人们一般认为在明朝中后期，日本因为战乱频繁，有大量失去主家的流浪武士流向海外，靠抢掠为生，就此形成了倭寇;倭寇多次侵扰中国东南沿海，最终被戚继光、俞大猷等抗倭名将剿灭。然而真实的情况并没有那么简单。
首先，倭寇之祸始于元朝，而不是明朝中后期。忽必烈攻打日本失败以后，两国的官方往来断绝，走私贸易却更为频繁，而既然走私是被元朝所严禁的，日本私商们为了避免被逮捕，就必然要招募武装，携带武器。史书记载：元世祖至元二十九年(公元1292年)，日本船开到四明，请求贸易，船上兵器齐备，元人恐惧；大德十一年(公元1307年)，倭人焚烧庆元；至大二年(公元1309年)，倭人以所带硫磺等物焚毁明州都元帅府、录事司及官署，附近居民几乎都被烧死和杀光。
倭寇开端于元朝初期或者中期，到了末期，因为天下大乱，倭寇的侵扰就更加肆无忌惮了。明朝建立以后，太祖朱元璋曾经派遣使者前往日本，要求严禁倭寇，可是当时正值南北朝乱世，室町幕府和吉野朝廷谁都没精力管海外的事情，最终气得朱元璋干脆和日本断交。其后日本国内渐趋和平，足利义满向明朝称臣，双方开始了勘合贸易。不过勘合贸易限制太大，得利虽多，能摊上这种利益的人却少，于是很多大名、寺社仍然支持走私，甚至打着假的勘合贸易的旗帜，并在得不到贸易机会的时候，干脆大肆抢掠，免得白跑一趟，赔了本钱。这种情况在进入战国时代后日趋频繁和激烈，一方面大名和寺社因为打仗而更需要用钱，另方面也有大量无主的浪人可供他们雇佣。所以说倭寇都是浪人，那是不确切的，其实浪人背后都有封建势力做靠山。
更进一步来说，其实明朝中后期骚扰江苏、浙江、福建、广东四省沿海的所谓“倭寇”，其中占主体的往往不是日本人，而是中国人。因为明朝严禁出海贸易，使得很多私商假冒倭寇走私甚至抢劫，其中最有名的便是“五峰船主”王直。
王直在日本是个传奇人物，被称为“净海王”，因为他势雄财大，相当长时间内主导了中日间的走私贸易，连日本人也都畏之如虎。说王直，还有徐海、陈东、麻叶等人勾结倭寇是不确切的，因为他们本身就是倭寇，说他们是汉奸也是不确切的，因为他们不是勾结日本人，而是雇佣了大群日本浪人甚至封建大名的武装为之效力，“八幡海贼”之类，其实都曾经当过这些人的下属，是帮他们咬人的恶狗。
倭寇所侵扰的区域，其实并不仅仅中国东南沿海，也包括朝鲜半岛和东南亚各地，这是一个真正的国际问题。对于这种国际问题，戚继光、俞大猷等人是无法彻底解决的，即便最终王直等人被明朝政府或剿杀或诱捕，也只能使东南沿海略微太平一段时间而已。这个问题必须从内部去解决，一方面日本结束战国乱世，迈入了和平的江户幕府时代，无主无业的浪人越来越少，另方面中国经过明末大乱以后，在清朝前中期国力达到鼎盛，在这两个条件的影响下，倭寇之祸才算最终得以平息。