十年寒窗，一登龙门，从一介寒士变为一个官僚，对于张居正而言，意味着远大的前程正在向他招手。但是，今后的路并不是一帆风顺的。官场充满了钩心斗角的纷争，仕途是坎坷曲折的。即使像张居正那样的铁腕人物，也会丧失自信，打退堂鼓，既出乎意料，也在情理之中。
在担任翰林院编修五年之后，即嘉靖三十三年（1554），他以健康不佳为理由，辞职回乡。这对于从不言败的张居正而言，无疑是一件咄咄怪事，需要细细地分析。回家休养身体，固然是一个理由，但这个理由太不充分。真正的理由是他对于政坛高层的权力争斗感到彷徨，无所适从，不如跳出圈子，图个清静。这完全不像张居正的性格，他后来身处权力中心，纵横捭阖，得心应手地玩弄权术，与此形成强烈的反差。
五年之前，他第一次表露自己的治国理念。嘉靖二十八年（1549），他向皇帝呈上了一份奏疏——《论时政疏》。这份奏疏指出了朝廷政治的病症，关键在于皇帝沉迷于道教，不理朝政，拒绝大臣的批评，导致政局日趋紊乱。具体表现在五个方面：宗室藩王骄纵恣肆，官吏荒废本职工作，吏治因循腐败，边防武备废弛，财政连年赤字。应该说，这些批评都是抓到要害的。为了使得皇帝能够接受这些意见，他语重心长地说：臣听说英明的君主不会憎恶臣下言辞危切的进谏，因而在青史留名；仁人志士不回避杀身之祸而向皇帝直言进谏，使得国事避免失误，因而功勋流芳百世。
然而，刚愎自用的嘉靖皇帝最不喜欢臣下向他谏诤，听不得批评意见，小小的翰林院编修的奏疏当然不被他放在眼里。张居正满怀希望的进谏，一如石沉大海，毫无回音。这令他感到伤心，对朝政感到失望，这恐怕是促使他辞职回乡的一个原因吧！
但是，还有更加震撼的事件发生，促使他断然下定决心，暂时离开这个是非之地。那就是内阁首辅夏言被处死事件，这毫无疑问是政坛大地震，是当时最具震撼力的爆炸性新闻。
夏言是嘉靖时期政坛高层一个颇为引人注目的大臣，有才干，有抱负，但为人锋芒毕露，行事无所顾忌，遭到他的内阁同僚、江西同乡严嵩诬陷，被皇帝处死，堪称当时震惊朝野的政治悲剧。以内阁首辅的显赫官阶，被绑赴西市斩首，实在是明朝建立以后罕见的反常现象。类似的事例只有到明朝临近灭亡的崇祯时期才又再现，内阁首辅薛国观、周延儒被皇帝“赐自缢”——遵命上吊自杀。然而这是秘密处死，至少还顾及死者的面子，与夏言的公开绑赴刑场处死，不可同日而语；何况薛国观、周延儒之流人品卑劣，咎由自取，无法与夏言相比拟。毫无疑问，这是一幕令人感叹的悲剧。
造成夏言悲剧的原因，无非是两个方面：一是受到政敌严嵩的排挤与诬陷；二是他本身对于朝廷“潜规则”的忽视，失宠于皇帝。
夏言于正德十二年（1517）进士及第，担任兵科给事中时，遵照内阁首辅杨廷和的指示，清查北直隶皇帝国戚霸占民田的劣迹，与贵族、宦官正面较量，这种无所畏惧的政治品格，被舆论界传为美谈。不久，他以礼部尚书兼翰林院掌院学士的身份，进入内阁，协助内阁首辅李时处理内阁事务。李时病故后，他升任首辅。
看来，夏言的仕途可谓一帆风顺，又深得嘉靖皇帝的信任，使他有点得意忘形。正是出于这种心态，他用一种居高临下的姿态对待同僚，而又缺少城府，即使对待像严嵩这样厉害的角色，也是如此。这就为日后的悲剧埋下了祸根。
