顾问而已。
明代内阁制度的基本形成，是在明成祖朱棣时期。朱棣当上了皇帝以后，即命侍读解缙、胡广，编修黄淮，修撰杨荣，编修杨士奇，检讨金幼孜、胡俨，“并直文渊阁，预机务。内阁预机务自此始”。从此以后，阁臣的设置成为常制，成为一个稳定的官僚机构，并且明确规定其职责是“参预机务”。所以从职责和名称来看，明朝的内阁制度，这时已基本形成。
但当时阁臣的阶秩不高，“各赐五品服”，是中级官员。“其时入阁者，皆编、检、讲、读之官，不置官属，不得专制诸司，诸司奏事，亦不得相关白”。尽管阁臣与皇帝“朝夕左右”，“机密重务悉预闻”，朱棣也曾鼓励解缙等人说：“代言之司，机密所系，且旦夕侍朕，裨益不在尚书下也。”但实际上阁臣的权位远远不及尚书，尤其当时的吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉，“军国事皆倚办”，“称股肱之任”。蹇义在永乐朝，“数奉命兼理他部事，职务填委，处之裕如”。“(夏)原吉虽居户部，国家大事，辄令详议”。
永乐七年(1409年)，朱棣北巡，命夏原吉“兼摄行在礼部、兵部、都察院事”。八年，命夏原吉“辅太孙留守北京，总行在九卿事。阁臣虽得参预机务，但他们的权力却受到种种限制。他们的建言行事，即使得到皇帝的赞许，在推行中也还会有顾忌。如永乐十七年(1384年)十一月，“学士杨荣疏陈十事，皆指斥府、部、法司积弊。上览之，密谕荣曰：卿言甚当。但侍臣腹心之臣，若进此言，恐群臣相猜疑，不若使御史言之。于是御史邓真疏入奏，众皆请罪，诏诸司即日悛改，怙终者不赦”。所以从这些来看，内阁其实有很大的隐患。