1583年4月哈本任命哈维·米勒斯担任开罗、亚历山大港以及埃及其他邻近地区的领事。
埃及是东方商品到达欧洲的主要地区之一，东方的丝绸、香料、药物和阿拉伯的咖啡都是通过红海运到开罗和亚历山大港，再转运到欧洲，此前威尼斯和法国先后在埃及任命领事。
1583年哈本在埃及任命领事后，英国商人更加积极地参与埃及的贸易，同一年就有船只被派往亚历山大港用铅、锡和克瑟密呢交换香料和药物，同一时期的哈克卢特在《重要航海事件与英国的发现》中也对亚历山大港进行了详细的记录，1586年黎凡特公司从伊斯坦布尔派人前往埃及调查贸易状况，他们对与埃及的贸易给出了良好的评估。
1587年，一艘满载着价值40000克朗香料的英国船被一些拉古桑人从亚历山大港劫走，足见埃及诸港的贸易价值，一些英国人也在埃及的城市和港口居住。但是后来这里局势的变化超出了英国商人的想象。
很快，英国商人发现埃及的生活成本非常高，尽管有奥斯曼帝国的贸易协定，英国的商品在亚历山大港还要被征收10%的关税，而且埃及人事先获得了东方商品在奥斯曼市场的行情，只要欧洲船只一到开罗或亚历山大港，香料价格就会迅速上涨，毛纺织品作为英国出口埃及的主要商品则只有很小的市场。还有一个更大的阻碍是来自法国商人的竞争。在哈本任命哈维·米勒斯为领事之前，在埃及进行贸易的英国商人需要向法国领事寻求保护并缴纳一定的费用。
1585年哈维失踪后，英国在埃及事务陷入了无序，法国领事乘机向埃及当局指控新任命的英国驻埃及领事。之后的几年，英国商人依然受到法国领事的管理，1600年公司任命了新的领事，但是在埃及的英国商人似乎并不买账，原因在于英国商人担心此举会激怒法国人，不利于开展贸易，还有就是此时英国在埃及的贸易并不能支付领事的费用。
尽管17世纪初还有一些英国船只往来于埃及和士麦那、威尼斯，随着东印度公司的成立，埃及对英国商人的吸引力不断下降，1601—1602年从亚历山大港到伦敦的船只只有2艘。1626年威尼斯驻伊斯坦布尔的大使报告说“英国人正在从东方将香料等产品运到地中海，亚历山大港的贸易正在萎缩”。17世纪，英国试图继续任命驻埃及的领事，甚至奥斯曼帝国的大维齐也要求英国采取措施维护与埃及的贸易。查理二世要求黎凡特公司任命托马斯·本迪什为埃及领事，公司拒绝这样做。
1663年公司的一项会议重申不会在埃及任命领事，这一尝试再次失败。埃及主要向意大利、希腊、出口大量的亚麻、亚麻布、兽皮和大米，向伊斯坦布尔出口谷物，英国商人如果需要埃及的产品会设法从亚历山大港转运到里窝那，再运回国内或在其他地区销售。黎凡特公司在埃及地区的经营失败了，但是一直有个别英国商人在进行贸易。17世纪末，英国与埃及的贸易似乎有一定的发展。因为，1697年英国任命迈尔斯·弗莱伍德为领事，英国人通过亚历山大等港口进行了大量贸易，包括药品、香水、兽皮、枣、糖等，但是法国近似垄断的地位依然没有被打破。
“英国人第一次冒险进入法老的土地，但是所有的荣誉似乎都落在了法国商人头上”。尽管17世纪黎凡特公司努力维系在埃及的贸易，但是在18世纪之前，埃及及其临近地区并不是英国的主要贸易区，法国人和荷兰人才是。1583年6月哈本任命理查德·弗罗斯特为阿勒颇、大马士革、安曼、的黎波里、耶路撒冷、和巴勒斯坦等省份的领事。作为从波斯到米索不达米亚的商队的终点，阿勒颇的地位一开始就很重要。它的繁荣得益于它位于地中海与波斯湾之间的中转站，起初英国人使用的黎波里作为它的港口。东印度群岛的商品和来自地中海的地毯、呢绒和其他商品在阿勒颇汇合，来自巴格达的沙漠商队也在这里停留。
1580年，西班牙对葡萄牙的征服减少了通过好望角与东印度群岛的贸易，通过地中海东部的旧商业路线重现了生机。阿勒颇在英奥贸易中的作用与伊斯坦布尔几乎一样。英国获得贸易协定后，黎凡特公司要么每年定期将布料、铅、锡等产品运至伊斯坦布尔换取货币，然后在阿勒颇购买来自巴索拉的罗缎、虫瘿和棉花，同时与在该地贸易的波斯商人购买大量丝线，刺激了英国丝绸产业的发展。要么将商品从英国运到斯堪德伦，该地的代理人首先会确保货物的完好，再将这些商品经陆路运到阿勒颇，沿途还要提防盗贼的侵袭。1586年，阿勒颇已经成为公司的固定交易地点，1596年该地至少有14名公司的商人。
1605年威尼斯商人在阿勒颇的数量最多，而30年后，英国商人的数量已经超过威尼斯商人居于第一位。公司在阿勒颇的代理人增长到了50个左右，一直到18世纪初英国人在阿勒颇的数量都远超法国和荷兰。
从黎凡特公司的经营来看，随着对地中海贸易的了解，公司逐渐确定了贸易的发展趋势，就是集中力量发展最符合当前英国利益的伊斯坦布尔、士麦那和阿勒颇这三个城市，将贸易逐渐集中到这三个中心，为它们的航运、账目、市场等提供统一的机制，便于管理和保证利润最大化。来自的黎波里的香料与从里斯本进口到法国市场的香料竞相竞争，甚至在安特卫普——西班牙控制下的欧洲香料大商场运来的黎凡特香料也经常与来自里斯本的竞争。
当英国在1580年获得贸易协定时，他们主要从的黎波里进口了大量的东方商品。奥斯曼允许他们在的黎波里购买棉花和棉纱，这是一种被禁止出口的货物。1609年5月，一艘从出发的英国船装载了价值约15万克朗的丝绸、靛青、五倍子和棉织品。黎波里的领事馆什么时候搬到阿勒颇的不得而知。
当贸易中心转移到阿勒颇后，黎凡特公司在海岸就没有其他的机构了。一些公司成员在西顿和阿克有贸易，但都是在法国领事的保护下进行的。英国人在的港口依然在进行贸易，1700年英国和荷兰在阿克联合建立了一个副领事。1585年3月任命约翰·提普顿为阿尔及尔、突尼斯和的黎波里的领事。伊丽莎白时期的英国人由于缺乏地理知识而对巴巴里这一地区的认识较为模糊，因此“巴巴里”通常指摩洛哥王国或者远至南方几内亚的整个北非海岸。