严嵩虽然比夏言进入内阁晚六年，却比夏言早十二年得中进士，资历不浅，时时都在觊觎内阁首辅的位置。夏言对此浑然不觉，始终以内阁首辅的身份，把同在内阁的严嵩看作下属，颇有一点颐指气使的样子。别看严嵩日后专擅朝政时不可一世，当时在夏言面前却是一副别样的面孔，甘愿放下身段，以下级对待上级的恭敬态度，阿谀奉迎，唯唯诺诺。沈德符《万历野获编》谈到这一情节，有一个极妙的比喻：“如子之奉严君”——好像儿子侍奉严厉的父亲那样。夏言从内心瞧不起严嵩，常常在公开场合对他冷嘲热讽，严嵩不但不生气，反而更加恭敬如仪。为了讨好夏言，严嵩亲自拜访夏府，向夏言下跪，递上宴会请柬，请夏言赏光。
夏言丝毫没有察觉严嵩的阴谋，安之若素。更要命的是，夏言日渐流露出对皇帝的不满情绪，而这一点恰恰被老奸巨猾的严嵩抓住了。
嘉靖皇帝沉迷于道教玄修，一心只想得道成仙，不喜欢穿龙袍、戴皇冠，索性身穿道袍，头戴香叶冠，把自己打扮成道士模样。不仅如此，他还要求大臣们也和他一样打扮，头戴道冠，身穿道服，脚着道靴，出现在朝堂之上。善于阿谀奉承的严嵩百分之一百地照办；耿直而迂执的夏言以为此举有失朝廷体统，拒不执行，一如既往地身穿朝服，出现在朝堂，与周围的同僚显得格格不入。刚愎自用的皇帝十分不满，以为这是夏言对他的“欺谤”。从此对他表示厌恶，对严嵩日益宠信。
一直在窥测时机的严嵩，趁机出手，利用陕西总督曾铣提出收复河套地区的建议，宣称幕后指使人是夏言，陷害夏言和曾铣。此举正中皇帝下怀，他早已对夏言屡屡违背圣旨有所不满。接到严嵩的奏疏，皇帝立即下达圣旨：处死夏言、曾铣。
夏言死得很惨，堂堂内阁首辅居然被绑赴西市斩首示众，这种令人难以置信的事件，对于朝野的震撼力是难以形容的。身在朝中的张居正第一次领略到官场权力争斗的险恶，人微言轻的他只是一个旁观者，似乎与他无关，但是政治地震的冲击波他感受到了。尤其令他难以释怀的是，正直人士受到邪恶势力的排挤打击，是非颠倒，使他深感失望。
这或许是促使他辞官回乡的又一个原因吧！
隆庆时期的内阁纷争——张居正的《陈六事疏》
隆庆元年的内阁中，首辅徐阶是元老耆宿，李春芳折节好士，郭朴、陈以勤是忠厚长者，唯独高拱最不安分，躁进又不得志于言路。他对徐阶引用门生张居正、瞒过同僚起草遗诏耿耿于怀，在外散布流言蜚语，怂恿言官弹劾徐阶，抓住子女家属的事——次子多次通路子、走后门，家人横行乡里等等，制造“倒徐”舆论。徐阶不得不向皇帝声辩，请求退休，显然是故作姿态，引起舆论的同情。果然，朝中官僚很是不满，纷纷弹劾高拱，赞誉徐阶，迫使高拱以身体有病为借口辞官而去。支持高拱的郭朴也遭言官弹劾而辞官。
但是，内阁纷争并未停息。徐阶的好景不长，不久也遭到言官的弹劾，只得请求退休。隆庆皇帝显然对于高拱的离去，以及徐阶以“国师”自居的姿态有所不满，立即同意徐阶退休，举朝官员纷纷挽留，皇帝不为所动。徐阶的离去确实有点可惜，他在嘉靖与隆庆的转折时期拨乱反正，博得了“杨廷和再世”的赞誉。但此人秉性圆滑阴柔，热衷于调停，模棱两可，与后继者高拱、张居正的雷厉风行作风相比，稍显逊色。因此他的下台，未尝不是一件好事。以目光犀利、言词直率而著称的海瑞对徐阶的评价是恰如其分的：为官清正廉洁，“不招权，不纳贿”；却过于“容悦顺从”“畏威保位”，只能算作一位“甘草阁老”。
