当出口代理公司采用1039市场采购贸易方式帮助企业办理出口时，操作流程和税务处理有一定的特殊性。以下是操作步骤和相关税务问题的详细说明：
一、1039市场采购贸易方式特点
海关监管代码1039指的是“市场采购贸易方式”，它允许经营者在国家认定的市场内采购小商品，并以拼箱、组货等方式出口。
主要特点
免征增值税：市场采购出口的商品享有增值税免征政策，降低了税负。
简化核销：与传统出口不同，1039模式简化了外汇核销流程，并允许多个企业共同参与收汇。
人民币与外币结算灵活：支持人民币结算，并可通过代理商或第三方结汇。
低门槛：中小商户和个体工商户也可借此模式参与外贸，促进了出口便利化。
二、税务问题
1039市场采购贸易方式在税务处理上有特殊规定，企业可以享受增值税免税政策，但需要注意以下几点：
1. 增值税问题：
免征增值税：1039市场采购贸易方式下，出口的货物享有免征增值税的优惠政策。这意味着代理公司或出口企业不需要缴纳增值税。
2. 出口退税政策：
无退税：1039市场采购贸易不同于一般贸易，它不适用出口退税政策。因为在市场采购贸易模式下，货物已经享受了免税政策，所以不再适用增值税退税。
对于采用1039方式的出口，代理公司和企业不能再申请出口退税。
3. 所得税问题：
出口代理公司在为企业代理出口过程中，收取的代理服务费或佣金属于公司正常经营收入，需要根据实际经营情况缴纳企业所得税。
企业本身通过市场采购方式出口商品所产生的利润，需按照国家规定缴纳企业所得税，但不涉及增值税部分。
4. 外汇税务合规：
出口代理公司需要确保外汇结算的合规性，确保所有外汇收款通过正规渠道进行。所有涉及外汇的交易需要符合中国外汇管理条例，并在税务部门备案。
三、需要注意的事项
1. 出口代理备案：
出口代理公司必须在当地商务部门备案为外贸综合服务企业或市场采购贸易平台的代理公司，确保有资质使用1039方式进行代理出口。
2. 规范操作流程：
出口代理公司要与企业签订详细的代理协议，明确代理费、报关责任和税务及收汇处理等内容，确保代理服务的合规性。
3. 税务申报与合规性：
虽然1039方式出口享有免税政策，但代理公司仍需确保所有交易都通过正规途径，定期向税务部门报备出口情况，尤其是涉及的企业所得税和外汇收款的部分。
通过市场采购贸易的1039方式，出口代理公司可以为中小企业或个体工商户提供更加便捷的出口服务，但同时要确保操作的合规性，尤其是在税务和外汇方面。