科属不同：彼岸花是植物界、石蒜中的一个变种。曼陀罗是植物界、曼陀罗属植物。
别称不同：彼岸花又称红花石蒜、曼珠沙华、龙爪花等。曼陀罗又称曼荼罗、满达、曼扎、曼达、醉心花等。
形态区别：彼岸花鳞茎近球形，外有紫褐色薄膜，直径1-3厘米。曼陀罗，茎粗壮，圆柱状，淡绿色或带紫色，下部木质化。
一、科属不同
1、彼岸花：彼岸花是植物界、被子植物门、单子叶植物纲、天门冬目、石蒜科、石蒜属、石蒜种的一个变种。
2、曼陀罗：曼陀罗是植物界、被子植物门、被子植物亚门、双子叶植物纲、菊亚纲、茄目、茄科、曼陀罗族、曼陀罗属植物。
二、别称不同
1、彼岸花：彼岸花又称红花石蒜、曼珠沙华、龙爪花、老鸦蒜、蒜头草、鬼擎火、幽灵花、地狱花等。
2、曼陀罗：曼陀罗又称曼荼罗、满达、曼扎、曼达、醉心花、狗核桃、洋金花、枫茄花、万桃花、闹羊花、大喇叭花、山茄子等。
三、形态区别
1、彼岸花
（1）红花石蒜是多年生草本植物，鳞茎近球形，外有紫褐色薄膜，直径1-3厘米。
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（2）叶狭带状，长约15厘米，宽约0.5厘米，顶端钝，深绿色，中间有粉绿色带。
（3）伞形花序顶生，花茎高约30厘米，花鲜红色，花期8-9月，果期10月。
2、曼陀罗
（1）曼陀罗是茄科野生直立木质一年生草本植物，高0.5-1.5米，茎粗壮，圆柱状，淡绿色或带紫色，下部木质化。叶互生，上部呈对生状，叶片卵形或宽卵形，顶端渐尖。
（2）花单生于枝叉间或叶腋，直立，有短梗，花萼筒状，长4-5厘米，花冠漏斗状，下半部带绿色，上部白色或淡紫色。
（3）蒴果直立生，卵状，长3-4.5厘米，直径2-4厘米，表面生有坚硬针刺或有时无刺而近平滑，成熟后淡黄色。