徐阶离去，次辅李春芳进而成为内阁首辅。此公为人温和，不以势凌人，是一个四平八稳的典型官僚，抱负、才干远远不及徐阶。内阁成员大多看不起他，令李春芳这个内阁首辅日子很不好过。他常常叹息：徐公如此能耐尚且被赶走，我哪里能够长久，过一天算一天而已。
且说此时的张居正，在徐阶的提携下，官运亨通，犹如一颗新星飞快上升，已经进入了权力的最高层——内阁。《明史》的《张居正传》，对此有一段简洁明了、颇有意思的描写，好在史官的文笔还算浅显，不妨照引如下：
（徐）阶代嵩首辅，倾心委居正。世宗崩，阶草遗诏，引（居正）与共谋。寻迁礼部右侍郎兼翰林院学士。月余，与裕（王）邸故讲官陈以勤俱入阁，而居正为吏部左侍郎兼东阁大学士……加少保兼太子太保，去学士五品仅岁余。时徐阶以宿老居首辅，与李春芳皆折节礼士。居正最后入，独引相体，倨见九卿，无所延纳。间出一语辄中肯，人以是严惮之，重于他相。
仅仅一年多，张居正就从一个五品的翰林院学士，一跃而为内阁辅臣。虽然他是进入内阁最晚、资历最浅的，内阁辅臣的名单排位是这样的：徐阶、李春芳、郭朴、高拱、陈以勤、张居正。但他架子却不小，其他前辈如徐阶、李春芳等都谦虚恭敬，礼贤下士，唯独张居正摆出一副“丞相”的派头，傲慢地对待中央政府的部院官员。当然他也有自己骄傲的资本，以独到而深邃的政治眼光，不鸣则已，一鸣惊人，所说的话都能切中要害，所以官员们对他的忌惮，远远超过其他阁臣。
果然，张居正不鸣则已，一鸣惊人。
隆庆二年（1568），与李春芳、陈以勤在内阁共事时，他向皇帝呈上了很有分量的《陈六事疏》，全面阐述他的治国理念和改革思想。他在奏疏的开头，直率而深刻地指出，近来风俗人情积累而成的弊端越来越严重，到了颓靡不振的地步，已经积重难返，再不加以整改，恐怕难以使天下的耳目为之一新，人心也难以一致。为此他提出六条改革主张。
第一条是“省议论”，就是少发议论，多干实事。他的核心理念是两句话：一句是“虑之贵详，行之贵力”——考虑贵在周详，行动贵在得力；另一句是“谋在于众，断在于独”——谋划要依靠众人，决断却必须独裁。
这是针对官场的弊端而发的。他说，近年以来，朝廷内部议论太多，每每遇到一件事情，甲赞成，乙反对；即使同一个人，朝令夕改，前后背道而驰，毁誉自相矛盾，采用或者舍弃往往取决于个人的爱憎，因此政策不断变更，没有统一的法纪。地方上的总督、巡抚，下车伊始，就哇啦哇啦大发议论，给人造成颇有才华、敢于任事的假象。辞藻虽然华彩却空洞无物，无所指归。过了一阵，连他自己也早已把当初的豪言壮语忘得一干二净。
有鉴于此，他引用古代圣贤的教训，“多指乱视，多言乱听”，希望皇上引以为戒，励精图治的要点在于：“扫无用之虚词，求躬行之实效。”如果要办一件事，事先须审慎考量，务求周到停当；一旦决策已定，则当机立断，予以推行。
