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在论及吴桥兵变之时，有因为一只鸡引起之说，这固然是戏言，但对于吴桥兵变为何会发生，这背后的原因其实非常值得思考。
其实对于兵变原因，明朝人自己就有说法。
孔、李枭獍素习，一反也；为登土人凌蔑积恨，二反也；不愿远戍宁远，三反也。 ——艾容：《微尘阁稿》
这里说到了三个原因，一个是孔有德、李九成本人的问题；一个是不愿意去辽东作战；还有一个是辽人和当地人之间的矛盾。
这里最值得注意的是：辽人和当地人之间的矛盾问题。
由于辽东战争频发，土地大片丢失，很多辽人就被迫到内地迁徙，其中有很多人就跨海来到了山东的登州、莱州等地。但他们并不受欢迎，甚至还会遭到欺压。
崇祯元年（1628），毛文龙在奏疏中讲述了辽东难民逃往登莱之后遭受压迫的情况：
吾侪小民，当辽陷时，挈妻孥渡登，播越他乡，艰苦万状。自（杨）国栋任登（莱总兵），出令强辽人住登者，悉隶官操。富者买免，每名百金，贫者愿隶，需索顶缺，每名十八两，且逐季查补。或一家而三四编坐，或一人而前后扎诈，甚至衣食无措者。复出拿奸一令，富商被拿者，动以千金贿之乃释（中略）。吾侪逃生于彼，而受难如此，不能聊生，复投生海外。国栋实殴鱼之獭也，食其肉而寝处其皮，死亦甘心。
逃往登莱的辽人被登莱总兵杨国栋以种种理由敲诈勒索，富有者每人交200两，贫困的每名交18两，需知他们都是逃难而来，又哪有那么多银两呢？怪不得辽民对他恨之入骨。
如果只是普通的辽民受到欺凌，倒还不会引起严重的社会问题，但是一些辽东军人的到来，他们手中是有战斗力的，他们可不会完全接受遭受欺凌的事实。
那辽人是逃难到了山东，辽东军人原本在辽东作战，为何又到了山东呢？这一切还要从孙元化这里说起。
孙元化是徐光启的学生，在山河破碎的岁月里，他主动要求去前线，并逐渐受到重视。天启二年，孙元化科举落榜，但受到孙承宗的赏识，遂开始在军中崭露头角。在孙元化担任登莱巡抚之后，大力发展火炮部队，并招募了一大批人才到登莱。而对于将士的选择，孙元化认为辽军战斗力强，这是他在己巳之变中的亲身体验所得出的结论。要恢复辽土，还是须用辽人，而孙元化的得力助手王徵在崇祯帝的上疏中也是同样认为：
计莫如收集见在辽人，令善将者兵，精则其勇壮而训练之。 ——《崇祯长编》卷47，崇祯四年六月戊申
在这种思维之下，孙元化招募了不少辽军，其中就包括毛文龙被杀之后，来自于东江的毛文龙部将孔有德、耿仲明、李九成、李应元等人。
02
但这些辽东武人却与山东当地人之间的矛盾日益激烈。
孔有德原本从海路入援辽东，以风浪为由而退了回来，让孙元化大怒。照常理来讲，军队遇到风浪，这纯属意外，怪不得将士们，孙元化为何要大怒呢？因为孔有德等人根本就不愿意去救援祖大寿。后金的战力孔有德等人是很清楚的，此去只怕是凶多吉少。孙元化当然知道其中缘由，大怒之余让孔有德率领千人从陆路援辽。
孔有德率部抵达吴桥（今河北省沧州市吴桥县，当时属于山东）时，因遇大雨春雪，部队给养不足，当地很多集市都闭门不与其交易，有一士兵强取官员王象春家一只鸡，王象春家仆人遂向孔有德状告，孔有德惩罚该士兵，士兵受到处罚之后心中不服，击杀仆人，王象春之子不肯罢休，向孔有德要说法，引起了军士们不满。此时，把孙元化给的市马钱花尽的李九成正好归来，恐遭惩处，于是乘机煽动众人抢劫哗变，把孔有德绑起来，问他是否叛乱，孔有德此时哪还有选择，说半个不字那就得人头落地，兵变遂发生。
