汉末之乱虽然是源自黄巾，然而却始自董卓。这可以从几方面来分析一下。
董卓未进京前就已经有不臣之心
从中平元年（184年），凉州发胡、羌为首的叛乱，朝廷无奈之下，又起用了此时因为镇压黄巾军不力而被免职的董卓。
从这一年开始，一直到中平六年（189年），董卓的兵力在镇压胡、羌叛乱的过程中急剧增加，这引起了汉朝的高度警觉，曾经两次下令让董卓将手中的兵力交出来。
第一次是在中平五年（188年）。“中平五年，征卓为少府，敕以营吏士属左将军皇甫嵩，诣行在所。卓上言：‘凉州扰乱，鲸鲵未灭，此臣奋发暛命之秋。吏士踊跃，恋恩念报，各遮臣车，辞声恳恻，未得即路也。辄且行前将军事，尽心慰恤，暛力行陈。’”
第二次是在次年，也就是中平六年（189年），这一年汉灵帝病重，对于凉州、并州一带糜烂的局势忧心忡忡，也对董卓手握大量兵力盘踞一方心怀疑虑，因此，再一次下令董卓把手下的兵力交给皇甫嵩。
董卓又一次违背了诏令，并且还语带威胁，要带兵回到边境州郡。“六年，以卓为并州牧，又敕以吏兵属皇甫嵩。卓复上言：‘臣掌戎十年，士卒大小，相狎弥久，恋臣畜养之恩，乐为国家奋一旦之命，乞将之州，效力边陲。’卓再违诏敕，会为何进所召。”
董卓
所以至少可以确定，在董卓应何进的征召而入长安作乱之前，就已经不听朝廷号令，且有拥兵自重的嫌疑。
董卓进京后的作为表明其有不臣之心
董卓进京本来是响应了何进的号召，进京是为了勤王，诛杀阉官，正本清源。按照何进的方案来说，董卓应该和他一起诛杀完阉宦，肃清朝堂后就直接回转去守卫边境。“灵帝崩，少帝即位。大将军何进与司隶校尉袁绍谋诛诸阉官，太后不从。进乃召卓使将兵诣京师，并密令上书曰：“中常侍张让等窃幸乘宠，浊乱海内。昔赵鞅兴晋阳之甲，以逐君侧之恶。臣辄鸣钟鼓如洛阳，即讨让等。”欲以胁迫太后。卓未至，进败。”
何进的死导致京城一片混乱，董卓于北邙山下趁乱救出了被中常侍张让等人挟持的汉少帝。
这就给了董卓一个最好的带兵进入洛阳的借口。
本来救出了汉少帝之后，朝堂上的局势稍安，此时就有朝臣看出了董卓的危险性，所以就让汉少帝下旨令董卓退兵，董卓断然拒绝。“帝望见卓兵涕泣。髃公谓卓曰：‘有诏却兵。’卓曰：‘公诸人为国大臣，不能匡正王室，至使国家播荡，何却兵之有！’遂俱入城。”
等到董卓吞并了大将军何进及其家族的兵力，东汉朝廷成为其一言堂之后，他第一个举动就是“行废立之事”。
为什么董卓要在此时此刻废掉汉少帝另立汉献帝呢？他显然知道在汉少帝并无大错且是嫡长的情况下， 行废立之事必然遭到朝堂内外的强烈反对。
刘辩
有两个原因：
1、汉少帝时年已经十四岁，已经懂事了，离成年没有几年，不利于董卓行“挟天子以令诸侯”的事。
从史料记载来看，董卓一开始就已经有了废立之意。
在举朝皆知汉少帝继位以来受制于何太后和外戚何进的势力并没有亲政，但是董卓却把十常侍之乱的帽子扣在了汉少帝头上，这显然一个是因为汉少帝曾经试图让董卓退兵，且对董卓带兵前来也很警惕。“卓将步骑数千来迎，烈呵使避，卓骂烈曰：‘昼夜三百里来，何云避，我不能断卿头邪？’前见帝曰：‘陛下令常侍小黄门作乱乃尔，以取祸败，为负不小邪？”又趋陈留王，曰：‘我董卓也，从我抱来。’乃于贡抱中取王。”
2、借由废立之事清除异己。
《后汉书》中记载着董卓为了行废立之事，开了一个百官大会，首先就统一了舆论（不管这个舆论是不是被迫的）：“卓兵士大盛。乃讽朝廷策免司空刘弘而自代之。因集议废立。百僚大会，卓乃奋首而言曰：‘大者天地，其次君臣，所以为政，皇帝暗弱不可以奉宗庙，为天下主。今欲依伊尹、霍光故事，更立陈留王，何如？’公卿以下莫敢对。”
袁绍
其次就是借此事驱逐或消灭了大量的反对势力。
比如袁绍逃亡冀州。又比如以不肯解剑作借口杀死侍御史扰龙宗。“卓欲震威，侍御史扰龙宗诣卓白事，不解剑，立挝杀之，京师震动。发何苗棺，出其尸，枝解节弃于道边。”
因此，可以说董卓本来就是一个不臣之人，进京之后做的又都是不臣之事。如果不是董卓性格暴戾，御下不严，他所带的凉州兵更是凶残至极，引起万民怨愤，其后事未可知也。
实际上对于董卓的不臣之心，当时的人早有察觉。
东汉末年的济北相鲍信曾经就直接和袁绍说董卓“有异志”，“先是，进遣骑都尉太山鲍信所在募兵，适至，信谓绍曰：‘卓拥强兵，有异志，今不早图，将为所制；及其初至疲劳，袭之可禽也。’绍畏卓，不敢发，信遂还乡里。”可见天下有识之士对于世事自然有其判断。