第二条是“振纪纲”，就是加强法纪，统一号令。核心理念是他极为推崇的法家主张——“综核名实，信赏必罚”，他提出的口号是：“法所当加，虽贵近不宥；事有所枉，虽疏贱必申。”也就是说，触犯法律，即使是高贵而亲近的人，也绝不宽恕；事情有所冤枉，即使是疏远而低贱的人，也必须为之伸冤。
这是针对近年以来政治腐败所形成的官僚主义习气，纪纲法度不严肃，官场上下都在姑息迁就，办事推诿、徇情，调停矛盾的唯一做法就是模棱两可，善于做官的不二法门就是委曲迁就。国家制订的法律，只对微贱百姓起作用；有权有势的豪强破坏法纪，竟然无可奈何。
为此，他提出的原则是：“情可顺而不可徇，法宜严而不宜猛。”希望皇上伸张法纪，整肃群臣，独揽朝纲，坚定施政；官员的赏罚升降一概秉持公道，而不必迁就私情；政教号令必须自己独断，不必为浮泛的议论而举棋不定。
第三条是“重诏令”，就是朝廷要审慎制订政令，一旦制订以后，就必须不折不扣地予以执行，做到令行禁止。近年来由于吏治败坏，对官员的考成形同虚设，朝廷的政令，被各级政府部门看作一纸具文，根本不照办，情况相当严重。张居正对此的表述是这样的：“朝廷诏旨多废格不行，抄到各部，概行停阁。或已题奉钦依，一切视为故纸，禁之不止，令之不从。至于应勘应报，奉旨行下者，各地方官尤属迟慢，有查勘一事而十数年不完者。”在他看来，这简直是匪夷所思的事情。
因此，他希望皇上指示六部、都察院等衙门，凡是大小事务，既然有明确的旨意，必须在几天之内作出答复。如果事理清楚明白，就应该据理做出决断，不得推诿给地方的巡抚、巡按去议论处理。至于交给地方政府办理的事项，也要根据轻重缓急、路程远近，严格规定期限，责令尽快报告处理结果，由中央政府有关部门设立号簿，登记注销。如果有违反期限，或者干脆不报告的官员，应予严惩；吏部要依此作为官员考成的依据。
第四条是“核名实”，就是对于官员的任用与罢免、奖赏与惩罚是否得当，关键在于“综核名实”四个字。这四个字在此的含义，无非是综合考核官员的名声和实务两个方面。这是针对人事部门的官员常常借口天下缺乏人才，为自己的失职开脱，张居正对此甚为不满。他不相信天下缺乏人才，问题在于没有“综核名实”，对人才没有精心选拔，以至于“所用非其所急，所取非其所求”。于是乎形成这样的状况：把笨牛与良马绑在一起驾车，结果两败俱伤；把优秀乐师与滥竽充数者混在一起演奏乐曲，结果良莠莫辨。
张居正提出的用人原则非常高明，不仅令当时人望尘莫及，也令现代人惊叹不已。请看他的原话：“用舍进退，一以功实为准。毋徒眩于声名，毋尽拘于资格，毋摇之以誉毁，毋杂之以爱憎，毋以一事概其平生，毋以一眚掩其大节。”他的意思是说，对于一个官员的任用或罢免、提升或降职，应该以事功与实绩为唯一的衡量标准，不要被他的名声所迷惑，不要完全拘泥于资格，不要摇摆于舆论对他的赞誉或诋毁之间，不要掺杂个人喜爱或憎恶的感情，不要用一件事情来概括那个人的一生，不要用一点过失来掩盖那个人的大节。
本着这样的精神，张居正希望皇帝指示吏部，严格官员的考核制度，京官三年一次、外官六年一次考核，必须明白开具考核结果，标明“称职”“平常”“不称职”，以此来决定晋升、留用、降级、开除，而不是皆大欢喜地官复原职、滥给恩典。