这里会有一个疑问，为何孔有德这支部队说叛变就叛变了呢？而且还仅仅是因为一些偷鸡的小事，这里面的深层次原因是辽兵与山东军民之间有着矛盾。孔有德军到吴桥的时候，天下着雪，这支部队得不到有效的补给不说，而且一些当地的集市都以闭市的方式来拒绝与其交易，可见矛盾之深。而这种矛盾早前就已经种下。
登莱两郡自辽阳之失，辽人避乱来奔者十余下万，土人多折辱之，或相残杀，辽人怨恨。 ——沈徵佺《江东志》
03
吴桥兵变看似因为一只鸡引起的，背后隐藏的却是辽民和本地军民之间的矛盾与隔阂。
首先，辽东将士，长期处于军事斗争的一线，尚武刚毅，与关内社会风气大相径庭。大批善于骑射、强悍刚毅的辽东人突然到来，自然对内地社会造成了强烈的冲击。负责在天津至山海关一带安插辽人的董应举认为，辽人入关，不能尽铲其刚劲之习气，当地人十分畏惧。
臣闻人情资身无策，不畏死亡；饥寒迫身，不顾父母。况习弓矢、便骑射，嗔目语难之辽人乎！彼自入关以来，力能南徙者，徙而南，力不能徙，又不能营生者，累累填于沟壑。今其存者，非死亡之余，即劲悍而觊为兵者也。彼能为兵亦能为盗，不有以处之，势必内讧。或乘虏入而奋其愤戾之心，或乘盗起，而与之为梗。
其次，当地人认为很多辽东人是奸细。
己巳之变时，袁崇焕所率领的关宁军到了北京城下，城上的士卒认为辽军中很多是奸细，祖大寿后来就讲述了其中的几件事。
（臣）初十日统兵入蓟，三日之内连战皆捷。又虑其逼近京师，间道飞抵左安门外札营。二十日、二十七日，沙锅、左安等门两战皆捷。城上万目共见，何敢言功！露宿城濠者半月，何敢言苦！岂料城上之人声声口口，只说辽将、辽人都是奸细，谁调你来！故意丢砖打死谢友才、李朝江、沈京玉三人，无门控诉。选锋出城砍死刘成、田汝洪、刘友贵、孙得复、张士功、张友明六人，不敢回手（中略）。众军齐言：“（中略）既说辽人是奸细，今且回去让他们厮杀。”拥臣东行。
辽军被北京城的守军认为是奸细，丢砖打死3人，又出城砍死了辽军6人，这样的情形在山东则更为严重。
明清之际，由于李永芳、佟养性、孙得功等众多辽东人降女真，进入内地的辽东人得不到信任。王在晋在提到这个问题的时候就说：
迩缘胡越一家，音闻得达。或父母在虏营，而呼子弟以取赎。或妻子在辽地，而思挈众以同奔。衣食难周，既萌偷生之想；故乡入梦，辄怀臣虏之思。既防外来之虏谋，又防内逸之奸民。招之不可，绝之不可，而臣之术又穷。
很多辽人的父母在后金，或者妻子还在辽地，最著名的当属后来的祖大寿，在松锦之战时，他的子辈和部将都在皇太极军中，这种情况下，双方暗地里少不了来往，内地人怀疑辽东武人也是原因的。
吴桥兵变发生之后，事实上是有机会实行招抚的，孔有德和孙元化都有此意，但两人虽然名义上是负责人，但实际上很多事情已经不受控制。孙元化给孔有德写信，让他不要滥杀，孔有德也确实做到了。当叛军大军到了登州城下的时候，登州城内的当地人对城内的辽人进行仇杀，不少辽人被杀。所以城内的辽军将领主动打开城门放入孔有德进城，登州也就此陷落。
公（按：孙元化）檄其（按：指孔有德等）收兵止杀，即封刃，故青莱得全。比临登城，登人故虐辽人，至兵临城，犹杀辽人不止。外攻内叛，攻三日，于壬申正（月）三日城陷。 ——《自广斋集》
入城之后，辽军又对城内进行了屠杀
孔有德等陷登州大城，次早遂陷水城（中略）。辽人在城者悉授以兵，共屠登民甚惨。 ——《崇祯长编》
事实上，局势发展到这一步，已经完全失控，招抚这条路已经被逐渐堵死。但孙元化此时仍不甘心，他在被俘获之后，仍然在期望孔有德放下武器接受朝廷的招抚，孔有德事实上也听从了他的话。孙元化入北京向崇祯帝汇报，随即被下狱。
至此，招抚之议彻底被放弃，武力剿灭成了唯一之选。后面的故事，大家都清楚了，孔有德等人就真的投降了皇太极，一直被怀疑为奸细，就干脆投了敌。