抗生素生产一般采用纯种发酵,在生产中出现染菌问题是不可轻视的。轻度染菌会影响到本批发酵产品的单位和收率,还可能会为下批生产埋下继续染菌的祸根,严重的染菌除严重影响产品产量和质量外,极可能造成生产不能有序进行或无法进行。尤其是发酵罐处在发酵的最末阶段,其染菌直接影响到产品优劣和得率。
抗生素发酵常将食用豆油作为碳源和消泡剂,其用量较大,当进行消毒时会在杂菌菌落周围形成一层油膜而起到屏障作用,难以消透,这就需要有较高的温度和压力将其破碎以达到彻底灭菌目的。
稳定原料产地是抗生素生产所必须的,不同的产地,其原料的优劣、主要成分含量、ｐＨ值及粒度等指标都是不同的。频繁变换原料产地,会造成消毒困难 （如豆油产地变更会造成培养基消后泡沫过大,极可能造成冒顶逃液染菌 ）,同时原料产地的变更会影响发酵水平。
结构符合生产工艺要求,制作精细的发酵罐是保证生产正常运行的前提,及时检修是保证生产顺利、有序进行的必要措施。
在实践当中多次遇到罐内部件出现脱落、受损而使消毒工作不能顺利进行的情况；瓦套紧固、放置不当造成死角而使罐内消毒后有杂菌；蛇管出现渗漏；罐底加强板焊缝裂 开出现死角而染菌；轴封不严；空气环流管上的小气孔被堵使其内部存在残料而导致染菌等情况。
分析染菌原因也可从以下方面判断：
从染菌时间分析，发酵早期染菌可能原因有种子带菌、培养基或设备灭菌不彻底、移种操作不当、空气带菌等； 发酵后期染菌可能原因有补料时污染、设备渗漏、 操作问题等。
从菌型上分析，若染芽孢杆菌，可能是培养基或设备灭菌不彻底、空气带菌引起。从染菌规模上分析，若大面积染菌，且所染的是同一种杂菌，一般是空气系统出现问题，若个别罐连续染菌一般是设备问题。
克服染菌是一项长期而复杂的工作， 要求生产人员既有相应的理论知识，掌握灭菌的原理，又有丰富的实践经验，较强的分析和解决问题的能力，同时要多关注细节，加以重视才能有效的遏制抗生素生产中的染菌问题。
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