第五条是“固邦本”，就是巩固国家的根本。儒家经典一向强调“民为邦本，本固邦宁”，既然人民是国家的根本，安定人民便是“固邦本”的前提。因此，他开宗明义指出：“帝王之治，欲攘外者必先安内。”安内的目的是安定人民，人民安定了，国家自然稳固，这就叫作“民安邦固”。鉴于连年出现财政入不敷出的现象，国家与人民的元气已经消耗殆尽，当此民穷财尽的紧要关头，矫枉必须过正，朝廷要带头厉行节约。凡是不紧急的工程、没有益处的征办一概停免，并且指示户部，悉心研究财政入不敷出的根源何在。
第六条是“饬武备”，就是加强国防建设。在张居正看来，当今最令人忧虑的事，莫过于边防；最值得朝廷谋划的事，莫急于边防。具体说来，北方蒙古的侵扰日甚一日，而边防事务早已废弛，已经到了刻不容缓的地步了。
这个《陈六事疏》，充分体现了张居正所深信的法治思想。他虽以儒术起家，但深知国家已经病入膏肓，用儒术不足以矫正，非用申不害、韩非的法术不可。他所提出的六条，大多切中时弊，而且切实可行，如果认真照此办理，那么朝政的改观是大有希望的。皇帝对此颇为欣赏，做出了肯定的批示“皆深切时务”，要有关部门研究并提出方案。
于是乎，都察院对“振纪纲”“重诏令”提出具体方案，兵部对“饬武备”提出具体方案，户部对“固邦本”提出具体方案，似乎可以有所动作了。
但是，内阁首辅李春芳是一个“一味甘草，二字乡愿”式的人物，只想用“甘草”来治理国家，用“乡愿”来明哲保身，《明史》说他“务以安静称帝意”，不想有所作为，更不想大动干戈。内阁次辅陈以勤，当然明白李春芳的意图，干脆不置可否。张居正的治国理念，终于没有被朝廷采纳，付诸实施。这使得张居正明白，只有自己大权在握之后，才可以施展宏大抱负。
当时的内阁首辅李春芳遭到张居正的蔑视，被认为“不足与有为”，完全是可以理解的。支大纶编撰的《世穆两朝编年史》，也认为李春芳这个人“圆滑善宦”——八面玲珑，很会做官，徐阶掌权就谄媚徐阶，高拱掌权则谄媚高拱，毫无原则立场。
不久，赵贞吉进入内阁，排位在张居正之下，却以前辈自居，直呼张居正为“张子”。每当议论朝廷政事，动不动就训斥“张子”：唉！这不是你们这帮少年辈所能理解的。
张居正对李、赵二人充满了失望与不满，暗中和司礼监太监李芳等人密谋策划，鼓动皇帝重新召用高拱入阁，并且兼任吏部尚书，来遏制赵贞吉，削夺李春芳的权力。
隆庆三年（1569）十二月，皇帝果然召回了高拱。高拱于隆庆元年（1567）五月致仕，在家乡河南新郑过了两年多的散淡生活，没有想到还有再度出山的机会，足见他在皇帝心目中印象还不错。他确实如同张居正与李芳策划的那样，再度入阁，并且兼任吏部尚书。
以高拱的资历与才干，很快大权在握。出于对徐阶的仇恨，力图全盘推翻徐阶所推行的新政，并且对已经下野回到家乡松江的徐阶打击报复，用“横行乡里”的罪名，把徐阶的三子逮捕入狱，把徐家的田产四万亩充公。然后再逐个赶走陈以勤、赵贞吉、李春芳、殷士儋，致使内阁中只剩下高拱和张居正两个人。张居正与徐阶的关系非同一般，与高拱的关系也很密切，此时此际，出于自身利害考虑，他必须与高拱默契配合。
这两个铁腕人物，能够合作共事，而不发生冲突吗？