1959年，总后勤部长从洪学智换成邱会作，对于他的任命，是在领导、战友的推荐下上任的。
在当时的总后勤部，论资历，论军衔作为部长的邱会作，并不是最高的，政委李聚奎上将军衔，资历最老。对于党委第一书记的人选，由谁来担任。按照组织原则，是上级委任的，而并非内部选举产生的。
洪学智离开总后勤部，党委工作暂时由李聚奎负责，邱会作上任后，一时间并没有被委托第一书记。这样在召开总后的常委会上，研究起党委第一书记人选。一些干部对李聚奎是非常支持的，认为他在军中威望高，资历老，军衔高，应该担任第一书记。
一些干部也是持反对意见，认为党委第一书记并不是选举的，而是上级任命的，有人支持邱会作担任。邱会作是什么态度呢？他提议让李聚奎担任。实际上，在任命他为部长时，林总就让他抓全军的后勤工作。
1959年在成立新军委领导班子时，还成立了军委办公会议，成员有罗瑞卿、谭政、肖华、萧向荣、邱会作等人，参加军委日常工作。从这一个权限上看，邱会作在军中的地位陡然上升。
在后来召开的军委扩大会议上，军委领导们专门研究了总后勤部谁来当第一书记的问题。几位老帅的中心思想是：不能按论资排辈；最终决定由邱会作担任总后勤第一书记，当文件下来后，这个争议就不是问题了。
对于邱会作、李聚奎来说，他们从参加革命到新中国成立，干过不少岗位。论后勤经验，邱会作比他更久一些。自参加革命后，他就在后勤系统任职，先后担任供给部会计、处长、副部长等职。干后勤工作一直到1943年，回到延安终止。
1954年，他从终中南军区到任总后勤部，又干了3年。1957年到高等军事学院学习。
李聚奎是一位骁勇善战将军，红1方面军不少人受到他的领导，如杨得志、杨成武等等。在1947年之前，他一直干军事、参谋长工作。辽沈战役前，跟着黄克诚干起后勤工作，担任西线后部长。抗美援朝期间，担任东北后勤部部长、后勤学院院长。
还有一方面，他为新中国的石油建设作出不小贡献，成为第一个石油部长，勘探克拉玛依油田，提高石油产量，对松辽地区的勘探起到不可低估的前期工作，大庆油田量产后，此时的他已经不在石油部了。
1966年，他被调离后勤系统，到高等军事学院当院长。大运动时受到冲击，直到1977年恢复工作，担任后勤学院政委。1981年，身体欠佳的李聚奎从领导岗位退下来，担任军委顾问。